一、出入境檢驗檢疫系統須按照“政事、政企分開”的原則，建立健全財務管理體制
　　（一）各行政編制的出入境檢驗檢疫機構及所屬事業單位，實行收支統一核算、統一管理的財務管理體制。其中，從事純技術性、輔助性和中介服務性業務的獨立核算事業單位，根據《事業單位財務規則》執行，并依法納稅。
　　（二）依法獨立開展委托檢驗檢疫業務和中介服務的出入境檢驗檢疫公司，執行《商品流通企業財務制度》，實行獨立核算，自負盈虧，并依法納稅。

　二、加強出入境檢驗檢疫行政事業性收費收入管理，實行“收支兩條線”運行體制
　　出入境檢驗檢疫系統行政事業性收費收入作為預算外資金，必須上繳中央財政專戶，支出由中央財政按預算外資金收支計劃和實際上交中央財政專戶情況，從中央財政專戶中撥付。
　　出入境檢驗檢疫系統應按財政部的有關規定編制預算外資金收支計劃，上報財政部審批后執行。預算外資金收支計劃包括上繳財政專戶款和經批準預留部分。
　　為了保證出入境檢驗檢疫系統業務的正常進行，其行政事業性收費收入暫采取按一定比例預留收入的辦法，其余部分一律繳入中央財政專戶。預留比例，由財政部核定。
　　出入境檢驗檢疫系統收到行政事業性收費收入時，除經財政部批準預留的收入外，都應作“應繳財政專戶款”入帳，不得直接作為單位收入處理。只有財政專戶撥回和按規定比例預留的部分，才能作為單位收入。

　三、加強出入境檢驗檢疫單位預算管理
　　出入境檢驗檢疫單位預算是指出入境檢驗檢疫行政、事業單位根據其發展計劃和任務編制的年度財務收支計劃，由收入預算和支出預算組成。出入境檢驗檢疫系統的行政事業收支均應納入單位預算，實行統一核算，統一管理。
　　（一）國家對出入境檢驗檢疫行政、事業單位實行核定收支、定額上繳、超支不補、結余留用的預算管理辦法。
　　從事純技術性、輔助性和中介服務性業務且照章繳納所得稅的出入境檢驗檢疫事業單位，其收支結余單獨反映，不再實行定額上繳辦法。
　　（二）出入境檢驗檢疫系統應自求收支平衡，不得編制赤字預算。
　　（三）出入境檢驗檢疫系統在編制年度預算時，應根據事業發展的需要，結合財力所能，本著勤儉節約、統籌兼顧、保證重點、注重效益的原則，嚴格核定各項支出，逐步推行“零基預算”的編制方法，提高預算資金的使用效益。
　　（四）出入境檢驗檢疫單位年度預算由出入境檢驗檢疫行政、事業單位依據財政部的要求編制，經國家出入境檢驗檢疫局審核匯總，報財政部審批后執行。
　　（五）出入境檢驗檢疫單位年度預算指標在執行過程中，原則上不予調整，但因以下原因造成對出入境檢驗檢疫系統收入和支出影響較大時，經財政部批準可作相應調整：
　　１、因國家調整收費標準，影響出入境檢驗檢疫系統收費收入的增加或減少；
　　２、因國家調整法定檢驗商品的種類，影響出入境檢驗檢疫收入的增加或減少；
　　３、因國家政策調整和進出口貿易發展要求影響出入境檢驗檢疫支出的增加或減少；
　　４、其他經財政部審核認可的政策性因素。

