首先，從醫療事故概念的界定說起。醫療損害賠償糾紛是指患者及其親屬認為醫療機構及其工作人員的醫療行為存在過錯或者差錯，并因此造成患者身體和精神上的損害事實，從而引發以損害賠償為主要訴求的民事權益爭議。在《條例》第2條規定：“醫療事故是指醫療機構及其醫務人員在醫療活動中，違反醫療衛生管理法律、行政法規、部門規章和診療護理規范、常規，過失造成患者人身損害的事故”。而按照《民法通則》規定，只要行為人的過錯造成了他人人身、財產等民事權益損害，受害人享有損害賠償請求權，并沒有限定這種損害的類型和程度。患者方只要認為醫療機構的醫療行為侵犯了其生命、健康及財產等民事權益，并造成了損害事實，即享有損害賠償請求權，此類糾紛既包括醫療事故引起的民事賠償，也包括醫療事故之外的其他醫療損害引起的民事賠償。同時《條例》將醫療事故民事責任的性質確定為侵權責任，也著重強調“過失”在醫療事故責任構成要件中的重要性，充分體現了過錯責任原則作為我國侵權行為法中最基本的歸責原則法律精神，充分體現了法律對患者這一弱勢群體的保護。再者，從有利于受害人進行選擇的原則出發，也應選擇侵權責任來確定醫療損害的民事責任性質， 醫療損害侵害的是作為患者的公民的生命健康權，這屬于《民法通則》調整的范圍，即侵害公民身體造成傷害的，侵害人應當承擔民事賠償責任。按照這樣去理解和認識問題，更便于適用《民法通則》規定的一些民法原則處理案件，有利于保護患者的權利。
其次，審理民事案件正確適用法律的前提是民事責任法律性質的準確界定和歸責原則的正確確定。目前，法院審理醫療損害賠償案件可選擇適用的主要法律、法規及司法解釋有《民法通則》、《合同法》、《條例》、《最高人民法院<關于確定民事侵權精神損害賠償責任若干問題的解釋>》、《民事訴訟法》、《關于民事訴訟證據的若干規定》、《最高人民法院關于參照<醫療事故處理條例>審理醫療糾紛民事案件的通知》、《消法》等內容，還有就是剛出臺的最高人民法院《關于審理人身損害賠償案件選用法律若干問題的解釋》（以下簡稱《解釋》）。筆者認為，侵權之訴的醫療損害賠償糾紛案件應適用《民法通則》，并參照《解釋》和《條例》；違約之訴的醫療損害賠償糾紛案件應適用《民法通則》、《合同法》，同時也可參照《解釋》和《條例》；對于醫療機構提供的藥品、醫療器械、日用品等和具有商業性質的服務如餐飲、住宿等發生的糾紛應適用《消法》。審判實踐中產生爭議最多的是《民法通則》和《條例》的適用問題，最高人民法院于2003年1月6日頒布的《通知》（法[2003]20號）規定：“條例施行后發生的醫療事故引起的醫療賠償糾紛，訴到法院的，參照條例的有關規定辦理；因醫療事故以外的原因引起的其他醫療賠償糾紛，適用民法通則的規定。”此條規定明確了《條例》與《民法通則》的適用關系。《條例》是國務院制定的行政法規，其側重醫療行政管理關系，對于出現的醫患糾紛經醫療事故技術鑒定后構成醫療事故的，在行政上如何進行賠償作出了具體規定，因此，法院審理醫療損害賠償糾紛案件時，在尚沒有其他法律法規的前提下，應當參照執行；但畢竟是“參照執行”，而不是“必須執行”，所以，法院在審理醫療損害賠償糾紛時并不僅限于《條例》的規定，而應當將《民法通則》作為解決醫療損害賠償糾紛案件的主要適用法律規范，特別要體現民法基本原則和歸責原則的適用。而2004年5月1日實施的《解釋》正是最高人民法院根據《民法通則》的基本原則和歸責原則制定出來的司法解釋，主要是用于人身損害賠償類案件，在賠償項目和賠償標準上，有了明確的規定，也是人民法院審理醫療損害賠償糾紛案件時的參照。
