一、主要職責
　?。ㄒ唬┌凑拯h中央和國務院的決策，負責協調對外開放有關經濟工作。會同有關部門研究開放地區經濟發展戰略及由沿海向內地擴大開放的部署。會同有關部門研究開放地區需要由國家解決的重要政策問題并及時向國務院提出建議。
　?。ǘ┱{查研究廣東、福建兩省經濟實行特殊政策、靈活措施以及改革開放，進行社會主義市場經濟綜合試驗的情況，協調有關方面的工作關系，協調解決有關問題，及時總結經驗。
　?。ㄈ┱{查研究經濟特區的有關方針、政策及其實施情況，會同有關部門研究制訂經濟特區的發展方針、政策、措施和中長期發展規劃。
　?。ㄋ模┱{查研究開放地區的有關政策及其貫徹實施情況，協調對外開放方面的有關工作，協調解決有關問題，及時總結經驗。
　?。ㄎ澹嘘P部門調查研究經濟特區和開放地區利用外國投資工作的情況及改善投資環境方面的措施，協調解決有關問題，及時總結經驗，向國務院提出建議。承辦國務院交辦的有關利用外國投資全國性政策、法規的協調工作。
　?。┙M織和參加對外開放有關工作的政策、法規擬定工作。
　?。ㄆ撸┱{查研究國外辦經濟性特區、開展國際經濟技術合作方面的情況、經驗和發展動向。
　?。ò耍┙M織開放地區干部培訓有關工作和與國外合作培養人才有關項目的實施，承辦有關的涉外事宜。
　?。ň牛┙M織并會同有關部門開展關于經濟特區、對外開放的理論研究和對外宣傳工作，為國內外人士提供有關政策和投資環境的咨詢服務。
　　（十）承辦國務院交辦的其他事項。

　二、內設機構
　　根據上述職責，國務院特區辦公室設６個職能司和機關黨委。
　?。ㄒ唬┟貢郑ㄞk理涉外事務用外事司名義和印章）
　　負責機關秘書、人事、檔案、保密、保衛、財務等行政工作，辦理涉外事務、國際經濟技術人才培訓合作項目和干部培訓的有關事宜，負責離退休人員、直屬事業單位管理和機關后勤服務工作。
　?。ǘ┙洕貐^司
　　負責聯系經國家批準的經濟特區，調查研究和協調經濟特區實施的有關政策問題，協助經濟特區制定中長期發展方針，負責協調、解決經濟特區開發建設、改革開放的有關政策性問題。
　?。ㄈ┭睾：脱亟_放地區司
　　負責聯系和協調廣東、福建兩省經濟實行特殊政策、靈活措施等方面的工作，及時了解情況和總結經驗；負責聯系、協調沿海、沿長江開放地區及其所屬經濟技術開發區對外開放有關工作和方針、政策的調查研究，協助解決有關問題。
　　（四）沿邊和內陸開放地區司（外國投資工作司）
　　負責聯系和協調東北、西北、西南沿內陸邊境開放地區、內陸省會（自治區首府）城市及其所屬的經濟技術開發區、邊境經濟合作區對外開放有關工作和方針、政策的調查研究，協調解決有關問題；負責調查研究經濟特區、開放地區利用外國投資的方針、政策及其貫徹實施情況，協調有關方面的工作；承辦國務院交辦的有關利用外國投資的全國性政策、法規和改善投資環境等問題的協調工作。
　?。ㄎ澹┚C合司
　　參與研究經濟特區和開放地區對外開放、利用外國投資、對外貿易以及經濟發展的方針、政策，負責起草綜合性文件，負責宣傳報道和有關政策、法規的咨詢工作。
　?。┭芯渴?br/>　　負責組織研究國內外對外開放方面的有關情況和經濟信息，參與我國對外開放理論的探索與研究并及時提出建議。
　?。ㄆ撸C關黨委
　　負責機關的黨群工作。

　三、人員編制和領導職數
　　國務院特區辦公室機關行政編制為４４名。其中，主任１名，副主任３名；司級領導職數１２名。
　　后勤、老干部服務機構及編制，按有關規定另行核定。