法院主要審查土地管理部門在作出審批宅基地手續這一具體行政行為過程中，是否有超越職權、濫用職權、違反法定程序的行為。因而，土地管理部門從實體處理到審批程序各個環節中，只要有違法的情形存在，人民法院就應撤銷宅基地使用執照或責令土地管理部門重新作出審批。對于土地管理部門審批的宅基地屬他人承包地、自留地，侵犯第三人土地承包經營權引起的糾紛，人民法院受案后，主要審查申請人是否符合《土地管理》第六十二條規定的條件，所審批的宅基地是否在法律規定范圍內，有無按《土地管理法》第四十四條規定辦理農用地轉用審批手續、有無考慮土地承包權三十年不變的規定等具體情況，作出撤銷或者維持審批文件的判決。未經土地管理部門審批或者采取欺騙手段騙取建房手續用地建房，侵犯了集體或相鄰關系人利益引發的糾紛對于能夠確認村民建房未經審批或采取欺騙手段騙取建房手續的非法用地建房，并且侵犯了相鄰關系人合法權益，如影響鄰人房屋通風、采光、通行等情況的，人民法院既可以作出排除妨礙、限期拆除違法建筑物的民事判決，也可以中止訴訟，建議土地管理部門作出限期拆除違法建筑物、退出土地的處罰決定。

人民法院在審理非法建筑物買賣、確權等涉及宅基地使用權糾紛案件時，應注意只能裁決建筑材料的所有權，不宜明確非法建筑物的所有權歸屬。爭占宅基地以外的集體空閑地引發的糾紛村民爭占除宅基地以外的集體空閑地的目的是為了多占地皮、擴大墻院、堆放雜物等。對這類糾紛，人民法院應當告知到當地人民政府申請解決，不服政府處理決定的則可向法院起訴的，法院應以行政案件受理。土地為村集體經濟組織所有的也可以直接向人民法院起訴，可要求占地者退出土地、排除妨礙，法院則應以民事案件受理，對當事人因爭占空閑土地引起的財產損害賠償案件，人民法院應根據具體案情處理。建房戶私下調換宅基地引發的糾紛村民根據各自利益的需要，私下調換宅基地引發糾紛的，人民法院在審理此類案件時不僅要指出雙方行為的違法性，同時可以建議土地管理部門依法吊銷建房手續，收回宅基地。如果一方或雙方已蓋好房屋，為避免造成不必要的損失，可以在征得土地管理部門同意后，責令雙方變更宅基地登記。用地建房影響相鄰關系人利益引發的糾紛不適當使用宅基地而影響相鄰關系的，如在同一規劃線上，后蓋的房屋宅基地基墊比先蓋的房屋宅基地高一些，造成雨水和生活用水向鄰人宅基地流淌，或后蓋的房屋和設施影響相鄰人房屋通風、采光、滴水、危及他人房屋安全，或在不適當地點建造廁所影響環境衛生、或擅自堵塞通道、截斷自然水流等情況引發的糾紛，人民法院應本著依法、合理的精神妥善予以處理，確實給鄰人造成損害的，應責令排除妨礙、消除危險、恢復原狀或賠償損失。未經共同使用人同意，部分共用人擅自使用共用的宅基地而引發的糾紛對一宗宅基地可由兩個以上村民共同使用，具有共同使用權，共有土地使用面積可以在共有人之間分攤。對于共同使用的宅基地在未經共有人同意，部分共有人擅自使用引發糾紛的，人民法院在受理案件后查明一方在建房時，對方明知而未提出異議的，可在不妨礙他人和公共利益的情況下判令占有人繼續使用。農村宅基地使用權人與他人合資建房后發生的房屋產權糾紛，因涉及宅基地使用權，處理時應先征求土地管理部門的意見，如主管部門批準雙方共同使用宅基地的，可以判決明確各自的房屋產權;如主管部門不批準雙方共同使用該宅基地的，可以明確對房屋各自的份額后，判決房屋產權給有宅基地使用權的人。

未經有關部門確權和統一規劃的宅基地因界址不明引起的糾紛對于未經確權和統一規劃的宅基地界址有爭議、四至不明而引發矛盾提起訴訟的，人民法院應當告知當事人到當地政府申請處理。當事人不服政府處理決定的，法院應以行政案件立案處理。對經過統一規劃和確權的宅基地因界址發生爭議的，人民法院應以民事案件直接受理，查明土地使用證上的四至是否明確，長、寬、面積等數據與實際情況是否相符。除四至確實被移動外，應以四至為準確定宅基地使用權;如果爭議一方土地使用證上所載明的面積與實際情況相符，另一方不相符或提供不出土地使用證的，人民法院應將該宅基地處理給實際情況與土地使用證相符的一方使用。