一、全面落實初級衛生保健工作
　　地方各級人民政府要認真貫徹“預防為主”的方針，高度重視發展農村初級保健工作，將其納入國民經濟和社會發展規劃，并隨著農村經濟發展逐步提高初級衛生保健水平。要制定分階段實施方案，統籌安排人力、物力和財力，重點控制傳染病、地方病，預防慢性非傳染性疾病；做好基本醫療服務、婦幼保健、老年保健、改水改廁等工作；積極推進“九億農民健康教育行動”，普及醫藥科學知識，倡導文明健康的生活方式。

　二、改革衛生管理體制
　　各級衛生行政部門要依法行使管理和監督職責，打破部門和所有制界限，對農村衛生工作實行全行業管理。要以區域衛生規劃為指導，合理安排農村衛生機構的布局，加強農村衛生機構、從業人員、衛生技術應用等方面的準入管理，制定服務規范，完善有關規章制度。禁止非衛生技術人員進入衛生技術崗位，取締非法行醫。鄉鎮人民政府要配合縣衛生行政部門，積極做好本鄉鎮的衛生工作。
　　農村衛生機構要以公有制為主導，鼓勵多種經濟成份衛生機構的發展。根據各地區實際，鄉鎮衛生院可以由政府和集體投資舉辦，也可以合作經營。允許社會、個人投資舉辦醫院和醫療診所。村衛生室可以集體舉辦、村醫聯辦，也可以個體承辦。
　　鄉鎮衛生院的人員、業務、經費等由縣級衛生行政部門按職責管理。完善鄉村衛生服務管理一體化，強化鄉鎮衛生院對村衛生室的指導與監管作用，提高鄉村衛生組織的綜合服務能力。

　三、健全衛生服務網絡
　　要優化縣（市）、鄉、村衛生資源配置，調整農村衛生服務網絡功能，改善服務質量，提高服務效率。鄉鎮衛生院和計劃生育服務機構要按照職能，突出服務重點，資源共享，避免重復建設。鄉鎮衛生院以公共衛生、預防保健為主；計劃生育服務機構以計劃生育為主。要根據區域衛生規劃和農民實際需求，調整鄉鎮衛生院布局。鼓勵縣（市）、鄉、村衛生機構開展縱向業務技術合作。在農村衛生服務網絡建設中，要注重發揮中醫藥的作用。
　　縣級衛生機構要貫徹城鎮醫藥衛生體制改革精神，落實對農村衛生技術指導的責任，發揮培訓農村衛生人才的作用。縣級預防保健機構要把預防保健工作深入到農村基層；縣級醫療機構要承擔鄉村衛生機構的轉診，解決農民危重、疑難病癥的診治；縣級衛生行政執法機構要根據衛生監督體制改革的精神和原則，充實力量，加大巡回監督力度。有條件的地區，可在鄉鎮派駐衛生監督執法人員，加強對農村公共衛生的監督和對衛生機構的監管。
　　鄉鎮衛生院要協助進行農村衛生執法工作。要堅持預防保健工作與醫療服務相結合，確保公共衛生工作的落實，提高基本醫療服務水平，尤其要增強產科、計劃生育、急救等服務功能。在經濟發達地區，鄉鎮衛生院可轉向社區衛生服務職能。除鄉中心衛生院之外，一般鄉鎮衛生院不向醫院模式發展。
　　要加強村衛生室建設，使之能夠為農民提供安全、方便的常見傷病診治服務，并承擔公共衛生和預防保健任務。

　四、推進鄉鎮衛生院改革
　　鄉鎮衛生院要建立權責明確、民主管理、自我約束和自我激勵的運行機制。要堅持公開、平等、競爭、擇優的原則，在全縣或更大范圍內招聘作風好、懂技術、善管理的主治醫師及以上職稱的優秀人才擔任鄉鎮衛生院院長，適當提高其待遇并將其工資和醫療保險單位繳費部分列入財政預算。要實行院長任期目標責任制，對不稱職的鄉鎮衛生院長予以解聘。有條件的地區，可試行管理委員會領導下的衛生院長負責制。
　　鄉鎮衛生院要完善規章制度，加強醫療衛生服務質量管理和財務管理，引入競爭機制，降低運營成本，提高收費透明度，規范醫療行為，提高服務質量。推進人事、分配制度改革，全面實行聘用制，因事設崗，按崗聘人，競爭上崗，嚴格內部考核制度，采取激勵機制，使人員收入與技術水平、服務態度和勞動貢獻掛鉤。

　五、提高衛生技術人員素質
　　要加快農村衛生技術人員結構的調整。各地區要制定規劃，加強對鄉鎮衛生院院長管理技能的培訓和衛生技術人員全科醫學知識與技能的培訓。鄉鎮衛生院醫生在３至５年內達不到執業助理醫師資格的要轉崗分流。要嚴格控制鄉鎮衛生院內非衛生技術人員的比例，對衛生技術崗位上的非衛生技術人員要有計劃地清退。要加強對現有鄉鎮醫生的學歷教育，新進入村衛生室的人員應具備執業助理醫師資格，力爭用１０年時間在大部分農村地區完成鄉村醫生向執業助理醫師的轉化。在農村衛生技術人員培訓中，要加強中醫藥知識與技能的培訓。
　　凡畢業后自愿到農村服務的醫學院校本科以上學生，可優先申請國家助學貸款；凡赴邊遠貧困地區農村基層服務的畢業生，可按規定享受國家的優惠政策。
　　要改善農村衛生人員的生活、工作環境，實行鼓勵衛生人員到農村基層服務的政策和措施，引導城鎮醫務人員到農村服務。要嚴格執行城市醫生在晉升主治醫師和副主任醫師職稱之前到農村衛生機構服務滿規定年限的制度。

