《國務院關于個人獨資企業和合伙企業征收所得稅問題的通知》(國發〔2000〕16號）規定，從2000年1月1日起，個人獨資企業和合伙企業不再繳納企業所得稅，只對投資者個人取得的生產經營所得征收個人所得稅。并且《中華人民共和國企業所得稅法》也明確規定個人獨資企業、合伙企業不適用本法。因此，對個人獨資企業只對其征收個人所得稅。
2006年1月實施的新《公司法》使得一人公司法律制度在我國首次得以確立，一人公司是依照《公司法》成立負有有限責任的法人企業，由于一人公司與其股東是兩個不同的法律主體，因此，在納稅時將一人公司與其股東分別對待，即對一人公司征收企業所得稅，再對股東分得的稅后利潤征收個人所得稅，實行雙重征稅。
企業所得稅法實施前，內資企業存在著計稅工資的限制，在此情況下，因企業所得稅的計稅工資與個人所得稅薪金扣除費用是一致的，所以個人獨資企業所得稅稅負要輕于一人公司稅負。
企業所得稅法實施后，新稅法取消了原對內資企業計稅工資的限制，對一人公司投資者的合理的工資支出可以在稅前據實扣除，而根據《關于個人獨資企業和合伙企業投資者征收 例如，某個人獨資企業與某一人公司在個人獨資企業未扣除投資者費用，一人公司未扣除投資者工資的情況下，年度利潤相同，為22.4萬元，其個人獨資企業應繳納個人所得稅（224000－24000）×35％一6750＝63250元，稅負率為63250/224000×100%=28.24%。一人公司的投資者如果每月發放12000元工資，則其投資者個人年度工資薪金收入應繳納個人所得稅［（12000－2000）×20％－375］×12＝19500元，一人公司年度應繳納企業所得稅（224000－12×12000）×20％＝16000元，投資者個人分回股利收入應繳納個人所得稅（224000－12×12000－16000）×20％＝12800元，個人所得稅與企業所得稅合計為19500＋16000＋12800＝48300元，一人公司所得稅稅負為48300/224000×100％=21.56％，一人公司的稅負比個人獨資企業的稅負低6.68個百分點。

從上面的例子可以看出，企業所得稅法取消了計稅工資限制后，個人獨資企業的所得稅稅負并不一定始終低于一人公司稅負，并且一人公司以有限責任公司的形式出現，只承擔有限責任，風險相對較小；個人獨資企業由于要承擔無限責任，風險較大。因此，投資者要綜合考慮所得稅稅負及各方面的因素，選擇設立適合自身實際情況的企業組織形式，以實現投資效益的最大化。