一、農村承包合同糾紛案件的受理問題
　　處理農村承包合同糾紛，應當發揮有關農村基層組織以及承包合同管理部門的作用，絕大多數糾紛可以由它們調處。當事人不服處理向人民法院起訴的，人民法院應當依法受理；當事人直接向人民法院起訴的，人民法院也應當依法受理。
　　有些農村承包合同的履行因受自然條件的制約，季節性很強。因此，人民法院對此類合同糾紛要及時立案，盡快審理，必要時可裁定先行恢復生產，然后解決糾紛。

二、無效農村承包合同的確認和財產處理問題
　　審理農村承包合同糾紛案件，首先要審查合同是否有效，具有下列情況之一的應確認合同無效：（一）屬于違反國家法律、政策的；（二）損害國家利益和社會公共利益的；（三）違背民主議定原則的；（四）采取欺詐、脅迫或其他不正當手段簽訂的；（五）發包人無權發包的；（六）承包人私自轉讓、轉包承包合同以及轉包漁利的。
　　承包合同被確認無效后，對產生的財產問題應當依照法律、政策合理解決。有過錯的一方應當賠償對方因此而遭受的經濟損失；如果雙方都有過錯，各自承擔相應的責任。

三、農村承包合同的轉讓與轉包問題
　　轉讓是指承包人自找對象，由第三者代替自己向發包人履行承包合同的行為。轉讓的合同內容雖無改變，但是變更了承包人，終結了原承包人與發包人的權利義務關系，確立了受讓人與發包人的權利義務關系。
　　轉包是指承包人把自己承包項目的部分或全部，以一定的條件發包給第三者，由第二份合同的承包人向第一份合同的承包人履行，再由第一份合同的承包人向原發包人履行合同的行為。
　　承包人將承包合同轉讓或轉包給第三者，必須經發包人同意，并不得擅自改變原承包合同的生產經營等內容，否則轉讓或轉包合同無效。
　　承包人在履行承包合同中有安排勞務的經營自主權，某些臨時性的勞務，如季節性的農活，果子的摘收、銷售等，可以不經發包人同意包給他人。
　　承包人承包后自己既不從事經營或生產活動，又不承擔任何風險，坐收“管理費”或者高價轉包的，屬于轉包漁利。如果轉包的價額超出承包價額，而其超出部分大致接近于承包人的投資（包括勞務）加上由于投資（勞務）應當獲得的正常利潤，可以視為合理；如果懸殊過大，則應作為轉包漁利論處。轉包漁利部分應當收歸集體或追繳國庫。

四、承包合同的變更和解除問題
　　出現下列情況之一的，　應當允許變更或者解除承包合同：（一）當事人雙方協商同意，并且不損害國家、集體利益的；（二）訂立承包合同依據的計劃變更或者取消的；（三）因國家稅收、價格等政策的調整，致使收益情況發生較大變化的；（四）由于自然災害等不可抗力的原因，致使承包合同無法履行的；（五）因發包方或承包方不履行承包合同規定的義務，致使承包合同無法繼續履行或者沒有必要繼續履行的；（六）承包人喪失承包能力的；（七）承包人進行破壞性、掠奪性生產經營經發包人勸阻無效的。
　　因變更或解除合同使對方遭受損失的，應當負責賠償，但依法可以免除責任的除外。

五、因自然災害而產生的責任免除問題
　　由于自然災害等不可抗力的外因，致使合同不能履行或者不能完全履行的，可以全部或者部分免除承包人的責任。
　　審理涉及這類問題的案件，必須查明自然災害所造成的損害程度和承包人對自然災害的抗御情況，然后決定對承包人的責任是部分還是全部免除。如果承包人已經盡了自己應盡的責任，仍不能避免標的物遭受損失，可以全部免除承包人的責任；如果既有自然災害的影響，又有承包人經營不善的原因，則應按兩個因素所占的比例，酌情免除承包人的部分責任。

六、發包方單方任意毀約問題
　　有些農村承包合同糾紛是因為發包方任意毀約或有關行政部門違法干預造成毀約而引起的。審理這類案件，應當依法維護原合同的效力。承包人要求繼續履行合同的，　應予支持。發包方毀約給承包人造成的經濟損失，應當予以賠償。因行政部門違法干預而毀約的應由行政部門承擔違約責任，給承包人造成的經濟損失，應當先由發包方賠償，再由應負責任的行政部門負責處理。發包方無力賠償的，如果承包合同尚未到期，可以按賠償數額抵除承包人應繳交的承包金額；如果承包合同已經到期，可適當延長承包期，并在承包期內按賠償數額抵除承包人應繳交的承包金額，或者延期給付賠償金。

七、承包指標過高或過低問題
　　審理因承包指標過高或過低而發生的糾紛案件，應對承包指標的高低作具體分析，主要審查指標是否符合客觀實際。承包指標一般可根據承包前三至五年平均產量（或產值）并考慮合理增產比例予以確定。
　　目前，農村承包合同中的承包指標一般都以投標方式確定。有的承包人為了取得承包權，違背客觀實際，盲目地提高承包指標，導致指標明顯過高而無法履行。對于因此而發生的承包合同糾紛，應當通過調解，引導雙方當事人協商，實事求是地確定合理指標。但對指標基本合理，主要由于承包人本身不努力而完成不成指標的，應當維持原合同的承包指標。
　　對于發包人因缺乏經驗，導致指示明顯過低而發生的承包合同糾紛，應當通過調解，引導雙方當事人協商，確定合理的承包指標。如果承包指標基本合理，承包人通過積極努力和科學管理取得較好的經濟效益，發包人為此要求提高指標的，則不予支持，而應維持原合同的承包指標。
　　對于承包指標的調整，雙方當事人協商不成的，由法院依法判決。

八、承包人搞破壞性京奪性生產問題
　　承包人在承包期間進行生產經營活動，應當注意對自然資源的保護，例如：承包土地不得破壞地力；承包山林不得亂砍亂伐；承包礦業生產不得亂開亂采；承包果園不得為短期收益而破壞果樹的長期生長。承包人在承包期間搞破壞性、掠奪性生產經營，發包人勸阻無效要求解除合同的，應予支持，因此而造成的損失應當由承包人負責賠償，情節嚴重的可責令加倍賠償，直至依法追究刑事責任。

九、農村的鄉鎮企業承包中對外發生債務的承擔問題
　　承包人對于企業在其承包前的債務，如果在承包合同中規定由其承擔的，應按合同規定承擔；如果承包合同中未作規定的，應由發包人承擔，亦可酌情由承包人先予償付，然后從應向發包人繳納的承包金中扣除。
　　承包人對于企業在其承包期內所欠的債務 ，應當承擔清償責任 ，發包人應負連帶責任。
　　承包人逃匿或無力清償債務的，由發包人負責清償。

十、合伙承包人的訴訟地位問題
　　合伙承包人在訴訟過程中，應作為共同訴訟人對待。合伙人眾多的，可由他們選派代表（須經法院認可）參加訴訟。參加訴訟的代表人一經確定，其訴訟行為對全體合伙人或合伙組織的全體成員有效。

十一、執行問題
　　農村承包合同糾紛案件的判決、裁定、調解協議發生法律效力后，被執行人暫無給付能力的，可裁定中止執行。中止執行的原因消失后，應當及時恢復執行。被執行人喪失給付能力的，可裁定終結執行。被執行人有能力履行而拒不履行或者故意拖延履行的，應傳喚其到庭，責令自動履行，仍不履行的，按照《民事訴訟法（試行）》第十七章的規定，強制執行。