　六、完善衛生經濟政策
　　要按照公共財政的要求，規范政府對農村衛生事業補助的范圍和方式，并隨著經濟增長和財政收入的增加，調整衛生支出結構，加大對農村衛生的投入力度。農村衛生工作所需經費由縣級財政安排。中央和省級人民政府要根據需要，安排一定的農村衛生專項資金，重點用于貧困地區的傳染病和地方病防治、基礎衛生設施條件改善、人才培養等工作。同時，動員社會廣泛籌措資金，發展農村衛生事業。
　　鄉鎮衛生機構上劃到縣級人民政府管理，經費預算指標相應上劃到縣級財政。對政府舉辦的鄉鎮衛生機構給予定額和定項補助。定額補助主要包括計劃免疫、婦幼保健、傳染病和地方病控制、健康教育和貧困地區基本醫療服務。定額制定的依據為當地經濟發展水平、衛生狀況、居民收入情況、服務人口、服務面積、服務數量等。定期補助主要包括基礎設施建設、設備購置和離退休人員費用。對基礎設施建設和設備購置的補助，根據開展工作需要、項目論證結果和國家規定程序合理安排，對鄉鎮衛生院原全民和集體所有制離退休人員的離退休金，按國家規定給予專項補助。對村級衛生機構和衛生人員承擔預防保健任務的補助按財政有關規定執行。對民辦公助衛生機構給予適當補助。
　　鄉鎮衛生院、村衛生室為非營利性醫療機構。農村非營利性醫療機構的醫療服務價格執行政府指導價，營利性醫療機構的醫療服務價格放開。縣級價格主管部門要會同衛生行政部門加強對價格的監管。農村衛生機構的稅收政策按財政部、國家稅務總局《關于醫療衛生機構有關稅收政策的通知》（財稅〔２０００〕４２號）中的有關規定執行。禁止向農村衛生機構和村個體醫生亂收費。

　七、加強藥品供應與使用的管理
　　要加強農村藥品供應網絡建設，方便農民購藥。支持、鼓勵大中型批發企業兼并、改造地（市）、縣（市）批發企業為地區基層配送中心。支持、鼓勵向農村發展藥品連鎖經營。促進農村衛生機構集中采購藥品，也可通過鄉村衛生服務管理一體化，由鄉鎮衛生院為鄉村醫生統一代購藥品。
　　要加強對農村藥品經營的監督管理，嚴厲打擊非法交易和制售假劣藥品的行為，保障農民用藥安全。
　　衛生行政部門要根據國家基本藥物目錄和鄉村衛生工作職能制定鄉村醫生基本用藥目錄，規范用藥行為。村衛生室和鄉村個體診所除可經銷由省級衛生、藥品監管部門審定的常用和急救用藥外，不得從事藥品購銷活動。

　八、實行多種形式的農民健康保障辦法
　　地方各級人民政府要加強組織引導，支持實行多種形式的農民健康保障辦法，建立適合農村經濟狀況的籌資機制和管理體制，并通過宣傳教育，提高農民自我健康保障意識，從而解決農民因病致貧和因病返貧的問題。
　　地方各級人民政府要加強對合作醫療的組織領導。按照自愿量力、因地制宜、民辦公助的原則，繼續完善與發展合作醫療制度。合作醫療籌資以個人投入為主，集體扶持，政府適當支持，堅持財務公開和民主管理。合作醫療的水平、形式可有所差別。有條件的地區，提供以縣（市）為單位實行大病統籌，幫助農民抵御個人和家庭難以承擔的大病風險。

　九、重視做好貧困地區和少數民族地區的衛生工作
　　中央和省級人民政府要加大對農村貧困地區和少數民族地區的財政轉移支付力度，并根據需要安排扶貧資金用于衛生扶貧。
　　要加強對地方病防治工作的領導，明確目標任務，落實具體措施。采取換糧、改水或集體遷移等綜合性措施，力爭在５年內使危害嚴重的主要地方病得到基本控制。
　　要堅持東部支援西部、城市支援農村的做法。衛生行政部門在組織全國衛生系統對口支援活動中，要優先安排對農村貧困地區和少數民族地區的人員培訓、技術和管理指導、巡回醫療、設備支援等，并使之制度化。在政府組織的衛生支農中發生的有關費用，由派出地區地方財政給予適當補助。
　　要積極溝通和聯系社會各方面力量，多形式、多渠道支援農村貧困地區和少數民族地區衛生事業的發展。在做好少數民族地區衛生工作中，要注重發揮民族醫藥的作用。

　十、加強組織領導
　　各省、自治區、直轄市人民政府要加強對農村衛生改革與發展工作的組織領導，按照本指導意見提出的要求，統一思想，銳意改革，緊密結合本地區實際，制定具體方案，并認真組織和落實各項措施。國務院有關部門要密切配合，制定有關配套政策，實行分類指導，促進農村衛生的改革與發展，開創我國農村衛生工作的新局面。