一、職能調整
　　（一）劃出的職能。
　　１．原國家科學技術委員會管理的國家海洋局，改由國土資源部管理。
　　２．原國家科學技術委員會管理的國家地震局，改為國務院直屬事業單位。
　　３．將原國家科學技術委員會內設的國家核安全局及其職能，交給國家環境保護總局。
　　４．將原國家科學技術委員會承擔的國務院知識產權辦公會議辦公室的工作職能，交給國家知識產權局。
　　（二）劃入的職能。
　　將原國家計劃委員會擬定全國民用科學技術發展中長期規劃、編制重大科技攻關和重點實驗室項目的計劃及相關經費安排的職能，交給科學技術部。
　　（三）下放的職能。
　　１．由國家財政支持的８６３計劃、攻關計劃、攀登計劃等科技計劃中一般項目的評選、論證、評議、承擔單位的選擇、項目的管理、項目完成后的驗收等事務性工作，交給事業單位或社會中介組織承擔。
　　２．將國家銀行貸款支持的星火計劃、火炬計劃、成果推廣計劃等科技開發計劃的計劃管理和實施工作，交給有關部門、地方人民政府、事業單位或社會中介組織承擔。
　　３．將全國軟科學研究中一般項目的實施管理工作，并給事業單位承擔；將指導科技第三產業發展工作，交給有關部門或地方承擔。

　二、主要職責
　　根據以上職能調整，科學技術部的主要職責是：
　　（一）研究提出科技發展的宏觀戰略和科技促進經濟與社會發展的方針、政策、法規；研究科技促進經濟與社會發展的重大問題；研究確定科技發展的重大布局和優先領域；推動國家科技創新體系建設，提高國家科技創新能力。
　　（二）組織編制全國民用科學技術發展的中長期規劃和年度計劃。
　　（三）研究提出科技體制改革的方針、政策和措施；推動建立適應社會主義市場經濟和科技自身發展規律的科技創新體制和科技創新機制；指導部門、地方科技體制改革工作。
　　（四）研究多渠道增加科技投入的措施；優化科技資源的配置；負責歸口管理的科學事業費、科技“三項費”和科技外事經費等有關費用的預、決算。
　　（五）研究制訂加強基礎性研究、高新技術發展的政策措施；負責重大基礎性研究計劃、高技術研究發展計劃、科技攻關計劃、科技創新工程和社會發展科技計劃的制定與組織實施。
　　（六）強化高新技術產業化及應用技術的開發與推廣工作；指導科技成果轉化；管理國家級高新技術重點新產品工作；負責火炬計劃、星火計劃、成果推廣計劃等科技開發計劃指南的制定并指導實施；管理國家級高新技術產業開發區；促進高新技術出口及相關政策的制定。
　　（七）參與編制國家重大科學工程等科技基地的建設規劃；編制和實施國家重點實驗室等科技基地的計劃。
　　（八）研究科技人才資源的合理配置，提出充分發揮科技人員積極性、創造科技人才成長良好環境的相關政策。
　　（九）研究制訂我國對外科技合作與交流的方針、政策；負責政府雙邊和多邊及有關國際組織之間的科技合同與交流；指導駐外科技機構的工作；負責駐外使領館科技干部的選派與管理；管理外國政府、國際科技組織有關對華科技援助和我國對外科技援助的工作；負責與香港特別行政區及澳門、臺灣地區的科技合作與交流工作。
　　（十）研究提出制訂科技法律、法規的建議；歸口管理全國科技成果、科技獎勵、科技保密、技術市場、與科技相關的知識產權保護等工作；制定科學技術普及工作規劃，實行政策引導，推動科普工作發展；促進科技咨詢、招標、評估等社會中介組織的發展，推動科技服務體系的建立。
　　（十一）負責科技信息、科技統計和科技期刊管理工作；審核科研機構的組建和調整。
　　（十二）指導協調國務院各部門和各省、自治區、直轄市的科技管理工作。
　　（十三）代管國家自然科學基金委員會和科技日報社。
　　（十四）承擔國家科技教育領導小組交辦的有關工作。
　　（十五）承辦國務院交辦的其他事項。

