第三方物流屬于新興產業，在發展過程中還有很多不成熟的地方，因此對其法律性質的認定不能一概而論。目前我國物流市場存在三種模式。第一種，大多數第三方物流企業均屬于接受客戶的委托，根據客戶發出的指令處理貨物，以費用加利潤的方式定價，收取服務費。這種經營模式與傳統運輸業、倉儲業等的區別不大，其法律性質仍然是運輸、倉儲等合同關系。第二種，在發展模式上呈現出依托其他各種經營業態發展的特色，其中主要有分銷、代銷、寄售、郵購、展賣、超市零售等。例如，倉庫所有者在倉庫租賃合同中同時約定為承租人提供裝卸搬運服務，那么這份合同的性質一部分屬于租賃合同，另一部分則屬于提供裝卸搬運勞務的委托合同。此類變異了的第三方物流，其法律性質要看合同中的具體約定。第三種，第三方物流企業代替貨主進行物流系統設計并對系統運營承擔責任，而且第三方物流企業不一定保有物流作業能力，具體的作業可以采取對外委托的方式由專業的運輸、倉儲企業等完成。在這種經營模式中，第三方物流的法律性質則表現為一種提供智力型服務的委托合同關系。

第三方物流因其經營模式的不同而表現出紛繁復雜的法律屬性。因此，實踐中一些企業由于不清楚自身的法律性質而將本應由他人承擔的責任錯由自己承擔。例如，承運方投保之后，保險公司往往在貨物賠償方面設置了免賠額，據此，因不可抗力、第三人侵權等造成貨損時，承運方即使從保險公司取得賠償，也要全額賠償貨方，白白遭受了免賠額部分的損失。根據保險慣例，如遇非承運人原因(免責除外)導致貨損情形，應該由貨方承擔風險;承運人投保屬于為貨方保險的委托代理行為，保險行為的后果應直接歸于貨方(委托人)，保險免賠額部分的損失也應由貨方(委托人)承擔。由此可見，對行為性質認識的錯位也蘊含著極大的風險。

2來自電子合同的風險

電子合同是指合同當事人通過電子數據交換或電子郵件擬定的合同，即達成設立、變更、終止民事權利和民事義務的協議或者契約。其實現過程就是用戶將有關數據從自己的計算機信息系統傳送到有關交易方的計算機方信息系統的過程。作為一種新的貿易形式，電子合同對傳統合同法提出了挑戰。

《合同法》規定：當事人訂立合同有書面形式、口頭形式和其他形式。書面形式指合同書、信箋、數據電子(包括電傳、傳真、電子數據和電子郵件)等有形的形式表現所載內容。可見，合同法把電子合同納入了“書面形式”的范疇之內。但事實上，電子商務合同與傳統的書面形式和口頭形式在法律上有著許多明顯的區別，有著許多新的特點，同時也就存在一些新的潛在的風險。例如，雙方當事人不見面，要約與承諾通過互聯網進行，其身份的確認依靠密碼辨認或者認證機構的認證;表示合同生效的傳統簽字蓋章方式被數字簽字所代替;電子合同的訂立沒有嚴格的形式要求，不同情況有不同的表現形式;電子證據非常容易被修改而且可以不留下任何痕跡，當事人請求若采用撥號上網或其他接入國際互聯網的方式來收集證據有極大的風險性;目前我國法律沒有對電子證據進行具體規定，電子證據的合法性遭到質疑等等。

3來自其他不同類型合同的風險

運輸合同風險。運輸合同是承運人按照托運人要求將貨物運送至目的地交付給收貨人，托運人或者收貨人支付運費的合同。運輸是物流業很重要的業務。物流企業既可以作為承運人，也可以作為托運人，甚至有時兩種身份兼而有之。不同的身份，其權利義務完全不同，所要承擔的風險責任也就不同。

物流企業之間協作的合同風險。在與分包商或信息系統提供商的合作中，當客戶發生損失后，根據合同相對性的原則，無論造成過失的是物流商還是分包商、信息系統提供商，對外賠償都要由簽訂合同的物流企業首先承擔責任，事后再對有責任的分包商或信息系統提供商進行追償。與資信好的企業合作，便能最大限度地得到清償，把風險降到最低，反之則可能損失慘重。

此外，還有錯選合作伙伴的風險、投資風險、租賃風險、意外事故或不可抗力等大量風險存在，針對不同的情況，物流企業應采取相應的防范措施。