馳名商標作為一個正式的法律術語是在1925年修訂的《保護工業產權巴黎公約》中最早提出來的，現行的對保護馳名商標具有直接法律效力的是1967年修訂的《巴黎公約》第6條第2款，其中規定：“本聯盟各國承諾，如本國法律允許，應依職權或依利害關系人請求，對構成商標注冊國或使用國主管機關認為在該國已經馳名，屬于有權享受本公約利益的人所有的，用于相同或相似商品商標的復制、仿制或翻譯，而易于產生混淆的商標，拒絕或取消，并禁止使用。”需要特別指出的是，其所稱的主管機關指的應是成員國主管確定某商標是否為馳名商標，或主管實施馳名商標保護的行政、司法或準司法當局，并不局限于行政主管機關。而1994年關貿總協定締結的《與貿易有關的知識產權協議》(簡稱TRIPS協議)中，第41條第4款明確規定了對于行政的終局決定，以及在符合國內法對有關案件重要性的司法管轄規定的前提下，至少對案件是非的初審司法判決中的法律問題，訴訟當事人應有機會提交司法當局復審。這樣的規定實際上隱含著把法院作為具有認定馳名商標最終決定權的機構。所以國際上通行的做法一般是把法院作為認定馳名商標的核心權力機構，實行個案認定、被動保護。但實踐中各國依據本國法將此項認定權交由包括商標注冊在內的其他權力部門時，并不會受到國際性規范的干涉。

相應地，中國馳名商標的認定機制在入世前后發生了根本性的改革。首先，改變了原有的由行政機關單一認定馳名商標的做法，實行法院認定與商標主管行政機關認定相結合的雙軌制。在2001年新修訂的商標法和2002年新頒布的商標法實施條例中明確規定在商標注冊、商標評審過程中產生爭議時，有關當事人認為其商標構成馳名商標的，可以相應向商標局或商標評審委員會請求認定馳名商標，從而增加了有權認定馳名商標的機關，即商標評審委員會也可在法定條件下依當事人的申請依法認定馳名商標。同時，最高人民法院也頒布了相關司法解釋，明確了在法定條件下法院認定馳名商標的界限。在2001年7月24日起施行的《關于審理涉及計算機網絡域名民事糾紛案件適用法律若干問題的解釋》中第6條規定：“人民法院審理域名糾紛案件，根據當事人的請求以及案件的具體情況，可以對涉及的注冊商標是否馳名依法作出認定。”此后，2002年10月施行的《關于審理商標民事糾紛案件適用法律若干問題的解釋》中第22條規定：“人民法院在審理商標糾紛案件中，根據當事人的請求和案件的具體情況，可以對涉及的注冊商標是否馳名依法作出認定。認定馳名商標，應當依照商標法第十四條的規定進行。當事人對曾經被行政主管機關或者人民法院認定的馳名商標請求保護的，對方當事人對涉及的商標馳名不持異議，人民法院不再審查。提出異議的，人民法院依照商標法第十四條的規定審查。”司法實踐中也有判例開創了法院認定馳名商標的先河，2001年上海市高級人民法院就在一起域名注冊與商標糾紛訴訟中，認定了“safeguard”為馳名商標，這也是我國首起由高級法院直接認定馳名商標的判例。上述司法解釋的出臺與司法判例的出現，充分表明我國在傳統觀念上的突破，即商標權本質上是一種私權，是一種民事權益，因此對有關民事權益糾紛的解決應交由法院在查明事實、正確適用法律的基礎上作出判決。而之所以要賦予法院確認馳名商標歸屬的權力，是因為，①法院參與確認馳名商標，可有效地排除行政干擾，強化對商標主管機關具體行政行為的司法審查，促使馳名商標的確認能嚴格依法進行，對于改變我國現階段對馳名商標保護乏力的狀態將大有裨益。②法院確認馳名商標是實現法院審判職能的需要。馳名商標是商標權人一項極為重要的財產性權利，由法院來保護馳名商標所有人的財產權利是法院的職能所在，有利于維護法院作為民事裁判最終裁決者的地位。③由法院確認馳名商標符合國際條約的要求，有利于同國際通行做法相接軌。Trips協議已明確要求對所有知識產權確權行為都要進行全面司法審查。

