在傳統的發展模式中，由于土地資源的生態價值往往不被考慮，因此盡管土地資源能夠產生巨大的生態和社會效益，但無論是主動或被動的生態保護者一般都不能從市場上自動獲得生態效益的經濟補償，生態受益地區的經濟發展又未考慮應承擔的環境生態成本，從而助長了資源開發者把開發造成的生態破壞的外部不經濟性轉嫁給整個社會。隨著可持續發展理論的深人人心，土地資源生態補償作為一種促進環境資源保護的經濟和法律手段日益受到重視。本小節擬從中觀尺度探討區域土地資源的生態補償。

中觀尺度的區域土地資源生態補償制度應主要包括兩個相互聯系而不可分割的方面：

(1)為了突破以單位行政區劃的剛性約束和政府統治為要義的行政區行政的缺失，應該由代表社會的土地資源管理協調機構在區域范圍內征收環境資源稅以建立相應的生態補償基金。既能通過制度創新實行生態保護外部性的內部化，讓生態保護成果的受益者支付相應的費用;同時又能彌補國家在區域生態建設方面資金的不足，保證有足夠的資金進行相應的生態保護和恢復。

(2)由區域土地資源管理協調機構對區域內因生態保護而利益受到損失或者付出經濟代價的人給予公正的公益征收性質的生態補償。這種性質的生態補償彌補了市場手段的不足，通過相應的制度建設，建立起一種符合生態中心主義的公平的社會再分配機制。從人權保障的角度觀察，為了生態保護的需要，社會中某些特定群體的利益會受到損失或是喪失了發展的機會，他們承擔了一種特別的犧牲，理應得到公正補償，并通過生態補償機制將這種特別損失轉由全社會來分擔。從而能夠彌*l個人在提供公共產品時動力的不足，使生態保護成為一種全社會的行動。

在生態補償法律制度的建構中，政府主導模式與市場主導模式的取舍是有爭議的。就我國現行的生態補償立法與制度運作而言，現模式應為政府主導型。涉及到中觀尺度，就應為以區域土地資源管理協調機構為主導的區域土地資源生態補償。當然，這種模式并非完全否定市場手段或者市場標準的采用。相反，在區域土地資源管理協調機構主導的生態補償機制中充分引入市場機制，能有效克服其代理成本較高，資金使用效率低下，目的性不強等弊病。

基于以上認識和實踐，就現階段來說，我國的區域土地資源生態補償，應當通過規范化的制度建設，在區域土地資源管理協調機構主導下，實現產業和生態利益在地區之間和不同人群之間的合理分配，有效地補償因生態保護而利益受到損失或者付出經濟代價的人的生態貢獻，促進區域生態環境的進一步改善。在區域土地資源管理協調機構和地方政府之間，區域土地資源管理協調機構應當處于主要的義務人的地位;在政府(包括區域土地資源管理協調機構和地方政府)與因生態保護而利益受到損失或者付出經濟代價的人之間，政府應當處于義務人的地位;而在區域土地資源管理協調機構作為土地資源產權代表與全體生態受益人之間全體生態受益人是義務主體。