行政追償直接侵及被追償人的合法的財產權，為確保公正，我國《國家賠償法》有必要進行修改，設定最起碼的正當程序。

首先，行政追償程序的啟動。在行政賠償請求人向行政賠償義務機關提出行政賠償請求以后，在可能存在行政追償的情況下，行政賠償義務機關應當主動依職權調查行政侵權案件，并且作出是否向公務員追償的初步決定(根據公務員是否有故意或重大過失而定)。如果賠償義務機關作出應當追償的初步決定，則應當通知被追償人參與行政賠償程序，從而一并啟動行政追償程序。被追償人不參加行政賠償程序者，以后對行政追償機關的追償決定喪失異議權;行政賠償義務機關未通知被追償人參與行政賠償程序的，則喪失追償權，以后不得再追償。特別應當強調的是被追償人應當作為獨立的一方當事人參與行政賠償程序。因為他對行政賠償有著獨立于行政賠償義務機關的自己的利益(行政賠償數額與被追償人將承擔的費用有著密切的聯系)，而這一點卻被我國學界忽視;如果行政賠償義務機關作出不予追償的行政決定，則直接單獨進行行政賠償程序，以后不得再進行追償。

其次，行政追償的協議程序。行政賠償程序和行政追償程序一并啟動后，行政賠償請求權人、行政賠償義務機關和行政追償的被追償人三方可以協商解決行政賠償爭議和行政追償爭議。經協商，行政賠償協議和行政追償協議均已達成者，按照“先賠償后追償”之立法執行協議，即行政賠償義務機關先行支付行政賠償費用，在被追償者自愿的前提下也可以由被追償者直接向行政賠償請求權人支付其應承擔的全部或部分費用。

再次，行政追償的決定程序。經協商，沒有達成行政賠償協議的，自不宜達成行政追償協議。而應當由行政賠償義務機關一并作出行政賠償決定和行政追償決定。因為行政賠償費用的確定是確定行政追償數額的依據之一，在沒有達成行政賠償協議確定行政賠償費用的前提下，行政追償數額往往無法確定;如果達成行政賠償協議而達不成行政追償協議的，行政賠償按協議執行，行政追償由行政賠償義務機關作出決定。

最后，行政追償的監督程序。設立行政追償的監督程序主要是為了防止行政追償機關違法行使追償權損害被追償人的合法權益或者不積極行使行政追償權損害國家利益。因此，行政追償監督程序的具體設計應從以下幾個方面著手：第一，通過行政追償公開程序監督行政追償權的行使。即行政主體應當將不予追償之決定及其理由、追償決定及其理由、追償決定的執行結果等對外公開，接受監督。以防止行政追償之偏私，確保平等原則和公民知情權的實現;第二，確立行政追償的事后救濟程序。即行政賠償義務機關所作出的行政賠償決定和行政追償決定，當事人不服的，均可以申請行政復議或提起行政訴訟。行政賠償請求權人和行政追償的被追償人均不服行政賠償決定和行政追償決定而申請行政復議或提起行政訴訟，如果當事人所選擇的救濟途徑沖突的，如，一方申請復議，而另一方提起行政訴訟的，則按照最先提出異議的一方所選擇的救濟程序進行。由復議機關或人民法院合并審理并作出復議決定或司法判決;第三，確立行政追償督促程序，促使行政追償機關積極行使追償權。即應當建立完善的財政監督機制，通過國家賠償經費的管理機關監督行政追償權主體積極行使職權，保障國家利益。