(一)正確區分罪與非罪的界限

1、玩忽職守罪與工作失誤的界限

工作失誤與玩忽職守罪在客觀上都可能造成公共財產、國家和人民利益遭受重大損失，但二者還是有區別的。二者的區別在于對待職守的心理態度：工作失誤者并沒有違反其職責義務，相反甚至是十分認真地履行了職責，只是由于行為人工作能力有限、業務水平不高、客觀條件變化而判斷失誤等原因，結果造成了損失，但主觀上并沒有過失;而玩忽職守罪的行為人不僅在客觀上具有玩忽職守行為，而且在主觀上具有過失，即存在疏忽大意的過失和過于自信的過失。

2、玩忽職守罪與一般玩忽職守行為的界限

一般玩忽職守行為，行為人只是具有玩忽職守行為，其玩忽職守行為并沒有造成公共財產、國家和人民利益遭受損失;或者雖然造成了一定的損失，但并沒有達到重大的程度;而玩忽職守罪，行為人不僅具有玩忽職守行為，而且還給公共財產、國家和人民利益遭受了重大損失。因此，對于一般的玩忽職守行為，可視不同的情況給予黨政紀處理，但不能追究行為人的玩忽職守罪責任。

3、玩忽職守罪與意外事件的區別

二者的相同之處在于都造成了“重大損失”的后果，但意外事件是由于行為人不能抗拒或者不能預見的原因造成的;而玩忽職守罪的行為人對于危害后果是能夠預見的，但因疏忽大意沒有預見，或已經預見但輕信能夠避免。

4、玩忽職守罪與重大責任事故罪的界限

玩忽職守罪與重大責任事故罪在主客觀方面都有相同之處：主觀方面的罪過形式都是過失;客觀方面都要求造成嚴重的危害后果。二者的區別在于：1、主體不同。玩忽職守罪的主體是國家機關工作人員，而重大責任事故罪的主體是工廠、礦山、林場、建筑企業或者其他企業、事業單位的職工。2、行為發生的場合不同。玩忽職守罪發生在國家機關的管理活動中，而重大責任事故罪則發生在生產、作業過程中。3、客體不同。玩忽職守罪的客體是國家機關的正常管理活動，而重大責任事故罪的客體是公共安全。

(二)本罪與濫用職權罪的區別

這兩個罪在侵犯的客體、危害后果和主體上基本相同，區別主要在于：

(1)主觀方面有所不同。濫用職權罪既存在直接故意，也存在間接故意，而玩忽職守罪只存在間接故意;濫用職權罪只存在過于自信的過失，而玩忽職守罪既存在過于自信的過失，也存在疏忽大意的過失。

(2)客觀行為表現不完全相同。濫用職權罪主要表現為違反法律規定的程序和權限，是一種積極的作為;而玩忽職守罪表現為不履行或者不認真履行職責的行為，是一種作為或不作為的方式。

(三)玩忽職守罪與其他玩忽職守的犯罪的界限

刑法在第397條規定一般玩忽職守罪的同時，又在本章的其他條文中將一些由特定的國家工作人員在特定的領域內所實施的玩忽職守的行為規定為獨立的犯罪。如刑法第400條第2款將司法工作人員由于嚴重不負責任，致使在押的犯罪嫌疑人、被告人或者罪犯脫逃的行為規定為獨立的犯罪;第406條將國家機關工作人員在簽訂、履行合同過程中，由于嚴重不負責任，致使國家和人民利益遭受重大損失的行為規定為獨立的犯罪;第408條將負有監督管理職責的國家機關工作人員嚴重不負責任，導致發生重大環境污染事故，致使公私財產遭受重大損失或者造成人身傷亡的嚴重后果的行為規定為獨立犯罪;第409條將從事傳染病防治的政府衛生行政部門的工作人員嚴重不負責任，導致傳染病傳播或者流行，情節嚴重的行為規定為獨立犯罪;第412條第2款將國家商檢部門、商檢機構的工作人員嚴重不負責任，對應當檢驗的物品不檢驗，或者延誤檢驗出證、錯誤出證，致使國家和人民利益遭受重大損失的行為，規定為獨立犯罪;第413條第2款將動植物檢疫機關的檢疫人員嚴重不負責任，對應當檢疫的物品不檢疫，或者延誤檢疫出證、錯誤出證，致使國家和人民利益遭受重大損失的行為規定為獨立的犯罪;第419條將國家機關工作人員嚴重不負責任，造成珍貴文物損毀或者流失的行為規定為獨立的犯罪等等。凡是行為人的行為符合上述規定的，按照上述規定的犯罪定罪處罰，而不能按玩忽職守罪處理。