一、改革的目標
　　深圳口岸管理體制改革的總目標是：按照發展社會主義市場經濟的要求，結合中國國情和國際慣例，建立起依法把關、監管有效、方便進出、服務優良、管理科學、收費合理、國際一流的口岸管理體制和政企分開、統一協調、平等競爭、高效運作的港口營運機制，以促進深圳的對外開放和經濟發展，更好地發揮深圳經濟特區的作用。
　　整個改革試點工作在１９９７年香港回歸祖國前完成。

　二、改革的原則
　　深圳口岸管理體制改革應當遵循以下原則：
　　（一）按照建立社會主義市場經濟體制的要求，堅持改革創新，對現行法規和管理體制允許有所突破。
　　（二）要在國家宏觀指導下，充分考慮深圳的特點，從實際情況出發，有利于促進經濟的發展。
　　（三）符合國際慣例，適應香港回歸祖國后的需要。
　　（四）既要有效監管，又要提高效率，切實維護貿易秩序的統一。
　　（五）維護國家主權，保衛國家安全。
　　（六）正確處理中央和地方之間以及口岸有關部門之間的關系，顧全大局，密切配合，搞好協作。
　　（七）循序漸進，先易后難，分步實施，分步到位。

　三、改革的內容
　　（一）理順查驗工作關系。
　　對口岸現行有關查驗內容進行全面清理，解決不合理的業務交叉，明確合理分工，突出檢查重點，避免重復抽樣，重復檢查。由國家口岸辦牽頭，研究制定“深圳進出口貨物查驗工作分工暫行規定”。在規定出臺之前，可按廣東省人民政府《關于深圳陸路運輸口岸集中查驗統一收費的批復》（粵府函［１９９３］４４４號）的有關要求執行。
　　（二）改革邊檢人員現行的兵役制，進行邊檢人員職業化試點。
　　目前，邊檢人員實行兵役制，不利于穩定隊伍和提高檢查人員的業務素質。為此，公安部已制訂《出入境管理和公安邊防管理體制改革方案》并上報國務院。在該方案正式批準前，可以先在深圳口岸進行邊檢人員職業化試點。
　　（三）改革衛檢、動植檢、商檢管理體制。
　　為實現深圳口岸管理與國際慣例接軌，由中編辦、國家體改委會同有關部門，對衛檢、動植檢、商檢等單位的機構設置及管理體制改革進行專題研究，今年下半年提出改革的方案，報國務院批準后實施。
　　（四）簡化查驗程序，提高工作效率。
　　繼續貫徹落實《國務院辦公廳轉發國家經貿委關于改進深圳陸運口岸管理工作意見的通知》（國辦發［１９９４］３４號）和《國際航行船舶進出中華人民共和國口岸檢查辦法》，加強前期監管和后續管理，簡化中間環節。
　　出口貨物的監管，一般貿易貨物可以采取提前報關報檢；保稅合同加工貨物，采取集中報關查驗。衛檢、動植檢、商檢可根據企業信譽程度，采取集中報檢或逐次報檢相結合、產地檢驗和口岸檢驗相結合的方法。我國法律、行政法規未規定檢疫、檢驗的；進口國不要求檢疫、檢驗的，可不列入衛檢、動植檢和商檢的檢驗目錄。
　　進口貨物的監管，除規定在口岸征稅或征收保證金的貨物外，對加工貿易和轉關運輸貨物，原則上采取以后續管理為主的方法進行監管。在海關風險管理的基礎上，實行分類管理，對非敏感性商品、守法企業，可以采取轉關運輸，由海關統一施封，到達目的地后再由有關查驗單位檢驗放行。對危險性較大的少數貨物，采取調離通道，由有關查驗單位隔離處理。
　　陸路貨運口岸分設空車和重車通道，以利于車輛的分流，提高工作效率。在實現計算機聯網的基礎上，將目前出入境車輛從指定口岸通關改為自然分流通關。
　　海港口岸，各查驗及服務單位每天為港口提供２４小時不間斷服務，可晝夜隨時報檢，保證船舶及時進出港口。對國際航行船舶，除特殊情況外，港監、邊檢、海關、衛檢、動植檢等查驗單位一般不登輪檢查；衛生檢疫部門對來自非疫區的國際航行船舶，實施電訊檢疫。
　　在口岸通道上，按照國際慣例，只保留邊檢和海關，即邊檢管人，海關管物。衛檢、動植檢不在查驗通道上設點，保留現場工作間，加強后續監管，與邊檢、海關配合把關。在陸、海、空客運口岸通道上，由海關印制統一的旅客出入境申報單，在現有海關申報單上增加衛檢、動植檢等有關查驗單位需要旅客申報的內容。海關受有關部門委托對衛檢和動植檢的檢查項目負責檢查，在檢查中對有疑問的，交有關單位進行處理。口岸管理區的安全保衛工作由當地公安機關負責。
　　為方便貨物、交通工具進出境，在一類貨運口岸采取集中報關、報檢，查驗單位分別查驗的辦法，實行“一條龍”服務。
　　建立計算機查驗網絡，實現信息資源共享，提高監管水平。盡快組織實施《深圳陸路口岸計算機查驗網絡工程總體方案》。以海關現有信息管理中心為基礎，將口岸查驗部門重新確定的業務范圍和查驗對象所需的監管資料，納入統一的計算機管理中心，確屬不宜公開的資料，不得對外公布。
　　（五）改革口岸收費制度。
　　改革目前收費名目繁多，多家收費的狀況，減少收費種類，統一對外公布收費項目和標準，并嚴格執行。
　　改變目前一些口岸查驗單位“差額預算，自收自支”的財務管理方式，實行“收支兩條線”財務管理體制。
　　貨運口岸，對需要報檢、報驗的進出口貨物和進行衛生檢查的出入境人員，各查驗單位要嚴格按國家規定的項目和標準收費，不檢查、不檢驗、不處理的不得收取費用。對進出口貨物和出入境交通工具收取適當的口岸建設、管理費，具體收費標準，由國家計委會同有關部門提出，報國務院批準后執行。所收費用專款專用，用于為口岸配套的設施建設及現場查驗設備的購置和維護。報檢、報驗時，對轉口集裝箱抽檢率不得超過１０％。由國家計委、財政部商國家口岸辦等有關部門制定“深圳口岸檢疫、檢驗收費管理暫行規定”。口岸各種收費要接受深圳物價部門的監督。
　　（六）加強廉政建設，建立約束機制。
　　要加強對口岸查驗人員的教育，進一步樹立為貨主、為旅客服務的思想，增強服務意識，秉公執法，禮貌待人。要加強制度和紀律建設，嚴防以權謀私，對違法違紀人員要依法嚴處。
　　（七）改革口岸行政管理機構。
　　將深圳市口岸辦公室改為深圳市口岸管理委員會，進入政府序列，由市政府一位主要負責人兼任口岸管委會主任。口岸管委會的主要職責是：加強口岸綜合管理，規劃、管理口岸查驗基礎設施，搞好服務；協調各口岸查驗單位工作關系，及時解決口岸出現的矛盾和問題；監督、檢查口岸查驗單位的執法情況；處理好中央駐深圳查驗單位與當地的關系等。
　　深圳市港口實行政企分開的管理體制，深圳市港務管理部門是深圳市政府主管港口行政工作的職能部門，要與港埠裝卸企業脫鉤，進入政府序列，人員按照公務員進行管理，在業務上接受交通部、省交通主管部門的指導。其主要職責是：貫徹執行交通法規；負責深圳港口區域的規劃、建設、改造、維護和岸線管理；負責港埠企業、貨主碼頭的管理；負責搞好港口的治安、消防和環保工作；監督國家指令性任務的執行。
　　（八）改革港監管理體制。
　　改變深圳港監與蛇口港監“一水兩監”的局面。參照國際通行做法，按照港監管理要統一政令，我國沿海等重要水域由中央按水域劃區設置機構管理的原則，地方在深圳水域設置的港監機構，要與交通部在深圳設置的海上安全監督機構合并，實行交通部與深圳市人民政府雙重領導，以交通部為主的管理體制。
　　撤銷大鏟島中途檢查站，海關采取其他措施加強緝私工作。
　　（九）改革引航管理體制。
　　可以組建獨立的國有獨資公司或社團法人承擔引航服務。對外國籍船舶，要進行強制引航。交通部實行行業管理。
　　（十）港埠裝卸企業要積極推行建立現代企業制度的改革。
　　根據政企分開的原則，港埠裝卸企業要按照建立社會主義市場經濟體制的要求，深化企業改革，轉換機制、依法經營，真正成為法人實體和市場運行主體。
　　（十一）逐步放開對外服務市場。
　　要放開外輪代理、外輪供應、理貨和貨運代理等服務市場。按照國家規定，可以設立若干家服務機構開展上述服務。
　　外輪代理、外輪供應、理貨和貨運代理等服務機構的收費應由物價管理部門會同行業主管部門制定價格管理辦法，收費標準逐步由市場調節。

