征地補償糾紛不予受理的原因有：

一、涉及面廣，易引發群體性事件。農村集體所有的土地已經被分配給農民個人了，因公共利益的原因被征用的土地面積較大，涉及的農戶較多。村委會或村民組在對被征地農戶補償其應得的青苗補償費及地上附屬物補償款后，對剩余的款項在本集體經濟組織內部進行分配，因分配不公而在內部引起糾紛。征地補償費在實際的分配過程中鄉村截留多，農民實得少。鄉村兩級往往將矛盾上移，問題上交，而法院司法判決認定與村民自治實際情況存在有差距，易與村民自治發生沖突，導致集體經濟組織及鄉鎮人民政府對司法裁判的抱怨與不滿，極易引發群體性事件。

二、農村土地征收補償糾紛案件是否應當受理不確定。按《最高人民法院關于審理涉及農村土地承包糾紛案件適用法律問題的解釋》第1條規定：“承包地征收補償費用分配糾紛，人民法院應當依法受理。集體經濟組織成員就用于分配的土地補償費數額提起民事訴訟的，人民法院不予受理。”第24條規定：“農村集體經濟組織或者村民委員會、村民小組，可以依照法律規定的民主議定程序，決定在本集體經濟組織內部分配已經收到的土地補償費。征地補償安置方案確定時已經具有本集體經濟組織成員資格的人，請求支付相應份額的，應予支持。”按其內容分析，“份額”應是一種權利等分的表述，主張的是支持權利，如果原告起訴要求取得一定的權利，就涉及到村民待遇問題。根據《中華人民共和國村民委員會組織法》的規定，村民委員會是村民自我管理、自我教育、自我服務的基層組織。村民或集體經濟組織成員資格在目前不是法院可以確認的。因此，對于農村土地征收補償糾紛案件，法院是否應予受理，各地作法不一。一些法院予以受理，而一些地方則明確下文對涉及農村土地征收補償糾紛案件法院不能受理。實踐中有些法院或法官不愿碰或不敢碰這類案件，一旦處理不好就極易造成當事人的群體上訪，給社會穩定埋下隱患。

三、補償標準不統一，地區差異大。目前我國土地征收補償標準采用法定補償標準，由《土地管理法》第四十七條具體規定，其中有些補償標準只有最高限的限制，即使有些有法定最低標準的限制，但政府的自由裁決權比較大，如“征收耕地的土地補償費，為該耕地被征收前三年平均年產值的六至十倍”、“征收其他土地補償費和安里補助費標準，由省、自治區、直轄市參照征收耕地的土地補償費和安置費的標準規定”，較大的自由浮動幅度賦予了政府極大的自由裁決權，各地適用的標準不一致，造成地區間土地征收補償標準差異大。

四、案件裁判后難執行兌現。涉訴集體經濟組織在土地補償費到手后往往即用于成員分配，法院裁判后集體經濟組織常無財產可供執行。現實中，案件申請執行人因法院裁判無法執行而上訪的事例屢見不鮮，這種情況下司法權威將受到極大影響。

在征地補償安置中，農民往往會對補償標準產生質疑，各個地區情況也不一樣，因此為了減少糾紛，各地方的政府官員以及開放商應該和農民代表一起組織集體會議，共同協商征地補償標準，避免引發群體性事件。

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