　四、進一步規范出入境檢驗檢疫收入、支出和結余分配的管理與核算
　　（一）出入境檢驗檢疫行政、事業單位各項收入均應及時足額入帳，不得隱匿、截留或挪用；出入境檢驗檢疫行政、事業單位支出必須嚴格按照國家統一規定的各項開支范圍和標準執行（專項支出應專款專用，不得超支），不得違反國家財政財務規章制度和財經紀律。年度終了，出入境檢驗檢疫行政、事業單位應按照規定的核算方法和內容，對全年的收支活動進行全面的清算，如實反映全年的收支結余情況。
　　（二）出入境檢驗檢疫行政、事業單位收入是指其在開展業務及其它活動中依法取得的非償還性資金。包括：
　　１、預算外資金收入，即出入境檢驗檢疫行政、事業單位收到的從中央財政專戶核撥的預算外資金和部分經財政部核準不上繳中央財政專戶管理的預算外資金。
　　２、事業收入，即從事純技術性、輔助性和中介服務性業務且照章繳納所得稅的出入境檢驗檢疫事業單位開展業務所取得的收入。
　　３、財政補助收入，即從財政取得的各項收入。
　　４、其它收入，即出入境檢驗檢疫行政單位按規定不必上繳中央財政專戶的有償服務收入、捐贈收入、有價證券及銀行存款利息收入等。
　　（三）出入境檢驗檢疫行政、事業單位支出是指其開展業務及其它活動發生的資金耗費和損失。包括：
　　１、經常性支出，即出入境檢驗檢疫行政、事業單位在業務活動過程中發生的各項支出，具體包括基本工資、補助工資、其它工資、職工福利費、社會保障費、公務費、業務費、設置購置費、修繕費和其它費用等。
　　２、專項支出，即在財政部核定的指標內，用于指定項目或用途并需經單獨報帳結算的專項資金的支出，包括檢測儀器設備購置支出、港口配套檢驗設施支出以及歸還以前年度專項貸款支出。
　　３、上繳上級支出，即出入境檢驗檢疫單位按規定的定額或比例上繳上級單位的支出。
　　４、自籌基本建設支出，即出入境檢驗檢疫單位經財政部核批用非財政補助收入安排自籌基本建設發生的支出，用預算外資金安排的基本建設支出要單獨反映。核定的自籌基本建設資金納入基本建設財務管理。
　　５、事業支出，即從事純技術性、輔助性和中介服務性業務且照章繳納所得稅的出入境檢驗檢疫事業單位開展業務活動發生的支出。
　　（四）出入境檢驗檢疫行政、事業單位結余是指年度各項收入與支出相抵后的余額。
　　出入境檢驗檢疫行政、事業單位在核算收支結余時，應將事業收入與事業支出對應，其他各項收入之和與其他各項支出之和對應，分別進行結算，不能混淆。
　　出入境檢驗檢疫行政、事業單位的收支結余部分，４０％轉作職工福利基金，其余６０％轉作檢驗檢疫基金。

　五、促進出入境檢驗檢疫事業發展，建立專用基金
　　出入境檢驗檢疫專用基金是指出入境檢驗檢疫行政、事業單位按規定提取或設置的有專門用途的資金。其目的主要是為了滿足出入境檢驗檢疫機構在履行行政執法職能時從事大量檢測工作的需要，保證出入境檢驗檢疫某些方面支出有相對穩定的資金來源。
　　（一）出入境檢驗檢疫專用基金包括以下主要內容：
　　１、修購基金，即比照商品流通企業折舊辦法提取以及按其它規定轉入（如固定資產變價收入），用于出入境檢驗檢疫行政事業單位固定資產購置和維修的資金。修購基金在設置購置費和修繕費中各列支５０％。
　　２、科技基金，即按照出入境檢驗檢疫收入的１‰提取轉入，主要用于檢測技術的開發、推廣和應用以及檢測標準的研究制定等的資金。
　　３、職工福利基金，即從結余分配中按４０％提取轉入，主要用于出入境檢驗檢疫行政、事業單位的集體福利設施和集體福利待遇等的資金。
　　４、醫療基金，即按財政部門規定的公費醫療經費人均預算定額從收入中提取，并參照公費醫療制度有關規定用于職工公費醫療開支的資金。
　　５、檢驗檢疫基金，即出入境檢驗檢疫行政、事業單位擁有的非限定用途的凈資產，包括按結余６０％轉入的滾存資金和投資產權等。檢驗檢疫基金不能直接用于安排各項支出，主要用于彌補以后年度收支差額。在確定年初預算時，若支出安排出現缺口，也可以直接安排一部分檢驗檢疫基金用于彌補差額。
　　（二）出入境檢驗檢疫專用基金的管理應嚴格遵循“先提后用、專款專用”的原則。各單位對各項專用基金要編制收支計劃，量入為出，注意積累，不得超支使用。