　三、內設機構
　　根據上述職責，科學技術部設９個職能司（廳）：
　　（一）辦公廳
　　承辦國家科技教育領導小組交辦的有關工作。負責有關重要文件起草、調研工作；負責會議組織、文電處理、秘書事務、文書檔案管理和信訪、保密等政務工作。負責科技宣傳和新聞發布工作。
　　（二）人事司
　　按照干部管理權限，負責機關及直屬單位的干部隊伍建設和有關人員、機構編制工作；負責駐外科技干部的選派與管理；負責機關和指導直屬單位的安全保衛工作。
　　（三）政策法規與體制改革司
　　圍繞部中心工作，開展軟科學研究；研究全國科技工作、科技與經濟結合的方針和政策，創造有利于科技成果轉化的環境；組織研究科技體制改革的總體規劃和政策措施，指導、推動部門和地方科研院所的體制改革工作；研究起草有關科技法律、法規，研究提出加強有關科技知識產權保護、技術合同仲裁、科技咨詢等工作的政策措施；研究科技人員有關政策，推動科技管理干部培訓及科普工作。
　　（四）發展計劃司
　　研究科技發展戰略，組織編制中長期科技發展規劃；組織編制國家各項科技發展計劃、科技開發計劃指南和國家工程中心等科技基地組建計劃；提出國家各項科技計劃的協調、綜合平衡和經費配置的建議。研究提出科技成果登記、評價、鑒定、獎勵、保密、技術市場、技術出口等政策、條例和管理辦法；參與編制國家重大科學工程的建設規劃；管理國家級高新技術重點新產品工作；負責科技統計工作；對科研機構的組建和調整進行審核。
　　（五）條件財務司
　　研究多渠道增加科技投入的政策措施，負責開辟科技經費渠道、籌措科技資金；負責編制歸口管理的科學事業費、科技“三項費”和科技外事經費等有關費用的預、決算；推動科技經費的財務改革和財務會計制度的實施工作，對經費的使用管理進行監督；研究科研條件保障方面的方針、政策和規劃；負責科技期刊管理工作；編制和管理機關基建計劃；監管直屬單位的國有資產。
　　（六）國際合作司
　　研究國際科技合作的方針、政策及有關規章、制度；組織實施政府雙邊和多邊及有關國際組織之間的科技合作計劃、官方科技合作協議等外事工作，審核與協調重要民間科技合作交流項目；組織實施外國政府、國際組織有關對華科技援助和我國對外科技援助；指導駐外科技機構工作，聯系外國政府和國際組織的駐華科技機構，聯系對香港特別行政區及澳門、臺灣有關科技工作。
　　（七）基礎研究司
　　研究國家基礎研究的發展戰略、方針和政策；組織提出國家重點基礎研究發展規劃、實施攀登計劃；組織推薦和實施國家重大科學工程及重點基礎研究基地建設　
；規劃并指導國家重點實驗室的建設；推薦基礎研究機構的科技體制改革工作；承辦基礎研究的有關工作。
　　（八）高新技術發展及產業化司
　　研究工業領域高新技術發展及產業化的方針政策；組織提出工業領域高新技術發展規劃和計劃；組織實施信息、自動化、能源和新材料等領域高新技術研究發展計劃；組織實施工作領域國家重大科技攻關計劃和科技創新工程；承擔國家級高新技術產業開發區的有關工作；推動工業領域的科技體制改革工作和生產力促進中心等技術服務體系的建設。
　　（九）農村與社會發展司
　　研究科技促進農村與社會發展的方針政策；組織實施生物、海洋領域高技術研究發展計劃；組織實施農村與社會發展方面的國家重大科技攻關計劃和社會發展計劃；指導農村重大科技產業的示范；指導涉及人口、資源、環境、醫藥衛生、科技扶貧、科技興辦（縣）和可持續發展綜合試驗區等科技工作；推動相關領域的科技體制改革工作。
　　機關黨委。負責部機關和在京直屬單位的黨群工作。

　四、人員編制
　　科學技術部機關行政編制為２３０名。其中：部長１名，副部長４名，司局級領導職數３４名（含正、副秘書長２名，機關黨委專職副書記）。
　　離退休干部工作機構、后勤服務機構及編制，按有關規定另行核定。