法律分析：

本人認為原審法院適用民事訴訟程序錯誤之處有以下幾方面：

一、原審法院沒有嚴格按照我國《民事訴訟法》等法律規定對此案延期或中止審理，忽略了于某依法應當享有的訴訟權利。在原審訴訟過程中，因股東舉報，致使于某被公安機關以涉嫌挪用資金罪拘留逮捕。根據我國《刑事訴訟法》等法律規定，于某的人身自由是受到限制的，也就無法從事與案情有關的活動。因此情形并不是于某所能抗拒的，其當然也就無法主動行使訴訟權利。所以，根據我國《民事訴訟法》第一百三十二條第（一）項或第一百三十六條第（四）項的規定，原審法庭應當對此案裁定延期審理或中止訴訟，并把于某因人身自由受到限制不能或不能充分行使訴訟權利的期間不計算在民事訴訟時效期間內。只有延期或中止障礙消除后，才可繼續訴訟。而相反的是，原審法院卻在于某人身自由受到限制在客觀上無法行使其訴訟權利的情況下作出判決，剝奪了于某的依法所享有的訴訟權利。

二、原審法院審理程序違反了“先刑事后民事”的法律原則。“先刑事后民事”是指在民事案件的審理中，如發生當事人涉嫌刑事問題的案件正在處理時，對民事案件的審理應暫時中止，使刑事案件先行處理，以避免造成對刑事訴訟制度的破壞。長期以來，“先刑事后民事”原則在我國訴訟領域已成為一條毋庸置疑的公理，最高人民法院、最高人民檢察院、公安部在《關于在審理經濟糾紛案件中發現經濟犯罪必須及時移送的通知》及最高人民法院在《關于在審理經濟糾紛案件中涉及經濟犯罪嫌疑若干問題的規定》中就有此方面的具體規定。“先刑事后民事”原則主要適用條件為：刑事案件必須涉及到正在審理的民事案件的當事人，需要先處理的刑事案件的當事人與正在審理中的民事案件的當事人為同一主體。就本案而言，正屬于刑民交叉的案件，分別涉及民事糾紛和刑事問題，且于某在兩案中都是當事人。所以原審法院應及時主動地適用“先刑事后民事”原則對此案中止審理，等刑事結案后，再繼續審理民事案件，以防止刑事案件的認定與處理可能會對民事案件的認定與處理產生影響，避免民事判決的不穩定性以及國家審判資源的浪費，并充分保護當事人的訴訟權利。與此相反，當于某正被有關國家機關采取強制措施期間，原審法庭卻兩次發出開庭傳票，且在于某并未收到此傳票（也沒有開庭記錄）的情況下作出判決。原審法庭的行為不但違反了我國《民事訴訟法》第七十八條第一款有關送達的規定，且其未及時中止訴訟的行為是對“先刑事后民事”原則的漠視和根本違反，當然也就是應被撤銷的。

三、因原審法院審理程序違法致使于某不能行使上訴權及再審申請權，所以于某提出再審申請并未過法定期限。因于某被采取強制措施沒有人身自由，所以其自然也就無從得知且即使知道也無法在法定期限通過合法方式對原審判決不服而提起上訴或提出再審申請。如把申請人因被采限強制措施不能行使訴訟權利的期間扣除或延期審理或中止審理，則其實際上不但并未超出行使再審申請權的兩年期限，而且其上訴權也不會莫名其妙的消失。所以原審法院以超過訴訟期限為由拒絕申請人的再審請求是不合法的。