一、形成權的權利主體具有多重性，與訴訟時效的適用主體存在區別

由于形成權是依單方意思表示即可使法律關系產生、變更、消滅的權利，所以形成權人行使權利的目的既可以是為自己謀取權益，也可以是為自己免除或設定義務，在相應的法律關系當中既可能是權利人，也可能是義務人，呈現多重性的特點。

但訴訟時效的適用則較衡一地適用于權利人對自己權益的保護制度上，其適用對象針對的僅是權利人。

二、形成權的適用期間呈現多樣性，與訴訟時效期間存在區別

在現行的法律制度中，形成權的行使期間多表現為除斥期間，有些特定的形成權允許當事人自由約定行使期間，有的甚至不限制期間。比如，可撤銷可變更合同的撤銷權、變更自當事人知道或應當知道撤銷事由之日起一年內行使(《合同法》第五十五條第一款)，合同解除權人可以在雙方約定的解除權行使期限內解除合同(《合同法》第九十三條、第九十五條)，承攬合同的定作人可隨時解除合同(《合同法》第二百六十八條)。

而訴訟時效期間的法律規定則比較嚴格，除了均有明確的時間屆限外，當事人不得自由約定，屬嚴格的法定期間。

三、形成權的行使可法定可約定，而訴訟時效的適用則嚴格遵循法定條件

形成權除了在符合法定的情形或條件下可以由當事人行使之外，當事人在合同中亦可約定行使的條件，遵循締約自由的原則，比如《合同法》第九十三條、第九十五條規定的合同解除條件和行使期限，法律并無非常嚴格的限制。

而訴訟時效的適用則嚴格遵循“自知道或應當知道權利受到侵害之日起計算”的條件，沒有權利受到侵害的事實存在，也就不存在訴訟時效開始計算的問題，這個標準顯然與形成權的行使條件具有多樣性和自由性完全不同。

四、形成權的行使效果與訴訟時效經過效果不同

因為形成權多以除斥期間作為行使的期限，這個期限不僅是不能產生中止、中斷、延長法律效果的不變期間，而且在該期間內如果當事人不行使形成權，則喪失形成權，在實體上即不能再享有該權利。

而訴訟時效制度作為一種法律制度，可以因法定事由的發生產生中止、中斷、延長的效果，而且在時效經過以后權利人的實體權利不受影響，當事人喪失的僅僅勝訴權，而不是實體權利本身，若對方主動履行或不以訴訟時效作為抗辯事由的，喪失訴訟時效利益一方仍可獲得權利。

因為訴訟時效是以當事人的權利受到侵害為適用條件的時效制度，其適用依賴于對方當事人的意思表示或行為表現，只有在權利人的權利因對方的意思表示或行為表現受到侵害時，才產生訴訟時效的適用問題。而形成權則是依一方當事人的意思表示即可產生法律關系發生、變更、消滅效果的權利內容，其行使應無需依賴于對方當事人的任何表示或表現即可產生法律效果。其與訴訟時效的適用在時間、空間、條件等內容上是迥然不同的，因而形成權與訴訟時效是兩種獨立的法律制度。