除了本條明確規定不適用本法的行為外，在實踐中還有一些容易同行政許可、行政審批相混淆，但不具有行政許可特征的行政行為。這些行政行為也不適用本法，主要有：

一是內部審批行政行為，亦即上級行政機關基于行政隸屬關系對下級行政機關有關請示報告事項的審批。在行政管理中，下級行政機關經常就工作中的一些重要計劃、規劃、決策以及貫徹執行法律、法規和國家方針政策中的問題請示上級國家機關，由上級國家機關予以審查批準。這種審查批準，是一種內部行政法律關系，是行政機關內部上下級領導關系的一種體現，不同于作為外部行政法律關系的行政許可，因此這種審批不適用本法。當然，在上級對下級報批事項的審批中，有一些是下級行政機關受理的公民、法人或者其他組織的申請，按照管理權限，經本級行政機關審查提出意見后，報上級審批。這種審批屬于行政許可決定程序中的一個環節，應當適用本法。

二是處置財產權利的審批，如行政機關以出資人的身份對國有企業資產處置等事項的審批。這種審批是因為資產所有權而產生的，行使的是所謂“老板權”。國家將國有資產處置的審批，由于交由行政機關去審批，發生了主體的競合。這時的行政機關具有雙重身份，既是行政管理機關，又是國有資產所有者的代表。它在對國有資產處置進行審批時，是作為所有者的代表在履行職責，因此不屬于行政許可。這里如果不分清其中的法律關系，就容易混淆兩種審批的性質。隨著國有資產管理體制的深化，這種審批區別于行政許可的特點將越來越明顯。就全國而言，國務院設立國有資產管理委員會，作為其特設機構，負責國有資產的管理。國有資產管理委員會不屬于行政機關，對國有企業有關事項的審批，當然不屬于行政許可。

三是行政機關確認財產權利及其他民事關系的登記。我國的登記種類很多，概括起來是兩類：一類是確認登記，主要包括產權登記、抵押登記、結婚登記、收養登記、個人身份登記、特定事實登記等，不屬于行政許可。這類登記屬于事后程序，是保護和確認登記人的權利，而不是重新賦予其權利。在這類登記中，行政機關行使的不是行政管理權，而是以第三人的身份出現，起證實和確認作用。另一類是設立、開業登記。設立法人登記的實質是取得民事權利能力，取得行為能力。因此設立、開業登記

第三條行政許可的設定和實施，適用本法。

有關行政機關對其他機關或者對其直接管理的事業單位的人事、財務、外事等事項的審批，不適用本法。