電子承兌匯票背書轉讓主要操作流程主要包括客戶、開戶行、人民銀行電子承兌匯票系統，每個行為步驟都包括行為申請和行為回復這兩個動作。根據網絡搜集資料顯示，電子承兌匯票背書轉讓的大概流程是這樣的，分六步：

1、承兌匯票背書人通過網上銀行、銀行柜臺或其他電子終端登錄，錄入背書申請信息，使用背書人的數字證書加蓋電子簽名;

2、開戶行審核背書人電子簽名，通過后組成背書業務申請報文，使用開戶行的數字證書加蓋電子簽名，并發給人民銀行的電子商業匯票系統;

3、人民銀行的電子商業匯票系統完成開戶行電子簽名是否準確有效、背書人是否是票據的持有人等審核后，將申請報文轉發至被背書人開戶行的接入系統;

4、被背書人開戶行的接入系統核驗報文的有效性，后將該申請信息通知或展示給被背書人，被背書人可以簽收或者駁回該背書申請，并加蓋自己的電子簽名;

5、被背書人開戶行的接入系統核驗被背書人電子簽名的有效性，核驗通過后組成回復報文并加蓋開戶行的電子簽名，將回復報文發往人民銀行的電子商業匯票系統;

6、人民銀行電子商業匯票系統核驗簽收報文的有效性后，如果為同意簽收的回復報文，那么將票據所有人修改為被背書人并通知背書人;如果為駁回的回復報文，那么將駁回回復通知背書人。

在電子承兌匯票的被背書人發起回復之前，背書人和被背書人均可操作票據，即背書人可撤銷背書申請，被背書人可回復(簽收或駁回)背書申請，背書人與被背書人的電子匯票操作行為按照系統操作時間優先選擇處理。

電子銀行承兌匯票背書是指電子銀行承兌匯票背書人依法將電子票據交付被背書人的行為。電子銀行承兌匯票通過電子化的手段完成票據流轉，電子銀行承兌匯票背書人通過網上銀行、銀行柜臺或其他電子終端登錄，錄入背書申請信息(包括票據信息、背書人信息、被背書人信息)，使用背書人的數字證書加蓋電子簽名;電子銀行承兌匯票背書背書流轉，在被背書人發起回復之前，背書人和被背書人均可操作票據，背書人可撤銷背書申請，被背書人可回復(簽收或駁回)背書申請。

此時，系統按照時間優先的原則進行處理：如背書人先撤銷背書申請，則該背書申請已撤銷，被背書人不能再進行背書回復操作;如被背書人先發起背書回復，則該背書申請按照被背書人的意思已簽收或駁回，電子銀行承兌背書人不能再撤銷該背書申請。電子銀行承兌背書應當基于真實、合法的交易關系和債權債務關系，或以稅收、繼承、捐贈、股利分配等合法行為為基礎。

電子銀行承兌匯票背書必須記載下列事項：一、背書人名稱;二、被背書人名稱;三、背書日期;四、背書人簽章。在電子銀行承兌出票人或背書人匯票上記載了“不得轉讓”事項的，電子商業匯票不得繼續背書。票據在提示付款期后，不得進行轉讓背書。