其次，實行了“事后認定、被動保護”制度。根據商標法實施條例中的相關規定，只有在商標注冊、商標評審、商標使用過程中發生爭議時，馳名商標所有人才可以申請馳名商標認定機關認定其商標是否構成馳名商標。沒有發生爭議時，馳名商標所有人不能主動申請認定，馳名商標認定機關也不能主動認定，更不允許主動認定、批量公布。此外，依據最高人民法院的司法解釋，只有在涉及到商標的民事案件中，才可能去認定馳名商標。馳名商標保護是對普通商標權的一種補充，是使某些具備特殊市場開拓價值的商標不被他人非法利用而依法采取的特別措施，所以只有當依賴普通商標權不能使一商標獲得適當保護時，給予其馳名商標保護方顯出必要性。而在商標糾紛發生后來認定馳名商標，一方面從橫向將與馳名商標近似的標識范圍擴大;另一方面從縱向將與馳名商標標示的商品或服務的類別擴大，達到給以特殊保護的目的，這才符合商標保護的基本原理，也是制定國際條約的初衷。所以對馳名商標實行事后認定、被動保護的認定方式就使認定馳名商標成為了保護馳名商標的一個中間環節，而不是為了認定而認定，這樣才能體現出馳名商標的法律意義所在。

再者，明確確認馳名商標的認定效力僅在個案中有效。依新商標法和2003年頒布的《馳名商標認定和保護規定》之規定，馳名商標所有人提供的其商標曾被我國有關主管機關作為馳名商標予以保護的記錄，只能作為認定機關考慮的一個因素，而不是當然地承認已認定的結果。即經馳名商標認定機關認定為馳名商標的，其效力僅限于使認定成為必要的案件本身，只在此相關案件中享有特別保護，具備超越普通商標權而對抗有關行為的特別效力。在此特定案件之外，其仍然是普通商標，只能享受普通商標法所能給予的保護。當發生新的爭議，馳名商標所有人還必須再次提供其商標構成馳名商標的證據材料，由認定機構再予以認定。換言之，馳名商標的認定都是一次有效的，不能產生永久性或者任何在時間上具有延續性的效力。同時，認定機構針對每一個案件的特殊情況作出的裁決，原則上只能是對原被告有效，不能適用第三人，也不能對社會普遍有效。尤其作為新興方式的法院對馳名商標的認定，其認定結果僅相對于法院判決當時的商標事實狀態有效，而不能隨意擴大到法院認定之前或之后的某個時期內。而且民事審判的特點是解決訴訟當事人各方的爭議，只對當事人雙方發生法律效力。因此馳名商標認定的意義僅限于可用來對抗被指控的對象，并在日后類似的案件中作為支持馳名商標認定的參考依據。總而言之，個案原則的確立在根本上符合馳名商標動態變化的特征，也契合于殘酷的市場法則。

最后，在實行法院認定與行政認定的雙軌認定機制的同時，就不得不面對兩者之間可能發生的認定沖突。事實上由于1996年頒布的《馳名商標認定和管理暫行規定》中排他性的表達方式，以及我國行政機構一貫比較強勢，法院對馳名商標的認定權顯得很不清晰，在實踐中更未實施過。而世界知識產權組織中的“保護馳名商標問題專家委員會”的傾向性結論卻認為鑒于相當多的商標注冊機構不具備評價一商標是否馳名或者收集結論性證據的充分能力，不應將認定馳名商標的職權賦予商標注冊機構。法院在審理案件時不僅要考慮有利于認定馳名商標的證據，而且要考慮相反的證據，比行政機構僅依據一方的證據作出決定更為客觀。但法院認定馳名商標與行政認定之間，并不存在著必然的沖突，更沒必要去完全取代行政認定。在新建立的認定雙軌制模式下，行政認定可以繼續存在與加強，但只在行政系統內有拘束力。在審判過程中，行政認定的結果可以作為權威機構出具的鑒定結論，即證據的一種來使用。法庭應有權根據雙方當庭提交的證據，決定是否采納行政認定的結果，是否進行司法復核，而沒有義務接受行政認定的結果。對未經行政認定的商標馳名與否，法院應當有權直接作出裁決。也就是說，鑒于馳名商標認定的復審和司法審查制度，商標局和法院對馳名商標認定權的效力是不相同的。商標局的認定權不具有終局性，應接受商標評審委員會的復審及人民法院的司法審查。相反，法院對馳名商標的確定權具有終局效力，直接決定了馳名商標的最終歸屬。這也體現出現代法治文明發展的一般規律。