最高法院《關于民事訴訟證據的若干規定》第四條第(八)項規定“因醫療行為引起的侵權訴訟由醫療機構就醫療行為與損害結果之間不存在因果關系及不存在醫療過錯承擔舉證責任。”這是對醫療糾紛的處理規定的過錯和因果關系的推定原則。從法理上來說，最高法院對處理醫療糾紛的司法解釋是關于民事訴訟程序的規定，其效力顯然要比行政法規高。也就是說，《關于民事訴訟證據的若干規定》的效力比《醫療事故處理條例》的效力要高。最高人民法院副院長李*光在《突破民事審判新難點》講話中對此作過專門闡述：“醫療事故鑒定結論只是人民法院審查認定案件事實的證據，是否作為確定醫療單位承擔賠償責任的依據，應當通過法庭質證。”、“是否構成醫療事故，不是認定醫療過失損害賠償責任的必要條件”。否則，就是鑒定牽著審判的“鼻子”走，是鑒定人員代替法官行使審判權。

法官有權依據實踐經驗審查判斷醫療事故鑒定結論，并對不合情理的鑒定結論不予采信或部分采信。

按照《關于民事訴訟證據的若干規定》的規定，法官有權對鑒定結論進行實質性的審查，并可依據審判實踐經驗審查醫療事故鑒定人員、組織、程序及結論的合法性，作出自己的判斷，對不合法的鑒定結論不予采信。對經鑒定不構成醫療事故，或者構成醫療事故但認定承擔部分責任的，法官可以依照社會閱歷和生活經驗對醫療過錯作出識別和判斷，對醫療事故鑒定結論全部不予采信或部分采信。這就是司法認知原理在醫療糾紛案件中的應用。

《醫療事故處理條例》第四十九條第二款規定：“不屬于醫療事故的，醫療機構不承擔賠償責任”。這一規定與《民法通則》相抵觸。《民法通則》第一百零六條第二款關于“公民、法人由于過錯……侵害他人財產、人身的，應當承擔民事責任”的規定，是我國民法確立的對侵權行為造成損害予以救濟的基本原則，也是法治社會對人權提供的最基本的法律保障，作為行政法規的《醫療事故處理條例》，不能與民法的基本原則相抵觸。如果患者因醫療機構非醫療事故的行為受到了損害，醫療機構不承擔民事賠償責任，那就不僅違反了我國憲法確立的法律面前人人平等的原則，而且還會導致患者受到損害沒有人承擔賠償責任的局面，這也違背了公平正義的基本要求。據《北京青年報》報道，鑒于患者在醫療糾紛案件中所處的不利地位，北京市法院在審理醫療糾紛案件中，對于五種雖然不構成醫療事故的情況，也將判決醫療機構承擔賠償責任：①雖經鑒定不構成醫療事故，但經審理，認為醫院在處理該病例時有明顯的處理不當或者過失;②醫院有修改病歷的行為，造成鑒定結果不真實;③醫院在治療中由于使用了假藥延誤了患者治療;④有證據證明對患者救治的醫務人員本身沒有合法資質;⑤醫院沒有對患者和家屬盡到告知義務的。

醫療事故鑒定與醫療過錯鑒定是并行不悖的兩種證據。

醫療機構提出醫療事故鑒定，患者可以同時提出醫療過錯鑒定。由于兩種鑒定方法有差異，醫學會只鑒定是不是醫療事故，使用衛生系統的標準;而醫療過錯鑒定是按法醫鑒定的辦法，它只認定有無不良后果、醫療機構有無過錯、過錯與不良后果之間是否有因果關系。于是，同一個案例，醫學會認為不是醫療事故的，醫療過錯鑒定可能會認定醫療機構負全部責任。

所以，有專家建議，在鑒定渠道上不再區分醫學會的“醫療事故鑒定”與司法鑒定機構的“醫療過錯鑒定”，統一為司法鑒定機構的“醫療過錯鑒定”;在適用法律上不再實行醫療事故侵權損害賠償糾紛適用《條例》，其他醫療侵權損害賠償糾紛適用《民法通則》等相關法律和司法解釋，統一適用《民法通則》等相關法律和司法解釋⑽。

在法律適用現狀沒有改變之前，我們仍然要考慮不同鑒定機構作出的鑒定結論相矛盾時法院如何采信鑒定的問題。縱觀世界各國醫療事故立法與司法實踐，對于民事賠償問題采用的最基本的原則都是“受害人有權要求加害人承擔因其過失侵權行為造成的一切損害，從而使受害人恢復到如損害未曾發生的狀態”。這不僅是醫療事故損害賠償的原則，更是民法的基本原則。根據我國《關于民事訴訟證據的若干規定》，在醫療糾紛中實行責任倒置原則，即醫療行為是否有過錯以及是否造成損害，由醫療機構負責證明，因此醫療機構常常以醫療事故鑒定結論來證明自己沒有過錯。根據《醫療事故處理條例》的規定，該條例是為了正確處理醫療事故而制定的，并非為了處理所有“醫療糾紛”而制定。因此對于醫療糾紛而言，筆者認為，首先應當看是否是醫療事故，如果是，根據最高法院的意見，就應當適用《醫療事故處理條例》;如果不是，就應當適用《民法通則》。既然是醫療差錯，醫療機構就肯定有過錯，既然醫療機構有過錯肯定是侵權行為，既然是侵權行為，醫療機構就應當承擔賠償責任。