關于醫療損害賠償糾紛的賠償金額，因《條例》在賠償標準和數額上有許多不完善的地方，對于患者死亡的，《條例》只規定了喪葬費和精神損害撫慰金，精神損害撫慰金的數額以事故發生地年平均生活費計算，賠償的最長年限為6年，無死亡賠償金的規定，而人身損害司法解釋第29條規定，死亡賠償金是按受訴法院所在地上一年度城鎮居民我均可支配收入或者農村居民人均純收入標準按二十年計算，此項就涉及到患者一方的重大利益。

審判實踐中，一些人認為應嚴格按照最高人民法院《關于參照<醫療事故處理條例>審理醫療糾紛民事案件的通知》精神，因醫療事故引起的醫療賠償糾紛，參照條例的有關規定確定賠償金額，其他醫療賠償糾紛，應參照《民法通則》及相關司法解釋加以確定;

也有一些人認為最高人民法院的通知對于構成醫療事故的醫療損害賠償糾紛案件只是規定了參照條例的規定辦理，最高人民法院的通知下發時，人身損害司法解釋尚未實施，現解釋實施后，應當按照人身損害司法解釋確定醫療單位所應負民事賠償責任的大小，而不應拘泥于最高人民法院的通知規定，即不論醫療損害是否構成醫療事故都應按人損司法解釋確定醫療單位應負民事賠償責任的大小，否則有可能出現同樣的損害后果而所獲得的賠償卻大相徑庭的現象。在前述律霸網小編已就患方選擇案由表達了觀點，即法院現在所確定的案由是在對原告行使釋明權后的結果，且最高法院至今未有新的通知取消原通知精神。

故在確定一般醫療損害賠償標準時，可適用《民法通則》及相關司法解釋的規定;確定醫療事故損害賠償標準時，應參照《醫療事故處理條例》第49條至第52條的規定，同時考慮到人身損害司法解釋是最高人民法院根據《民法通則》的基本原則制定出來的專門解決人身損害賠償案件的規定，該《解釋》對指導法院的具體審判實踐活動，具有重要的意義，人民法院審理醫療損害賠償糾紛案件完全可以適用，也應當適用，故如參照《醫療事故處理條例》處理將使患者所受損失無法得到基本補償的，可以適用《民法通則》及相關司法解釋的規定適當提高賠償數額，對于《條例》沒有規定的賠償項目，可參照《民法通則》及相關司法解釋的規定處理。

另外，確定醫療損害賠償數額，應當綜合考慮醫療過失行為在醫療損害后果中的責任程度、醫療損害后果與患者原有疾病狀況之間的關系以及醫療科學發展水平、醫療風險狀況等因素。以此，才能切實維護醫患雙方的合法權益。