農產品商標與地理標志以及農產品地理標志這三個概念之間關系十分密切,研究農產品商標必須首先對這三個概念之間的關系進行探討。研究地理標志的學者一般認為地理標志與商標是兩個完全不同的概念,它們有相似之處但差異更加明顯,而筆者認為地理標志是商標的下位概念,它是一種特殊的商標。商標最根本的作用是區別商品和服務的來源,這是商標的生命力所在。地理標志同樣是為了區別來源而產生,這一點便決定了地理標志的本質,它實際上是一種特殊類型的商標。正如美國專利商標局的RobertStoll所言“商標和地理標志具有相同的功能,兩者均是產源標志,質量和商譽的集合體。實際上將地理標志看作商標的‘子集’是完全合理的,即系于土地上的產源識別標志,質量和商業利益的集合體”。認為地理標志不屬于商標的學者所持的理由主要有三個:一是認為被用做商標的標記是商標設計者的創造性勞動成果,而地理標志則直接起用地理名稱來說明產品的來源。但是眾所周知,的對象并不是設計者構思這個標記的創造性勞動,而是這個標記所承載的商業信譽,離開了商譽,商標就會變成毫無價值的符號,地理標志亦是如此。商標和地理標志都只是商譽的載體,它們形式上的差異并不能掩蓋其本質上的同一性。二是認為商標權是一種主體唯一的權利,而地理標志權的主體則是一個集體,它由一定范圍內的所有人共享。這一理由就更難成立了,和的主體同樣是集體,它們也沒有唯一性和專有性,但從來沒有人據此把它們排除于商標范疇之外,即使是普通的商標其權利在被許可使用以后,權利主體也就不再是唯一的了。世界上許多國家,包括我國在內,都將地理標志納入集體商標和證明商標的體系加以保護,這種作法不應僅僅被視為是立法上的權宜之計,它在理論上是有據可尋的。三是認為商標具有可轉讓性而地理標志則沒有。這一點同樣是普通商標與地理標志這種特殊商標之間的區別,同為特殊商標的集體商標與證明商標也是不具有可轉讓性的。由此可見,地理標志并不是脫離商標而存在的一個獨立的概念,人為的將它區別于商標不僅毫無意義而且還容易造成用語上的邏輯混亂。

弄清了商標與地理標志的關系以后,農產品商標與地理標志以及農產品地理標志這三者之間的關系就容易探討了。地理標志是商標的下位概念,但它不是農產品商標的下位概念。地理標志大多是適用于農產品之上的,地理標志的產生就是為了保護那些有特色的地方產品,這些產品特色的形成多是源自于當地獨特的自然環境和人文因素,而農產品特色的形成也多是由于氣候、土壤、水質等自然因素和特殊工藝、傳統技術和加工方法等人文因素的培育。所謂:“橘生淮南則為橘,生于淮北則為枳,葉徒相似,其實味不同,所以然者何,水土異也”。可見,地理環境的差異對于農產品特色的形成發揮著決定性的作用。雖然地理標志與農產品有著千絲萬縷的聯系,然而,農產品商標的外延與地理標志的外延并不完全重合,它們有交集,這個交集是農產品地理標志,同時它們也有各自獨立的部分。地理標志型農產品商標只是農產品商標中的一種類型,實踐中也有許多不以地名為商標的農產品,比如“蒙-牛”、“光-明”等乳業類農產品一般不以地理標志為商標。同時,地理標志也不僅僅使用在農產品之上,瓷器、絲綢、酒類產品也可以使用地理標志以區別來源。