”因此，人民法院對具體行政行為的司法審查只審查具體行政行為的合法性，而不審查具體行政行為的合理性。《行政訴訟法》第五十四條第二項也規定對于違反法定程序的具體行政行為予以撤銷。對于具體行政行為的違法從程序和實體方面來分可以分為三種，第一種是程序違法，實體上也直接損害相對一方的合法權益，即程序違法，實體也違法;第二種是程序違法，實體上并未對向對方的合法權益造成侵害，即程序違法，實體正確;第三種是程序合法，實體違法。在此，我們只對前兩種情況中超過法定期限作出的具體行政行為進行分析。筆者認為對于行政主體超過法定期限作出的具體行政行為應當根據案件的具體情況應作具體分析，而不應當以法律沒有規定為由一律認定為有效。筆者認為對超過期限做出的行政行為在司法審查中應當注意在以下幾個方面：

(一)對超過法定期限作出的具體行政行為不應撤銷的情況，即程序違法，實體上并未對相對方的合法權益造成侵害，即程序違法，實體正確的。對超過法定期限作出的具體行政行為看其是否侵犯了行政管理相對人的合法權益或者有無可撤銷的內容。根據某些行政行為的特點，如果法院在行政訴訟中一律以違反法定程序為由予以撤銷不僅不會更好地保護行政相對人的合法權益，反而會損害其合法權益。如行政許可行為，行政許可是指行政機關根據相對人的申請，以書面證照或其他方式允許行政相對人從事某種行為，確認某種權利，授予某種資格和能力的行為。從行政許可的概念我們可以看出行政許可是一種準許、容許行為，如果相對人以行政主體違反法定程序，侵害了其合法權益為由訴至法院，若法院以違反法定程序為由予以撤銷，只會對相對人的合法權益造成更大的損害。例如根據《中華人民共和國執業醫師法》第十三條規定“對受理申請的衛生行政部門，應當自收到申請三十日內準予注冊，并發給國務院衛生行政部門統一印制的醫師執業證書。”如果行政機關無法定理由或者正當理由延誤給行政管理相對人頒發醫師執業證書，勢必侵害了相對人的合法權益，對于此種情況下，如果相對人起訴，人民法院如以被告違反法定程序為由予以撤銷，同時判決行政主體重新做出具體行政行為，只會給相對人造成更大的損害。再如，對于超過時限作出的具體行政行為的設定的權利義務已經實施完畢，已無可撤銷內容的。對于以上幾種情況筆者認為應當判決確認其具體行政行為程序違法，而不能判決撤銷。

(二)對超過法定期限作出的行政行為應予撤銷的情況，即程序違法，實體上也直接損害相對方的合法權益，即程序違法，實體也違法。對于該種情況筆者認為主要應當看該具體行政行為的撤銷是否侵害了行政相對人的合法權益。如果在行政訴訟中具體行政行為的被撤銷只能減輕對行政相對人的合法權益的侵害，而對國家、集體和其他人的合法權益不會加大損害的，應當堅決予以撤銷。如，某行政機關在對違法行政相對人做出行政處罰時，采用了證據先行登記保存后，長時間不作處理，只是扣押了相對人的財產，雖然行政處罰法第三十七條規定證據先行登記保存的期限是七日，但對超過七日應如何處理沒有作相應的規定，對這種情況筆者認為不僅只是撤銷，而且還應當對相對人進行國家賠償。

毋庸諱言，超過法定期限作出的行政行為對司法審查過程中對證據的認定等方面也存在不同的影響。由于具體行政行為作出的時間拖的過長，致使案件在審理過程中在證據的認定、案件事實的審查等方面造成一定的困難。由于時間拖得過長，可能導致有的證據調取相對困難甚至不能取得，同樣當事人對案件事實的記憶也會變得模糊不清等等，造成案件審理的困難，這不僅影響各項工作的提速、提效，也增加了行政成本、訴訟成本，造成了資源的浪費。總之，要使這個問題得到解決，使各項工作全面提速、提效，就要盡快制定適合我國國情且符合WTO原則的行政程序法。