　四、改革的具體步驟
　　整個改革可分為三個階段：
　　第一階段：１９９５年１至６月，為制定《深圳口岸管理體制改革試點方案》（以下簡稱《試點方案》）和實施辦法階段。制訂《試點方案》，報國務院審批；深圳口岸管理體制改革小組各成員單位根據《試點方法》制定本部門的具體實施辦法。
　　第二階段：１９９５年７月至１９９６年５月，為具體實施階段。召開試點工作會議，全面部署貫徹和落實《試點方案》。各有關部門具體組織貫徹實施《試點方案》，協調解決《試點方案》實施過程中的問題。根據《試點方案》提出的改革要求，１９９５年７月至１２月，在廣泛調研的基礎上，研究制定口岸查驗部門體制改革的具體方案，報國務院批準后，從１９９６年１月開始，全面推行深圳口岸管理體制改革。
　　第三階段：１９９６年６月至１９９６年１２月，為總結完善階段。總結深圳改革試點情況，進一步完善有關改革措施，向國務院提交改革試點工作總結報告。

　五、改革的組織領導
　　深圳口岸管理體制改革試點工作在國務院領導下進行，國家體改委負責牽頭擬定改革方案，完善改革措施，檢查、督促方案的實施，總結試點經驗；口岸各查驗單位按試點方案的要求制定具體實施辦法，履行各自的職責，組織具體改革措施的實施；試點的指導和總協調由國家口岸辦負責，具體工作由深圳市口岸委組織實施。廣東省人民政府、深圳市人民政府組織當地有關部門搞好協作，密切配合，共同把這項改革工作抓緊抓好。