再次，醫患關系法律性質和醫療損害賠償民事責任的性質決定了法律適用的方法和原則。目前的《條例》雖然比以往的《醫療事故處理辦法》更加細化和完善，也更加符合《民法通則》所體現的基本法律精神，但《條例》畢竟只是國務院頒布的行政法規，僅僅只是衛生行政部門確認醫療事故的等級及其處理的行政性法律規范，不屬于民事實體法律規范，而醫患關系是一種民事法律關系，醫療損害賠償責任是一種民事責任，應當適用民事實體法律規范來調整。由于我國民法典尚在制定之中，現在暫無侵權行為法，現行《民法通則》僅有原則條款，而沒有涉及處理醫療損害賠償糾紛的相關侵權行為法的具體內容，因此，應當參照行政法規執行，但應當在充分體現民事基本原則的基礎上參照執行，“參照執行”決定了不能將《條例》作為法院判決的“引據法”。而且《條例》只對構成醫療事故的糾紛案件賠償問題進行了界定，僅僅只是醫療事故損害賠償糾紛發生后行政調解解決糾紛的手段之一，大量的醫療損害賠償糾紛還是需要通過訴訟方式解決，并且《條例》在賠償標準和數額上也有許多不完善的地方，例如對于因醫療事故造成死亡的，《條例》中沒有規定死亡賠償金的標準，而《民法通則》第九十八條規定“公民享有生命健康權”，人的生命難道不比健康更為重要。這是《條例》的缺陷。所以在適用法律問題上，從醫療損害賠償糾紛案件的民事法律關系性質和民事責任構成等必要前提角度出發，首先應當適用《民法通則》及其相關司法解釋，因為《民法通則》的調整范圍涵蓋了所有醫療損害賠償糾紛及人身損害賠償糾紛；但《民法通則》的適用并不排斥《條例》的參照適用，因為現階段立法的局限性導致尚無侵權行為法來調整醫患類糾紛，《條例》中不違反民法精神和與民法立法精神相一致的內容，均可視為《民法通則》的細化，完全可以參照適用。從我國立法的宗旨和所體現的法律精神來看，選擇適用《民法通則》更有益于保護當事人的合法權益，實現法律的終極目標。
最后，根據法律的高階位優先適用原則，醫療事故損害賠償應先選用《民法通則》及相關的司法解釋。國務院《條例》屬于行政法規，側重于行政管理職能。它雖然在醫療事故的預防與處置、醫療事故的技術鑒定、醫療事故的行政處理與監督、醫療事故的賠償等方面均作了明確具體的規定，但畢竟屬于衛生行政部門確認醫療事故的等級及其處理醫療事故的行政性法規，與民法通則不是特別法和普通法的關系，而是上位法和下位法的關系，不能完全正確指導法院的具體審判實踐活動。最高人民法院副院長黃松有在2003年3月26日召開的全國民事審判會議上指出：“人民法院在審理因醫療行為而發生的損害賠償案件時，要正確理解上位法與下位法之間的關系。”因此，處理醫患糾紛案件在法律適用發生沖突時，應當優先適用民法通則及相關司法解釋；對民法通則及其相關司法解釋沒有規定的，再適用《條例》的規定。 2004年5月1日實施的《解釋》正是最高人民法院根據《民法通則》的基本原則制定出來的關于解決人身損害賠償案件的司法解釋，指導法院的具體審判實踐活動，具有重要的意義，人民法院審理醫療損害賠償糾紛案件完全可以適用，也應當適用。
因此，筆者認為，法院審理醫療損害賠償糾紛案件，在民事責任的歸責原則上應當適用《民法通則》和《規定》，堅持過錯賠償，不以是否構成醫療事故作為醫療機構承擔民事責任的前提條件，同時在賠償項目和賠償標準上，由于法律目前尚無明確規定，可視《條例》為《民法通則》的細化，參照《條例》的規定執行。而《條例》規定不明確或沒有規定的應參照《解釋》的規定，因為《解釋》也是《民法通則》的細化，是專門對人身損害賠償案件的司法解釋，也應選用，實行就高不就低的原則。這樣既維護了國家的基本法律統一適用，又在賠償標準和數額上的法律適用上實現了賠償內容的相對統一，有利于充分保護患者方的合法權益。