財政部、國家稅務總局《關于貫徹落實<中共中央國務院關于加強技術創(chuàng)新，發(fā)展高科技，實現(xiàn)產(chǎn)業(yè)化的決定>有關稅收問題的通知》（財稅字[1999]273號）下發(fā)后，各地在執(zhí)行過程中提出了一些問題。為了更好地貫徹落實中共中央、國務院有關文件精神，加強企業(yè)所得稅征收管理，經(jīng)研究，現(xiàn)就有關問題補充通知如下：

　　一、科研機構轉制問題

　　（一）中央直屬科研機構以及省、地（市）所屬的科研機構轉制后，凡符合企業(yè)所得稅納稅人條件的，自1999年10月1日起至2003年底止，免征企業(yè)所得稅。

　　（二）前款所指科研機構不包括1999年10月1日以前已經(jīng)轉制、已實行企業(yè)化管理和已并入企業(yè)的科研機構，也不包括所有從事社會科學研究的科研機構。

　　（三）享受上述企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策的科研機構，需持轉制變更后的企業(yè)工商登記材料報所在地主管稅務機關，并按規(guī)定辦理有關減免稅手續(xù)。

　　（四）轉制的科研機構隸屬關系如有變更，變更后企業(yè)所得稅的收入歸屬、征收管理范圍、欠稅處理和稅務變更手續(xù)，比照《國家稅務總局關于國家經(jīng)貿(mào)委管理的10個國家局所屬科研機構轉制后稅收征收管理問題的通知》（國稅發(fā)[1999]135號）的有關規(guī)定執(zhí)行。

　　二、軟件開發(fā)企業(yè)的工資稅前扣除問題

　　（一）軟件開發(fā)企業(yè)實際發(fā)放的工資總額，在計算應納稅所得額時準予扣除。

　　（二）前款所指軟件開發(fā)企業(yè)必須同時具備下列條件：

　　1.省級科學技術部門審核批準的文件、證明；

　　2.自行研制開發(fā)為滿足一定的用戶需要而制作用于銷售的軟件，軟件產(chǎn)品的形式是記載有計算機程序及其有關文檔的存儲介質（包括軟盤、硬盤和光盤等）；

　　3.以軟件產(chǎn)品的開發(fā)生產(chǎn)為主營業(yè)務，符合企業(yè)所得稅納稅人條件；

　　4.年銷售自產(chǎn)軟件收入占企業(yè)年總收入的比例達到35%以上；

　　5.年軟件技術轉讓收入占企業(yè)年總收入的比例達到50%以上（須經(jīng)技術市場合同登記）；

　　6.年用于軟件技術的研究開發(fā)經(jīng)費占企業(yè)年總收入的5%以上。

　　三、社會力量資助科研機構、高等學校的研究開發(fā)經(jīng)費稅前扣除問題

　　（一）社會力量對科研機構、高等學校研究開發(fā)經(jīng)費的稅前扣除，是指企業(yè)單位（不含外商投資企業(yè)和外國企業(yè)）、事業(yè)單位、社會團體、個人和個體工商業(yè)戶（下同），對非關聯(lián)的科研機構和高等學校研究開發(fā)新產(chǎn)品、新技術、新工藝所發(fā)生的研究開發(fā)經(jīng)費的資助。

　　（二）企業(yè)單位（不含外商投資企業(yè)和外國企業(yè)）、事業(yè)單位、社會團體在繳納企業(yè)所得稅時，經(jīng)主管稅務機關審核確定，其資助支出可以全額在當年應納稅所得額中扣除。當年度應納稅所得額不足抵扣的，不得結轉抵扣。

　　（三）個人的所得（不含偶然所得，經(jīng)國務院財政部門確定征稅的其他所得）用于資助的，可以全額在下月（工資、薪金所得）或下次（按次計征的所得）或當年（按年計征的所得）計征個人所得稅時，從應納稅所得額中扣除，不足抵扣的，不得結轉抵扣。

　　（四）社會力量資助研究開發(fā)經(jīng)費的支出，是指納稅人通過中國境內(nèi)非營利的社會團體、國家機關向科研機構和高等學校研究開發(fā)經(jīng)費的資助。納稅人直接向科研機構和高等學校的資助不允許在稅前扣除。

　　（五）企業(yè)等社會力量向科研機構和高等學校資助研究開發(fā)經(jīng)費申請抵扣應納稅所得額時，須提供以下資料：

　　1.中國境內(nèi)非營利的社會團體、國家機關出具的收到資助資金和用途的書面證明；

　　2.科研機構和高等學校研究開發(fā)新產(chǎn)品、新技術、新工藝的項目計劃；

　　3.科研機構和高等學校開具的資金收款證明；

　　4.稅務機關要求提供的其他相關資料。納稅人不能提供以上資料的，稅務機關不予受理。

　　四、本通知自1999年10月1日起開始執(zhí)行。