這里的司法難點，是指由于刑訊逼供罪的立法原因而導致的實務中認定的困難。其表現如下：

1.“主體不適格”的問題。眾所周知，在從事偵查工作的人員中有相當一部分人不是司法工作人員。由于警力不足，幫辦、協勤、民兵、聯防隊員等等在各個偵查部門都普遍存在，如在配有經濟警察的大型廠礦企業，只有少數人具有警銜警籍，有的保衛處甚至一個正式民警也沒有，但其同樣擔負著打擊犯罪的任務，業務上歸地方公安機關領導。盡管近年來此類情況有所改變，如一些大型廠礦企業的保衛部門改變職能，地方公安機關在一些重點國有大型企事業單位設立派出所等等。但是，以公安系統為例，13億人口與不足百萬的警察，這樣的比例不會在短期內有根本的轉變，則司法人員成分復雜的狀況也就必然長期存在。司法工作人員主體成分的復雜性，導致實踐中的一些認定困難：由于采取強制措施使用的都是地方公安機關正式的法律手續，不能認定為非法拘禁;在傷害程度輕微的情況下也不能認定傷害犯罪。但是其逼供的主觀故意明顯，刑訊的手段殘忍(如以銳器刺甲)或造成冤假錯案的、致人精神失常或者自殺等等，只是因為主體資格有問題而導致無法追究其刑事責任。這種情況比較普遍。另外，在無法查清通謀事實也不能確定共犯的情況下，其刑訊逼供罪也因主體問題而難以認定，并且也正是因為難以認定使得這樣的“默契”越來越流行起來。

2.對“犯罪嫌疑人”和“口供”的理解問題。治安案件中的以刑訊方式逼迫當事人說清問題的現象是大量存在的，從形式上看符合本罪特征，但因行為人所逼取的不是“口供”，其面對的也不是“犯罪嫌疑人”，就不能認定為本罪。而在沒有傷害后果或后果不重的情況下也出現了無法定罪處罰的局面，即在現行刑法面前，這種行為大可以肆無忌憚而無須負刑事責任。實際上，在一些專項行動中，打擊犯罪和處理治安案件往往交織在一起，如在打擊涉黃犯罪的過程中針對賣淫女的逼供，如果該賣淫女本人也是組織賣淫罪的犯罪嫌疑人，則有可能使一些典型的刑訊逼供案件出現罪與非罪的論爭，因為賣淫女的身份可以成為不構成本罪的有力辯解。至于把無辜百姓認作犯罪嫌疑人，又以其實際上不是犯罪嫌疑人而是無罪的人為理由，免去了刑訊逼供者的刑事責任的事例就更加使問題突出起來。

3.“責任分散”的問題。一般來說，被刑訊者很難指認出具體施刑的每個人，眾人在場群起而攻的情況下也難以確定誰的一擊是致命或致殘的。取證本身有難度和證據之間存在大量矛盾的情況普遍存在。如果是傷害案件則參與毆打的每個人都要對傷害結果承擔責任，可以都構成犯罪，而沒有動手的可以排除在外。而刑訊逼供案件，主審人員親自動手實施肉刑的典型情況已經不多，以傷害論處則主審者可能就要逍遙法外，以刑訊逼供論處則有可能整個隊伍都構成犯罪(實際上也不可能這樣處理)。若是造成了傷害以外的其他后果，如造成冤假錯案的、致人精神失常或者自殺等等，情況就更為復雜。實踐中這類案件多數是以“責任分散”為由不了了之。