對于存疑不起訴案件中的被不起訴人是否有權請求賠償的問題，目前存在著很大的爭議。最高人民法院和最高人民檢察院的認識不一，理論界和實務界的觀點也相距甚遠，主要有以下兩種對立的觀點：一、國家對存疑不起訴中的被不起訴人不承擔刑事賠償責任多數實務工作者和部分學者主張國家對存疑不起訴案件中的被不起訴人不承擔刑事賠償責任，主要理由歸納有以下幾點為：1、作出存疑不起訴和批準逮捕是兩個獨立的訴訟決定，不起訴決定并不否定前面的訴訟行為。存疑不起訴的結果盡管也是以犯罪嫌疑人無罪而結束刑事訴訟，但不能因此否定先前作出的逮捕決定，兩者都是對案件的一種階段性評價，如果因為后來查明證據的變化而否定先前作出的決定，而要求作出決定的機關和辦案人員承擔責任，這于情于理都是令人難以接受的。對于當時符合逮捕條件的犯罪嫌疑人實施逮捕，但最終因為證據發生變化而認為是無罪的，在這種情況下，對犯罪嫌疑人的羈押是合法的羈押，國家不應承擔賠償責任；2、存疑不訴其實質是對案件所作暫時不起訴處分，并非對案件的實體處分，不能作為被羈押的犯罪嫌疑人無罪的最終結論。也就是說，之所以不能起訴是由于證據上的瑕疵，導致不符合起訴條件，它與法院的無罪判決有著本質上的區別。在存疑不起訴的情形中，被不起訴人仍然存在著有罪或無罪兩種可能；3、存疑不起訴不屬于《國家賠償法》規定的賠償范圍，因此亦不符合賠償的條件。由于國家賠償法的制定和實施早于刑事訴訟法的修訂，對存疑案件是否應當給予賠償，《國家賠償法》沒有明確的規定，之后又沒有這方面的補充規定，無法可依；4、“疑罪從無”的后果并不意味著必然要求對被不起訴人進行賠償。按照“疑罪從無”原則處理的案件，畢竟不同于已經查明了確系無辜的無罪，刑事訴訟保護人權的精神并不是以國家賠償來衡量的，不起訴與是否對捕后的被不起訴人給予國家賠償是兩種不同性質的問題，對捕后的被不起訴人是否予以賠償，應只取決于逮捕的正確與否；5、對存疑不起訴案件予以賠償，可能會產生負面的影響。由于存疑不起訴系因證據不足而不起訴，當檢察機關發現新的證據，符合起訴條件時，可能重新啟動公訴程序，這樣就不可避免出現已經賠償的如何追償的問題，勢必會造成司法實踐中的混亂。同時，如果對存疑不起訴案件予以賠償，間接地證明公安機關和人民檢察院辦錯了案件，直接影響到辦案人員的積極性，很可能造成以后執法畏難心理。二、國家對存疑不起訴中的被不起訴人承擔刑事賠償責任而多數學者和部分實務工作者卻主張國家對存疑不起訴案件中的被不起訴人承擔刑事賠償責任，認為：1、對國家賠償法的理解和解釋，應注重時代性，與時俱進，而不能拘泥于立法時的本意。基于此，對國家賠償法第15條第2項規定的“沒有犯罪事實”的理解，理應包括事實上沒有犯罪事實和法律上沒有犯罪事實兩種情況。惟有此，方能使被捕的法律意義上的無辜者可以獲得救濟，不僅有利于對公民權利的保障，亦與國家賠償法的立法精神相符合，否則，有悖國家賠償法“強化人權保障”的意旨；2、對存疑不起訴予以國家賠償，是嚴格貫徹“疑罪從無”原則和注重“保障人權”的現代訴訟文明的要求。存疑不起訴中的被不起訴人，在客觀上其可能有罪也可能無罪，法律之所以作出這種選擇，是在懲罰犯罪和保護人權權衡利弊后作出的一種明智而又理性的選擇，這種選擇也是符合當今社會法治的潮流。即使某些被不起訴人在事實上是有罪的，但沒有證據去證實，也應將其視為無罪，作為客觀上無罪一樣對待。否則，極有可能重新陷入“疑罪從有”的怪圈；3、是保障被追訴者合法權益的需要，也是追訴機關的職責使然。被不起訴人被羈押后，既無勞動的權利又無勞動的收入，思想上和精神上承受了巨大的壓力和折磨，即使因不起訴被釋放，但是，他們的人身、經濟、精神損失是無法換回的。只有檢察機關代表國家給予他們一定的經濟補償，才能使其心靈上得到撫慰，消除其逆反心理，這樣做，不僅可以在一定程度上維護了被不起訴人的合法權益，而且在另一層面也有利于維護社會的安定，消除隱患。同時，造成證據不足的狀態與追訴機關行使職權失當不無相關，雖然有時是客觀的原因，但也不能排除一定情況下主觀的因素，如對證據把關不嚴，未及時收集關鍵證據等等。為此，由國家對羈押后的被不起訴人承擔一定的賠償責任也是合情合理的；第四，對證據不足被不起訴人予以賠償，能夠促使檢察機關及其具體辦案人員吸取教訓和改進工作，有利于提高案件質量。并且可以在一定程度上遏制以往司法實踐中一貫的“以拘代偵”和“以捕代偵”等做法惡習。