在一般的案件中最先接觸案件的是偵查機關(guān)，也是最先進入訴訟程序的，并且犯罪嫌疑人、被告人或罪犯的立功行為也必須由偵查機關(guān)在實踐中查證屬實。可以看出偵查機關(guān)在立功的認定上是存在優(yōu)勢的，但是，他也有其無法克服的弱點。偵查機關(guān)在偵查中很可能產(chǎn)生先入為主的思想;也有可能為了掩蓋自己在偵查中的過失或是錯誤，而無視犯罪嫌疑人、被告人或罪犯的立功行為;粗心的偵查機關(guān)也有可能將立功行為遺漏。在沒有一個良好的監(jiān)督體制下這是相當危險的，會造成偵查機關(guān)的瀆職，會對有立功表現(xiàn)的犯罪嫌疑人不公，更會放縱其他的犯罪行為。

審判機關(guān)是確定被告人有罪無罪，罪重罪輕的最終的決策機關(guān)。看上去，審判機關(guān)作為認定立功的機關(guān)將是最為合理的。但是審判機關(guān)也有其無法克服的弱點。立功表現(xiàn)多涉及其他案件，審判機關(guān)在審判中不宜過多地考慮與本案無關(guān)的事實，以免在審判其他案件時先入為主。同時，在立功表現(xiàn)中有很多是偵查機關(guān)正在辦理的案件，不可能在很短的時間內(nèi)交于審判機關(guān)，并且在案件尚在偵查的過程中有些事實不宜過早的公開。審判機關(guān)在審判案件時，是被要求及時審判，沒有特殊情況是不允許超過審判時限，并且審判機關(guān)不能對未偵查終結(jié)，檢察機關(guān)未提起訴訟的案件進行定性。為了保證被告人的合法權(quán)利，為了案件可以及時審判，審判機關(guān)對立功表現(xiàn)不宜做實質(zhì)性的審查。

筆者認為，確認立功的機關(guān)應(yīng)該是以檢察機關(guān)為主，公安機關(guān)以協(xié)助，由審判機關(guān)通過程序性審查做最終確認的三機關(guān)相互協(xié)作，相互配合的結(jié)果。理由如下：

首先，檢察機關(guān)與偵查機關(guān)的聯(lián)系密切，對偵查機關(guān)的工作情況也特別了解，同時檢察機關(guān)根據(jù)法律的規(guī)定可以提前介入偵查機關(guān)的工作。這使檢察機關(guān)在偵查機關(guān)初查立功時給予一定的幫助，并且可以糾正偵查機關(guān)在對立功的初查過程中的不法或是違規(guī)的行為，保證對立功的初步認定合法、公平、公正，為檢察機關(guān)對立功的實質(zhì)性認定做充分、良好的準備。

其次，檢察機關(guān)依法會對全案進行審查，此時犯罪嫌疑人會因為案件已經(jīng)進入審查起訴階段，繼續(xù)頑抗將會對自己在審判時不利而會盡力和檢察機關(guān)合作，為減輕自己的罪行而做他們可以作到的一切。這時自首和立功就是他們的首選。檢察機關(guān)會根據(jù)法律的規(guī)定對犯罪嫌疑人的立功行為進行全面的審查和分析，以做到最為公正的認定。偵查機關(guān)認為有立功行為的，檢察機關(guān)經(jīng)過依法全面的審查，認為不符合立功條件的，不予認定為立功，偵查機關(guān)或犯罪嫌疑人如有異議，可以申請檢察機關(guān)復(fù)議，由檢察機關(guān)作出最后的認定;偵查機關(guān)在移送審查起訴時沒有提出犯罪嫌疑人有立功行為，經(jīng)檢察機關(guān)的審查認為犯罪嫌疑人有立功行為或有立功的可能，可以直接認定立功或要求偵查機關(guān)補充偵查后作出是否存在立功的認定。