抵消權的行使在現實的經濟生活中具有重要的法律意義。其一，抵消使得當事人本應履行的債務不再履行，從而簡便了債權滿足的途徑，節省了費用。如抵消權的行使不必經過拍賣手續，即可迅速獲得債權的滿足。其二，有擔保的作用，可以有效地保護債權人的權利。如果一方當事人在對方當事人清償能力下降的情況下，將自己對對方的債務與對方對自己的債務相抵消。這樣就可以迅速地使自己的債權得到清償，避免將來可能發生這樣的情況：即自己清償了對方的債權，而對方卻失去了清償的債權的能力。另外，在一方當事人破產時，對方當事人為履行所交付的財產，將被作為破產財產在破產人的諸債權人之間按比例分配，顯然不利于對方當事人，行使抵消權可以避免這種情況的發生，維護市場的公平原則。

實踐中，有這樣的一個問題：企業欠銀行的錢超過了訴訟時效，銀行向法院提起訴訟，法院以訴訟請求超過了法定訴訟時效為由不予保護給予駁回。但如果企業恰好又在銀行帳戶中存有一筆款，銀行是否可以自己對該企業的超訴訟時效債權來進行抵消﹖關于此問題，我國不少學者認為：“超過訴訟時效期間的債權，不得作為主動債權而主張抵消，否則無異于強迫對方履行自然債務。如果被動債權已過訴訟時效期間，就可用作抵消。于此場合，可認為債務人拋棄了時效利益。”對此，筆者認為，當事人對自己訴訟時效已屆滿的債權，可以和相對人的等額債權通知抵消，無論該債權是否已過訴訟時效。理由如下：

1、在理論上，超過訴訟時效債權的性質為自然債，銀行對訴訟時效已屆滿的債權行使抵消權完全不違背自然債的法律屬性。《中國大百科全書法學》對自然債的定義是：“自然債是超過訴訟時效的債。由于訴訟時效的屆滿，債權人不能要求通過訴訟程序強制債務人履行，但債務人自愿履行可以得到法律的確認。已經履行的也不能因為超過訴訟時效而要求返還。”可見，自然債的本質屬性在于“不能要求通過訴訟程序強制債務人履行”，而不是不能通過其他方式實現，也不是不能向法院提起訴訟，更不是債權債務關系不存在。

也就是說，訴訟時效期間屆滿，當事人只喪失勝訴權，不喪失起訴權和實體權利。因為起訴權仍然存在，債權人可向人民法院提起確認之訴，要求確認債權債務關系是否存在、或訴訟時效期間是否屆滿;因為債權債務關系仍然存在，債務人自愿履行的，債權人可以接受;債務人不自愿履行但雙方當事人互付到期債務，在符合法律的規定或當事人有約定的情況下，債權人可通過行使抵消權行使權利。如前所述，訴訟時效期間屆滿，只導致債權人不能通過訴訟程序強制債務人履行，不排除其通過別的途徑實現其權利。在雙方互負到期債務，該債務的標的物種類、品質相同的情況下，一方行使抵消權無須征得對方同意，更無須通過訴訟程序，只須通知對方，通知自到達對方時生效。當然，為保護其他債權人的利益，防止當事人規避法律，一方并非債務人的債權人，本不享有抵消權，卻將自己已過時效期間的債權，轉讓給債務人的債權人，由該債權人和債務人的抵消，應當確認無效。

2、從立法實踐上看，國外立法一般認為超過訴訟時效的債權可以用來抵消，而不問主動抑或被動。如日本民法典第508條規定：“因時效而消滅的債權，如果于其消滅之前適合于抵消，其債權人可以實行抵消。”再如德國民法典第390條第二款規定：“因時效而消滅的債權，在其尚未因時效而消滅時適合于抵消者，也得為抵消。