第一，應當對商業秘密刑事訴訟中的證明標準有準確的認識。一般認為，近、現代刑事訴訟的證明標準，按照從嚴從高的原則，為實現人權保障，眾多國家都把“排除合理懷疑”確立為刑事訴訟證明標準。我國學界已經基本摒棄了“客觀真實說”，在采用“排除合理懷疑”的本質含義作為刑事證明標準上并無多大異議，只是在具體表述上尚有分歧。然而，由于證明責任機理的存在，使得刑事證明標準具有多元性和層次性，不同的證明責任主體、在不同的訴訟階段、針對不同的證明對象所須達到的證明標準也是不同的。這在德、日等大陸法系國家和英美法系國家的證據理論與實踐中均有體現。筆者認為，在侵害商業秘密刑事訴訟中，不同的待證事實適用不同的證明標準：

1.商業秘密權利存在的事實，應當適用民事訴訟證明標準，即“高度蓋然性”標準。因為商業秘密罪侵害的對象是他人的商業秘密權，而商業秘密權是一種私權(民事權利)，該權利依私法(民法)產生，并依民事訴訟程序認定。即使在刑事訴訟中，也不改變商業秘密權的私權性質和認定標準。

2.對侵害行為和后果的認定，采用刑事訴訟的一般證明標準來認定。比如，民事訴訟中“相似加接觸”的推定方法，就不能照搬。在相似加接觸的情況下，雖然犯罪嫌疑人有很大的可能采取不正當手段獲取商業秘密，但與刑事證明要求的最大蓋然性仍有相當差距。

第二，在審理侵害商業秘密糾紛案件中，如果最終認定的事實與在先刑事判決認定的事實不一致的，應當區別以下不同情況處理：

1.由于不同的訴訟程序中適用不同的證明標準，造成認定事實上的差異，這是正常的。比如，對于損失數額的認定，因民事訴訟證明標準低于刑事訴訟證明標準，民事判決中確認的損失數額可能高于刑事判決中確認的數額。再如，因證據證明力未達到刑事訴訟證明標準而未被刑事判決認定為犯罪的行為，仍有可能構成民事訴訟中的侵害行為。司法實踐中已經出現了沒有被認定為侵犯商業秘密罪的行為仍構成民事侵權的。

2.刑事判決認定事實確有錯誤。一種情形是，因為民事訴訟中有新的證據，推翻了在先刑事判決認定的事實;另一種情形是，在先刑事判決本身有誤，這種情形在司法實踐中并不少見。審判專業性強，對法官業務素質要求高，而商業秘密案件的審理又較一般知識產權案件更為復雜。按照我國現行的級別管轄規定，對知識產權糾紛案件實行集中管轄，由中級法院為一審，大多數中級法院、高級法院都按專業分工的要求設有專門審理知識產權的業務庭。而侵犯商業秘密則由基層法院為一審，中級法院二審，對口的業務部門是刑庭。從司法資源的安排上看，商業秘密刑事判決出現偏差有一定的必然性。從司法實踐看，侵犯商業秘密刑事案件的辦案質量有待進一步提高。有的侵犯商業秘密刑事案件，從偵查、公訴至法院作出判決，自始至終連涉案的商業秘密是什么也未作說明或說不清楚。在審理商業秘密侵害糾紛案件中發現在先刑事判決確有錯誤的，應通過審判監督程序以及審級監督的途徑，對錯誤的在先刑事判決予以糾正，避免出現判決沖突的情況。