婚姻登記程序有瑕疵就一定會被撤銷嗎？當然不是，不能以婚姻登記程序的瑕疵來撤銷婚姻登記進而否定婚姻的效力。雖然婚姻登記程序不合法，但只要符合實質要件并經正式登記，就應當認可并保護該婚姻關系。行政確認程序存在瑕疵，可以首先確認其違法，以督促婚姻登記機關在日后的工作中盡職盡責、嚴格執法;其次在確有必要或客觀條件允許的情況下，要求其補正或者重新確認，以保護當事人婚姻關系的穩定性及其合法權益.目前可以通過對《最高人民法院關于執行<中華人民共和國行政訴訟法>若干問題的解釋》第57條第2款的文意解釋來確認違法。根據該條規定，由人民法院確認違法可以作為行政程序違法的一種責任形式。

具體來說，這種責任形式適用于下列程序違法情形：(1)行政主體逾期不履行法定職責，責令其履行法定職責已無實際意義;(2)行政主體逾期履行法定職責，該逾期行為并未給相對人的合法權益造成侵害或不利影響;(3)行政行為程序違法但不具有可撤銷內容。所謂“不具有可撤銷內容”，既包括管理中的事實行為，又包括一些形式欠缺的具體行政行為.程序瑕疵的婚姻登記行為具有不可撤銷的性質，應由人民法院確認違法。

從現行《婚姻法》的立法精神看，對程序瑕疵的結婚登記予以補正或重新確認，是具合法性的。我國《婚姻法》第8條規定：“要求結婚的男女雙方必須親自到婚姻登記機關進行結婚登記。符合本法規定的，予以登記，發給結婚證。取得結婚證，即確立夫妻關系。未辦理結婚登記的，應當補辦登記。”最高人民法院“《婚姻法》司法解釋(一)”第4條進一步解釋：“男女雙方根據婚姻法第八條規定補辦結婚登記的，婚姻關系的效力從雙方均符合婚姻法所規定的結婚的實質要件時起算。”筆者認為，對符合結婚實質要件但程序瑕疵的結婚登記，進行補正或重新確認是可行的。

從長遠來看，應該通過完善行政程序立法來解決結婚登記程序瑕疵案件的處理。我國目前關于行政程序的立法很不完善，不能根據不同行政行為的價值和作用做到具體問題具體分析，也缺乏更加細化、可操作的處理準則。筆者認為，違反婚姻登記程序，應該做出行政行為違法的判決，因為婚姻登記程序的規定不僅是為了保障相對人的婚姻關系在行政機關的監督下得到正確的確認，更重要的是為行政機關的工作人員依法行政提供標準，是對行政機關行為的規范和制約。婚姻登記程序規范的重點在于對行政機關的限制，婚姻登記程序瑕疵的后果也應該主要針對婚姻登記機關。為了維護程序立法的尊嚴和意義，為了更好地規范和約束婚姻登記機關的行為，應該給予婚姻登記中違反程序的行為以法律上的否定評價。筆者認為，確認違法是一個好的立法選擇，可以通過完善行政訴訟法的規定，拓寬確認行政程序違法的適用范圍，對諸如婚姻登記等不適宜撤銷的行政行為的程序瑕疵案件，做出確認違法的判決。