　六、加強出入境檢驗檢疫國有資產的財務核算與管理
　　出入境檢驗檢疫行政、事業資產是指由出入境檢驗檢疫行政事業單位占有、使用的、在法律上確認為國家所有、能以貨幣計量的各種經濟資源。包括流動資產、固定資產、無形資產和對外投資。
　　（一）流動資產是指可以在一年以內變更或者耗用的資產，具體包括現金、各種存款、應收及預付款項和存貨等。
　　（二）固定資產是指單位價值在２０００元以上，使用期限在一年以上，并且在使用過程中基本保持原有物質形態的資產。具體包括房屋和建筑物、一般設備、專用設備、其他固定資產。國家出入境檢驗檢疫局可以根據本系統具體情況制定各類固定資產明細目錄。
　　出入境檢驗檢疫行政、事業單位的固定資產單位價值在２０萬元以上的報廢和調出，由國家出入境檢驗檢疫審批，并報財政部備案；規定標準以下的審批權限，由國家出入境檢驗檢疫局決定。固定資產的變價收入轉入修購基金。
　　（三）無形資產是指不具有實物形態而能為使用者提供某種權利的資產，具體包括專利權、商標權、著作權、土地使用權、非專利技術、商譽以及其他財產權利。
　　出入境檢驗檢疫行政、事業單位轉讓無形資產的所有權或者使用權，應當按照規定進行資產評估，取得的收入計入其它收入；為取得無形資產發生的支出，計入經常性支出或事業支出。
　　（四）對外投資是指利用貨幣資金、實物、無形資產等方式向其他單位的投資，包括債券投資和其他投資。
　　國家出入境檢驗檢疫局應加強對外投資的財務管理。出入境檢驗檢疫系統的對外投資必須符合國家有關法律和法規；屬于將非經營性資產轉作經營性資產的投資，應由投資單位申報，國家出入境檢驗檢疫局審批，并將批準文件報財政部備案；以實物、無形資產對外投資的，應當按照國家有關規定進行資產評估；利用國有資產對外投資的，資產的國家所有性質不變。
　　（五）國家出入境檢驗檢疫局應根據行政、事業單位財務規則的有關規定，規范各項資產的財務管理，相應建立、健全財務管理制度。各出入境檢驗檢疫行政、事業單位要認真做好資產的日常管理工作，做到家底清楚、帳帳相符、帳實相符，防止國有資產流失。

　七、加強出入境檢驗檢疫系統財務監督與管理
　　（一）建立出入境檢驗檢疫系統外部和內部財務監督體系。
　　財政部會同國家出入境檢驗檢疫局負責出入境檢驗檢疫系統財務監督管理工作；財政部駐各地財政監察專員辦事機構根據國家有關財務法規和制度負責對各地出入境檢驗檢疫機構的財務監督和檢查工作；各地出入境檢驗檢疫機構財務等職能部門依據出入境檢驗檢疫財務規章制度及國家其它有關規定負責本單位及其所屬單位的財務監督工作。
　　（二）加強出入境檢驗檢疫系統財務報告的編制工作。
　　１、出入境檢驗檢疫行政、事業單位財務報告是反映出入境檢驗檢疫行政、事業單位一年財務狀況和預算執行結果的總結性書面文件，包括資產負債表、收支情況表、有關附表以及財務情況說明書。
　　２、出入境檢驗檢疫行政、事業單位的財務報告應根據財政部和國家出入境檢驗檢疫局的有關規定認真編制，由國家出入境檢驗檢疫局審核匯總后，于次年三月二十日之前報財政部審批。
　　３、出入境檢驗檢疫行政事業單位年度財務報告必須做到內容完整、數字真實。
　　４、出入境檢驗檢疫行政事業單位年度財務報告要層層審核匯總，上級單位要在編制本級報表的基礎上，與經審核過的所屬單位財務報告進行匯總。
　　５、各省、自治區、直轄市、計劃單列市出入境檢驗檢疫行政、事業單位和出入境檢驗檢疫公司的年度財務報告必須經過當地財政監察專員辦事機構審核后報送。

　八、國家出入境檢驗檢疫局根據以上規定原則，盡快制定相關的出入境檢驗檢疫財務實施細則，報財政部備案后執行。

　九、本規定自１９９９年１月１日起實行。