當企業的商業秘密被侵犯時，應視不同情況，通過不同的途徑解決糾紛，常見的方法有以下幾種：

一、協商解決

協商解決是日常解決民事糾紛的方法。 如果企業的商業秘密被侵犯， 可以與侵權人進行調解、和解，要求停止侵權、恢復名譽并做適當賠償。

企業應當注意到，如果采取行政、刑事、民事訴訟等法律途徑解決糾紛，都可能會造成商業秘密進一步擴散(即“二次污染”)，所以協商解決是解決企業商業秘密被侵犯問題的首要方案。

二、經濟仲裁

企業在日常經濟往來中，有時商業秘密可能會被客戶泄漏、侵犯。在此情況下，可以根據雙方買賣合同、加工合同、轉讓合同或合作合同之中的仲裁條款申請仲裁。如果事先沒有約定仲裁條款，但侵權侵權行為發生后雙方自愿達成仲裁協議的，也可到當地仲裁機申請仲裁。

我國仲裁實行一裁終局制度。裁決作出后，任何一方不能再就同一糾紛向人民法院起訴，有利于節省資源物力。

三、勞動仲裁

按照我國《勞動法》及相關規定， 勞動者違反勞動合同中約定的保密事項， 對企業造成經濟損失的，以及勞動者跳槽到新用人單位，共同侵犯商業秘密造成原用人單位經濟損失的，企業可以按照《中華人民共和國企業勞動爭議處理條例》向當地勞動爭議仲裁委員會申請仲裁。對仲裁裁決不服的，可以在15日內向人民法院起訴。

這種方法屬于勞動法上的救濟，主要適用于職工流動違反保密協議、競業禁止協議等情況。

四、行政投訴

我國《反不正當競爭法》第3條規定：“縣級以上人民政府工商行政管理部門對不正當競爭行為進行監督檢查。”第20條規定：“違反本法第十條規定侵犯商業秘密的，監督、檢查部門應當責令停止違法行為，可以根據情節處以1萬元以上20萬元以下的罰款。”

因此，企業商業秘密被侵犯還可以尋求政府機關保護，在向工商部門舉報時應當提供商業秘密及侵權行為的有關證據，并且應當按照案件的重大、復雜程度，向不同管轄級別的工商行政部門提出。企業采取這種途徑維權的，除了可以申請責令停止侵權以外， 還可要求賠償并返還載有商業秘密的資料。

五、刑事報案

我國《刑法》第219條規定： “有下列侵犯商業秘密行為之一，給商業秘密的權利人造成重大損失的，處3年以下有期徒刑或者拘役，并處或者單處罰金;造成特別嚴重后果的，處3年以上7年以下有期徒刑，并處罰金：

(一)以盜竊、利誘、脅迫或者其他不正當手段獲取權利人的商業秘密的;

(二)披露、使用或者允許他人使用以前項手段獲取的權利人的商業秘密的;

(三)違反約定或者違反權利人有關保守商業秘密的要求，披露、使用或者允許他人使用其所掌握的商業秘密的。”第220條規定：“ 單位犯本節第213條至第219條規定之罪的，對單位判處罰金，并對其直接負責的主管人員和其他直拉責任人員，依照本節中該條的規定處罰。”

因此，企業商業秘密被侵犯后，可以及時公安機關報案要求處理。但是通過這種途徑解決時，如果案件涉及到非常專業的知識，應當提供有關資料讓公安機關偵查人員盡快了解熟悉，積極配合公安機關開展偵查工作。

律師提醒：刑事途徑是企業保護商業秘密的最強大盾牌。企業通過刑事途徑解決商業秘密侵權，可以收集到一些在民事訴訟當中無法收集到的證據，既可以追求侵權人的刑事責任，也可以獲得經濟賠償。

六、民事訴訟

我國《民法通則》、《反不正當競爭法》等法律規定，企業的商業秘密被侵犯，可以直接向人民法院起訴。企業就商業秘密侵權向人民法院提起訴訟的，要注意時效、管轄、證據、被告主體和請求賠償金額等問題上的正確處理，避免最后因訴訟經驗、技巧不足而敗訴。