工傷認定中，用人單位與受傷害者對是否存在勞動關系存在爭議，就可能啟動勞動仲裁程序。

任何一方當事人都可以主動向勞動仲裁機構申請。為了防止工傷認定后當事人再申請仲裁，當事人均未申請的，工傷認定部門應對此予以釋明。依據《勞動爭議調解仲裁法》，仲裁只能由當事人申請，而不能由工傷認定部門代為申請。

勞動仲裁委對勞動關系的裁決，較之工傷認定程序中的事實認定，更專業更權威。為了避免兩個程序產生的結果之間的沖突，必然要尋求協調途徑。有觀點認為，仲裁申請被受理后工傷認定程序應終止，待仲裁裁決作出后再由受傷害者申請認定。還有觀點認為，應中止工傷認定程序。筆者認為，后一觀點更可取，勞動關系的仲裁可以取代工傷認定中的事實認定環節，兩者沒有質的區別。仲裁裁決作出后，工傷認定部門即可在此基礎上作出決定，而不必待終止后再行申請。

二、工傷認定程序與勞動仲裁程序的協調

1.兩種程序的效力優先

作為民事糾紛的救濟途徑，仲裁當然應具有更高的效力，但又不能一概否定工傷認定部門對勞動關系事實的認定。如果工傷認定之前已經勞動仲裁，或在工傷認定程序中申請勞動仲裁，仲裁委員會作出勞動關系的仲裁裁決應作為工傷認定的依據。但如果在工傷認定作出后，相對人對其中的勞動關系事實認定不服，又不提起行政訴訟，而是申請勞動仲裁，仲裁裁決恰好又作相反認定的，該裁決是否影響工傷認定決定的效力

筆者認為，應當承認勞動仲裁裁決的權威性。但在工傷行政認定行為生效后再申請對勞動關系仲裁的，不利于行政穩定及效率。這涉及行政效率與民事權利保護的權衡，為了更好地平衡，在工傷認定程序中應注意釋明，告知相對人可對勞動關系申請仲裁，征求是否申請，若放棄申請或認定程序結束前仍未申請的，可認為相對人放棄申請仲裁權利，可由工傷認定部門進行事實認定或由工傷認定部門委托勞動仲裁機構出具意見書。對該工傷認定中的事實認定，相對人不得再申請勞動仲裁，只能提起行政訴訟。

2.工傷認定與勞動仲裁的管轄

《工傷保險條例》規定工傷認定須向統籌地區勞動保障行政部門提出工傷認定申請。閩勞社文[2005]253號文件規定，在生產經營地進行工傷認定。該兩者分別規定了工傷認定的級別管轄和地域管轄原則。《福建省實施〈工傷保險條例〉辦法》第五條又規定：工傷保險基金在設區的市實行全市統籌，并實行省級調劑金制度。因此，工傷認定一般向生產經營地的市級工傷認定部門申請。而根據《企業勞動爭議處理條例》第十八條，勞動關系爭議的仲裁，由職工當事人工資所在地縣級仲裁委員會處理。這樣，同一工傷認定案件，如果對勞動關系申請仲裁，則工傷認定與勞動仲裁不論在級別還是地域管轄上都可能存在沖突，兩者往往由不同的部門作出。為了方便相對人，可以規定由工傷認定部門所在勞動社會保障部門的仲裁機構，或所在轄區的縣級仲裁機構進行仲裁;在相對人不申請仲裁時，可由工傷認定部門向所在勞動社會保障部門的仲裁機構委托出具意見書。

通過上述分析，筆者認為，工傷認定部門對勞動關系可進行形式審查，但不能認為申請材料無法證明勞動關系的存在而不予受理。工傷認定部門可以對勞動關系的存否進行調查核實，并在行政行為的事實認定中予以體現。相對人不服的，可以以事實認定不清為由提起行政訴訟。

工傷認定程序中，勞動關系爭議已經仲裁裁決的，工傷認定應以裁決為基礎;工傷認定中當事人未申請仲裁的，應告知當事人有權申請仲裁，被受理后工傷認定中止，待裁決作出后恢復認定程序;如果在工傷認定中，當事人經告知后不申請仲裁的，可委托仲裁機構出具意見，之后當事人不得就勞動關系的存否再申請仲裁，也不得對該仲裁機構的意見提起民事訴訟。相對人不申請仲裁的，不影響工傷認定程序的進行，勞動關系仲裁并非工傷認定的前置程序。