非法行醫(yī)追究刑事責任要經(jīng)過偵查機關(guān)(公安機關(guān)、檢察院反貪局)偵查階段、檢察院審查起訴階段、法院的審判階段這三個實體程序。

一、偵查機關(guān)的偵查階段：

偵查機關(guān)(公安機關(guān)、檢察院反貪局)在這個階段的職責就是收集證據(jù)來證明犯罪的成立。期限要求：從犯罪嫌疑人逮捕起算偵查期限2個月。一般案件都可以在這個期限內(nèi)偵查結(jié)束。如果在這個期限內(nèi)不能完成偵查，根據(jù)刑事訴訟法的相關(guān)規(guī)定，在具備延長條件和辦理相關(guān)手續(xù)后還可以再延長三次期限，第一次可以延長1個月，第二次可以延長2個月，第三次可以延長2個月。偵查機關(guān)從一個犯罪嫌疑人被刑事拘留開始偵查到偵查階段結(jié)束，最長辦案時間是8月零7天。

二、檢察院審查起訴階段：

偵查機關(guān)在收集證據(jù)后，要把案件的材料移交檢察院。檢察院在這個階段要審查案件的事實是否清楚，定性是否準確，證據(jù)是否充分，是否符合起訴條件。期限要求：一個月，可以延長半個月，一般的案件在一個半月的期限內(nèi)可以審查完畢。如果檢察院在審查中認為案件存在問題，可以提出補充偵查。補充偵查僅限兩次，每次一個月。每次補充偵查后重新計算期限。檢察院審查起訴最長期限六個半月。

三、法院的審判階段：

檢察院認為案件符合起訴條件，要把案件移交法院審判。法院在這個階段的職責就是從事實、定性、證據(jù)來判斷檢察院起訴指控的案件是否成立，并根據(jù)不同情況作出判決。期限要求：法院審理公訴案件應(yīng)當在受理后一個月以內(nèi)宣判，至遲不得超過一個半月。有些特殊案件經(jīng)過批準，可以再延長一個月。一般案件在兩個半月能夠?qū)徑Y(jié)。特殊情況：

當事人和辯護人申請通知新的證人到庭，調(diào)取新的證據(jù)，申請重新鑒定或者勘驗的，審判人員根據(jù)具體情況，認為可能影響案件事實認定的，應(yīng)當同意該申請，并宣布延期審理，延期審理的時間不得超過一個月，延期審理的時間不計入審限。在這種情況下法院應(yīng)當在三個半月的審限內(nèi)審結(jié)案件。

在庭審過程中，公訴人發(fā)現(xiàn)案件需要補充偵查，提出延期審理建議的，合議庭應(yīng)當同意。但是建議延期審理的次數(shù)不得超過兩次。在這種情況下法院應(yīng)當九個半月的期限內(nèi)審結(jié)案件。

如果被告人和檢察院不服一審判決可以在十日內(nèi)提出上訴和抗訴，二審法院的審理期限要求與一審相同。