首先是技術(shù)含量的參差不齊：存在著不少低技術(shù)含量的跑腿公司，有很多的代理公司掛靠現(xiàn)象嚴重，人員素質(zhì)和業(yè)務(wù)水平相對較差。這些招標代理機構(gòu)在執(zhí)業(yè)代理業(yè)務(wù)時缺乏一定的誠實信用。招標代理機構(gòu)與委托方的招標人之間的配合應(yīng)該是建立在充分信任的基礎(chǔ)上的：招標人將業(yè)務(wù)委托給招標代理機構(gòu)時應(yīng)給予其充分的信任;同時招標代理機構(gòu)應(yīng)遵循法律、法規(guī)，嚴格依法在代理范圍內(nèi)辦事，為招投標人提供廉潔、優(yōu)質(zhì)、高效的服務(wù)。但是這些招標代理機構(gòu)只要承接到業(yè)務(wù)就萬事大吉了，根本不注重服務(wù)質(zhì)量的提高，抱著只要中標通知書出來就可以了的心態(tài)敷衍了事，招標文件、評標辦法、回標分析、評標報告等重要資料從其他項目中拷貝過來，沒有針對代理項目的特點，體現(xiàn)不出代理公司的技術(shù)含量和責任心;現(xiàn)場踏勘、答疑等必備的招標程序隨意省略;招標歸檔資料殘缺不全等等。這也導(dǎo)致行業(yè)內(nèi)對招標代理的認可程度不高，“快遞員”、“資料員”的稱呼時有耳聞。

其次是代理費報價混亂。有相當一部分招標代理機構(gòu)不是靠自身人才優(yōu)勢和嚴謹?shù)墓ぷ髯黠L來樹立品牌，而是靠惡意競爭來拉取客戶。按照管理部門規(guī)定打六折、七折已算好的，對折甚至更低的報價也不鮮見。過低的報價一方面嚴重地擾亂了招投標代理市場的秩序，另一方面給市場上招標代理只要很低的費用帶帶而過就可以了的印象，降低了市場對招標代理機構(gòu)工作重要性的認可度，長期而往對招標代理機構(gòu)的生存本身會構(gòu)成嚴重影響，應(yīng)當引起各方的重視。在低報價現(xiàn)象嚴重的同時，也存在著另一極端的高收費問題，在一些政府投資或國有投資的項目中，個別招標代理機構(gòu)利用招標人管理不嚴甚至與招標人經(jīng)辦人串通，私自變換或提高收費標準，以達到高收費目的，對于這種現(xiàn)象，需要審計等有關(guān)管理部門的嚴格把關(guān)來予以杜絕。

再次是代理費收取方式的混亂。在建設(shè)工程招標代理收費問題上，目前有些招標代理機構(gòu)的報酬不是向招標人收取，而是轉(zhuǎn)嫁到中標單位身上，向中標單位直接收取或由其變相代付。更有甚者的是，有的招標代理機構(gòu)要求特定的(招標人意向的)投標人先支付代理費，否則對其中標不利，而一旦該投標人先行支付了代理費，他們就在招標文件的條款上編入對該投標人有利的條款。還有個別招投標代理為了增加其利潤率，在招標文件工本費、資料費上做文章，一份招標文件要收一二千元甚至更高，嚴重增加了投標人的負擔。

最后也是最嚴重的問題，在一些不正規(guī)的招標代理機構(gòu)中存在著比較嚴重的腐敗現(xiàn)象。這些招標代理機構(gòu)面對激烈的市場競爭，在承攬業(yè)務(wù)時不是靠提高自身的綜合素質(zhì)努力為招標人提供優(yōu)質(zhì)、高效的服務(wù)，而是靠一些有“影響力”的人物幫幫忙拉關(guān)系，靠與招標人經(jīng)辦人的私下協(xié)議，靠業(yè)務(wù)費用“回扣”等不正當手段“開拓”市場。有的招標代理機構(gòu)為了能承接項目，在利益驅(qū)動下，對個別招投標人的不正當要求，不但不自覺抵制，甚至還為他們的違規(guī)操作提供種種便利，出謀獻策，按照他們的意愿對招標文件、回標分析進行“量體裁衣”。

出現(xiàn)上述問題的主要原因是在一定程度上出現(xiàn)的市場競爭的無序化。招標代理機構(gòu)為招標人提供的服務(wù)根據(jù)工作的性質(zhì)大致可以分為程序性工作和技術(shù)性工作。程序性工作主要包括協(xié)助招標人報建、協(xié)助招標人審查投標人資格、組織投標人踏勘現(xiàn)場和答疑、組織開評標、協(xié)助招標人確定中標單位等內(nèi)容;技術(shù)性工作主要包括擬訂招標方案，編制資格預(yù)審文件和招標文件，編制工程量清單和標底，編制標書回標分析，草擬工程合同等內(nèi)容。不同的項目程序性工作是基本相同的，只要掌握了程序，基本上招投標過程就可以走下來。有些實力不強的甚至是掛靠的招標代理公司正是看到了這一點，幾乎放棄了技術(shù)含量，純做“快遞”，同時也大幅度壓低了相關(guān)收費。面對這種情況，正規(guī)的招標代理機構(gòu)還是從技術(shù)含量上下手，牢牢把好各環(huán)節(jié)的質(zhì)量關(guān)，提供高質(zhì)量的差別化服務(wù)。來自兩個不同方向的兩股力量的合力造成了目前招投標代理市場一定的混亂，面對質(zhì)量與價格這一對矛盾體，相關(guān)管理部門要加大引導(dǎo)力度，大力消減跑腿公司的生存空間。在上述主要原因的同時，做為招標代理活動中有關(guān)各方利益和矛盾匯聚的焦點之一，招標代理機構(gòu)受到腐敗因素的影響也是不可避免的，這就要求在強化管理部門的監(jiān)管的同時，招標代理機構(gòu)加強自身管理也是必不可少的。