現在很多人在工作單位受了氣或者是覺得沒有什么前途了便會選擇離職，但是有一部分人離職的時候不跟工作單位打招呼而擅自進行了離職。對于這樣擅自離職的員工工作單位還是非常的頭疼的，那么員工擅自離職怎么辦，員工擅自離職扣發工資嗎?

一、員工擅自離職怎么辦

首先，遇到員工擅自離職的，用人單位應當以書面形式送達通知書，限定員工在指定是時間內回公司上班，并提出如限期內不上班的處理措施。

其次，當員工擅自離職達到可以辭退的標準時侯，用人單位應當將解除勞動關系的事宜公開，并以書面形式送達離職通知書給員工，通知其前來辦理交接工作以及離職手續。

至于通知書的送達，用人單位應采取掛號信或EMS形式，將通知書送達至員工信息登記的住址、身份證地址，或者經濟聯系人地址，并保存好回執。送達日期，以簽收日期為標準。若員工不簽收，或郵寄信被退回，用人單位應當完好保留郵寄信，如有爭議發生，至開庭時方才當仲裁員的面打開郵寄信，以證明用人單位履行了通知義務和用人單位解除勞動合同的意愿。必要時，用人單位可以在報紙上登聲明，自通告之日起滿30天視為送達。

另外，如果員工違反勞動合同中約定的保密義務或者競業限制的，造成用人單位損失的，用人單位可以申請仲裁，要求員工賠償損失。如果用人單位為員工支付了培訓費用，而員工未到期離開的，用人單位可以要求勞動者賠償培訓費。如果員工未與公司辦理離職手續就到其他公司上班，造成原公司損失的(有實際數字證據)，公司可以要求員工賠償損失。 如果擅自離職，沒有辦完合法手續，出現相關勞動方面問題，勞動者需承擔一部分責任，員工要離職法律程序，是維護自身權益的最好方式。

二、員工擅自離職工資是否扣發工資

勞動關系雙方依法解除或終止勞動合同時，用人單位應在解除或終止勞動合同時，一次付清勞動者工資。

勞動合同即將到期終止，恰遇員工生病，勞動合同需法定順延，那么順延期間公司是否需要與員工簽訂一份書面的勞動合同，如果不簽訂，是否需承擔不簽合同雙倍工資的法律責任?

勞動者患病或者非因工負傷，勞動合同應當續延至醫療期滿時才能終止。所謂順延，是指勞動合同要按照原先的內容再履行一段時間。由于是法定的順延，即相當于在順延期間，也是在履行勞動合同，雙方不需要另行簽訂書面合同，用人單位也不用承擔不簽合同的法律責任。如果遇到這種法定順延的情形，可以向勞動者發出一份書面的順延通知，這樣比較有利于避免爭議的發生。員工患病且醫療期已過，勞動合同到期用人單位不續簽，那么除了經濟補償外，用人單位是否還要支付醫療補助費?

勞動者患病或者非因工負傷，合同期滿終止勞動合同的，用人單位應當支付不低于六個月工資的醫療補助費;對患重病或絕癥的，還應適當增加醫療補助費。

以上便是對問題員工擅自離職怎么辦，員工擅自離職扣發工資嗎的簡單回答，從上文中可以看出員工擅自離職是非常不理智的行為，而且還可能會對工作單位造成一定的損失。可以說如果員工擅自離職達到了公司解雇員工的條件公司便可以直接解雇離職員工。