1、建立刑事管轄權(quán)異議對保護被害人的意義。在刑事訴訟中，如果犯罪嫌疑人、被告人(以下簡稱二者)的犯罪行為是真實的，那么此時被害人的權(quán)利比二者更應該受到保護。如果司法機關的錯誤的管轄權(quán)有可能導致二者獲得不正當?shù)睦?，被害人應該提出管轄?quán)異議，以維護法律的正確實施和自己的合法權(quán)益。例如，被告人搶劫了被害人的巨額財產(chǎn)并導致被害人重傷，在此情況下，應由中級法院進行管轄。假如此時基層法院進行了管轄，則可能使被告人獲得比較低的量刑，那么對被害人來說是極為不公平的，被害人在這種情況下完全可以提出管轄權(quán)異議。

2、建立刑事管轄權(quán)異議對保護二者的意義。二者無論在自訴案件中或公訴案件中均處于被追訴的地位,尤其在公訴案件中,二者的防御能力與司法機關的追訴力量相比較常常處于劣勢。因此在刑事訴訟中應當保護二者的人權(quán)。建立刑事管轄權(quán)異議對保護二者的意義在于：

(1)可以使二者獲得公平審判。在刑事訴訟中，獲得公平審判的權(quán)利是二者等所享有的一項重要的憲法性權(quán)利，也是正當法律程序的必然要求。例如，賦予被告人刑事管轄權(quán)異議權(quán)，可以避免因級別管轄錯誤以及地域差異而導致的對被告人的不利后果。

(2)提出刑事管轄權(quán)異議是二者行使辯護權(quán)的重要方式之一。二者可以對司法機關的管轄權(quán)提出異議,否認司法機關錯誤或不當?shù)墓茌牂?quán),使司法機關對其的追訴失去法律效力,排除司法機關行使錯誤或不當?shù)淖吩V的實際危害和潛在危險，使二者獲得正確的審判，以保證刑事訴訟程序正義、結(jié)果公正。

(3)建立刑事管轄權(quán)異議是二者訴訟主體身份強化的體現(xiàn)之一。目前刑事訴訟中，將二者作為訴訟客體的傳統(tǒng)觀念根深蒂固,漠視甚至侵犯二者合法權(quán)益的現(xiàn)象大量存在。其中在刑事管轄方面,二者的訴訟主體地位也得不到應有的體現(xiàn),正如學者所言,“對于案件的管轄問題,被告人即使在管轄發(fā)生爭議時也不能自行選擇他所信任的法院,而只能完全聽任有關法院的指定。這種為人們所司空見慣的訴訟現(xiàn)象,其背后所表現(xiàn)出來的就是被告人訴訟主體性的弱化或虛無。”既然刑事訴訟法確立了二者的訴訟主體身份,那么就應該允許二者對司法機關的追訴和裁判進行直接、有效的對抗,允許二者行使刑事管轄異議權(quán)，使二者在涉及個人基本權(quán)益的訴訟事項上積極主動地行使選擇權(quán)和決定權(quán)，體現(xiàn)并強化二者訴訟主體地位。