一是證據的證明標準不明確。

《行政復議法》關于證明標準的唯一規定是證據確鑿，這種規定過于原則，缺乏可操作性，在審查行政復議案件過程中難以把握。二是分擔不明確，《行政復議法》只要求行政機關對當初作出的證據負有舉證責任，而對申請人、第三人是否承擔舉證責任以及可否因此承擔舉證不能的法律后果沒有予以明確。三是對證據的審查判斷沒有統一的責任機制。對于發生證據沖突時如何審查判斷證據，合理排除證據之間沖突等問題，沒有統一的責任機制可供適用。由于責任機制的缺失，只由案件承辦人憑借主觀認識來決定證據的取舍，難以保證認定事實的正確，出現問題后也沒有類似于司法機關的錯案追究制度追究有關人員的責任，行政復議案件辦理質量難以得到保證。完善行政復議證據制度建議：

1、建立以證明責任倒置制度為基礎的舉證制度。在某些案件中，行政管理相對人將會因為難以舉證加以證明而導致權利不能得到維護和救濟，有失公正。從行政爭議案件的情況看，行政機關行使的是公權，相對人行使的是私權，公權與私權的對抗中，私權無疑處于劣勢地位。因此，在行政復議中，作出具體行政行為的行政機關要對當初作出的具體行政行為合法性和合理性負有舉證責任，這一點行政復議法中雖有規定，但不夠具體，應當進一步明確。

2、建立聽證會前的證據開示制度。在行政復議案件審查過程中，可以借鑒其合理的成分，象民事訴訟那樣建立證據交換制度，主要理由是;一是一些疑難復雜的行政復議案件，證據數量多，時間跨度大，證據之間沖突多，如果集中在聽證會上進行舉證、質證、認證，聽證時間冗長，影響審查判斷證據質量。二是在一些行政復議案件中，行政復議機關不具有作出變更具體行政行為的權能，要求原作出具體行政行為的行政機關重新作出具體行政行為，申請人或者第三人對決定不服，重新申請行政復議，案件必將長期在行政機關內循環，形成上訪案件或訴累。通過證據開示制度，可以促成各方當事人的和解，化解矛盾，提高辦案質量和效果。

3、建立證據審查判斷標準。一是要明確適格證據的標準。根據證據法學的原理，通說證據的適格要件是三性說，即一個獨立的證據要具有客觀性、關聯性和合法性。無論是在訴訟過程中還是在行政復議過程中，作為一個獨立的證據都要同時具備三性，才能作為適格證據。二是要明確認定行政復議案件事實證據應達到的標準，即認定整個案件事實應當達到的最低標準，其中有兩層含義，一層含義是證明整個案件事實的證據在質的要求上應當達到確實，在量的要求上應當達到充分。另一層含義是運用證據確定的案件事實是法律事實，而不是客觀事實。三是要明確證據的證明力標準，即同一待證事實不同證據之間的效力應當予以明確。由于此問題涉及數量和難度都相當大，為使行政復議與行政訴訟在證據確認上相銜接，應當參照《最高人民法院關于的規定》制定出行政復議案件證據證明力的標準。四是要明確涉外行政復議案件證據要求的特殊標準。如涉外行政復議案件的書證，應當說明證據來源、經所在國公證機關證明、我國使領館認證和翻譯機構蓋章或者翻譯人員簽名等特殊規定。