企業收取違約金時，應區分不同的情況，在開具發票時區別對待。一般地，銷售貨物或提供增值稅應稅勞務而收取的違約金，應開具增值稅專用發票，并計入銷售收入;提供服務性業務而收取的違約金，應開具服務業發票，并計入營業收入;因資金往來而收取的違約金，應開具服務業發票，按金融保險業計征營業稅。這里要注意，如銷售貨物的所有權沒有發生轉移，或者未提供增值稅、營業稅應稅勞務而收取的違約金，則不需要開具發票。例如，上述乙公司收取甲公司12萬元違約金，是在未銷售貨物或者提供加工、修理修配勞務及未提供營業稅應稅勞務的情況下收取的違約金，不屬于增值稅或營業稅的征稅范圍，不征收增值稅或營業稅，也不屬于發票管理范圍，因此乙公司不需要開具發票，只開具收款收據即可。具體分析如下。

第一，銷貨方收取違約金。購銷雙方在交易過程會簽訂合同，合同一般會訂立違約條款，違約要支付相應的違約金。銷貨方向購貨方收取違約金分兩種情況：

(一)合同履行前違約

如果購貨方在合同履行前違約，雙方最終并沒有執行合同，則違約金不屬于生產經營的業務往來。《發票管理辦法》第三條規定，發票是指在購銷商品、提供或者接受服務以及從事其他經營活動中，開具、收取的收付款憑證，既然沒有發生經營行為，故不需要開具發票。

(二)合同履行過程中違約

如果購貨方在合同履行過程中違約，而合同內容屬于應繳增值稅行為，根據增值稅暫行條例第六條及增值稅暫行條例實施細則第十二條的規定，即增值稅銷售額為納稅人銷售貨物或者應稅勞務向購買方收取的全部價款和價外費用。

違約金屬于價外費用，一般地，銷貨方要將違約金與貨款一起開具增值稅發票給購貨方，并計算繳納增值稅。操作中注意，如果貨物價格與價外費用需要分別填寫，可以在專用發票的“單價”欄填寫價、費合計數，另附價外費用項目交與購貨方。但如果價外費用屬于代收代繳的消費稅，則該項合計數中不應包括此項價外費用，應另行開具普通發票。例如，甲公司與乙公司(均為增值稅一般納稅人)簽訂合同，由甲公司向乙公司供應產品。如果甲公司已銷售貨物給乙公司，乙公司違約，則甲公司收取的違約金，需要開具增值稅專用發票給乙公司。

如果屬于應繳營業稅行為，根據營業稅暫行條例第五條和營業稅暫行條例實施細則第十三條的規定收取的違約金屬于價外費用，應當并入營業額征收營業稅。同時，根據《財政部、國家稅務總局關于營業稅若干政策問題的通知》(財稅[2003]16號)的規定，單位和個人提供應稅勞務、轉讓無形資產和銷售不動產時，因受讓方違約而從受讓方取得的違約金收入，應并入營業額中征收營業稅，收取違約金的一方應開具營業稅發票給對方。

第二，購貨方收取違約金。對于經營增值稅應稅貨物或應稅勞務行為，因銷售方違約而支付給購買方的違約金，由于購買方不存在銷售貨物或應稅勞務的情形，違約金不是生產經營收入，不需要開具發票，只需開具收款收據。《發票管理辦法》第二十條規定，銷售商品、提供服務以及從事其他經營活動的單位和個人，對外發生經營業務收取款項，收款方應向付款方開具發票;特殊情況下由付款方向收款方開具發票。也就是說，開具發票的前提是銷售商品、提供勞務等而取得了生產經營收入，不是生產經營收入則不需要開具發票。例如，甲乙公司是購銷雙方，甲公司因所銷售產品的質量存在問題，合同約定，甲公司支付10萬元違約金給乙公司。由于乙公司僅是購買貨物而非銷售貨物，乙公司收取的10萬元違約金不存在增值稅的納稅義務，無需繳納增值稅，也不需要開具增值稅專用發票。

如果屬于營業稅應稅項目，對于接受營業稅應稅項目一方因提供方違約而收取的違約金，因接受方沒有對提供方提供營業稅應稅勞務、轉讓無形資產和銷售不動產，不存在繳納營業稅的義務，所以收取的違約金無需繳納營業稅，也無須開具營業稅發票。

總之，如果形成了銷售的違約金價外費用，應并入增值稅應稅銷售額，同時可以按規定開具增值稅專用發票。如果沒有實際發生銷售業務而收取的違約金，不需要開具發票，但要提供給對方合法、合理的依據，如法院判決書或調解書、仲裁機構的裁定書、雙方簽訂的提供應稅貨物或應稅勞務的協議、雙方簽訂的賠償協議、收款方開具的發票或收據。