一、職能調整
　　（一）劃出的職能。
　　１．將出入境口岸動植物檢疫的職能，交給國家出入境檢驗檢疫局。
　　２．將農機制造方面的政府職能，交給國家經濟貿易委員會。
　　３．將草原野生動物保護的職能，交給國家林業局。
　　４．將村鎮建設規劃的職能，交給建設部。
　　５．將農村環境保護的職能，交給國家環境保護總局。
　　（二）強化的職能。
　　１．加強農業產業政策研究，引導農業產業結構的合理調整和農業資源的合理配置。
　　２．研究提出深化農村經濟體制改革和促進農業社會化服務體系建設的意見，經批準后組織實施。
　　３．研究擬定農業產業化經營的方針政策、實施規劃，促進農業產前、產中、產后一體化發展。
　　（三）轉變的職能。
　　１．有關進出口工作的職能，調整為研究提出主要農產品、重要農業生產資料的進出口的建議。
　　２．有關價格及信貸的職能，調整為研究提出的有關農產品及農業生產資料的價格、關稅調整、大宗農產品流通、農村信貸、稅收及農業財政補貼的政策建議。
　　３．有關農業生產資料的職能，調整為預測并發布農業生產資料的年度和中長期供求情況和品種信息。
　　（四）交給地方人民政府承擔的工作。
　　１．農機修造、農機供油和維修網絡建設方面的政府職能。
　　２．鄉鎮企業的安全生產工作。

　二、主要職責
　　根據以上職能調整，農業部的主要職責是：
　　（一）研究擬定農業和農村經濟發展戰略、中長期發展規劃，經批準后組織實施；擬定農業開發規劃并監督實施。
　　（二）研究擬定農業的產業政策，引導農業產業結構的合理調整、農業資源的合理配置和產品品質的改善；提出有關農產品及農業生產資料價格、關稅調整、大宗農產品流通、農村信貸、稅收及農業財政補貼的政策建議；組織起草種植業、畜牧業、漁業、鄉鎮企業等農業各產業（以下簡稱農業各產業）的法律、法規草案。
　　（三）研究提出深化農村經濟體制改革的意見；指導農業社會化服務體系建設和鄉村集體經濟組織、合作經濟組織建設；按照中央要求，穩定和完善農村基本經營制度、政策，調節農村經濟利益關系，指導、監督減輕農民負擔和耕地使用權流轉工作。
　　（四）研究制定農業產業化經營的方針政策和大宗農產品市場體系建設與發展規劃，促進農業產前、產中、產后一體化；組織協調菜籃子工程和農業生產資料市場體系建設；研究提出主要農產品、重要農業生產資料的進出口建議；預測并發布農業各產業產品及農業生產資料供求情況等農村經濟信息。
　　（五）組織農業資源區劃、生態農業和農業可持續發展工作；指導農用地、漁業水域、草原、宜農灘涂、宜農濕地、農村可再生能源的開發利用以及農業生物物種資源的保護和管理；負責保護漁業水域生態環境和水生野生動植物工作；維護國家漁業權益，代表國家行使漁船檢驗和漁政、漁港監督管理權。
　　（六）制定農業科研、教育、技術推廣及其隊伍建設的發展規劃和有關政策，實施科教興農戰略；組織重大科研和技術推廣項目的遴選及實施；指導農業教育和農業職能技能開發工作。
　　（七）擬定農業各產業技術標準并組織實施；組織實施農業各產業產品及綠色食品的質量監督、認證和農業植物新品種的保護工作；組織協調種子、農藥、獸藥等農業投入品質量的監測、鑒定和執法監督管理；組織國內生產及進口種子、農藥、獸藥、有關肥料等產品的登記和農機安全監理工作。
　　（八）起草動植物防疫和檢疫的法律法規草案，簽署政府間協議、協定，制定有關標準；組織獸醫醫政、獸藥藥政藥檢工作；組織、監督對國內動植物的防疫、檢疫工作，發布疫情并組織撲滅。
　　（九）承辦政府間農業涉外事務，組織有關國際經濟、技術交流與合作。
　　（十）指導直屬事業單位的工作及部屬企業改革；監督部署企業國有資產保值增值；按照權限管理直屬單位人事、勞動工資、機構編制工作；指導有關社會團體為農業經濟發展服務。
　　（十一）承辦國務院扶貧開發領導小組的日常工作。
　　（十二）承辦國務院交辦的其他事項。

　三、內設機構
　　根據以上職責，農業部設１６個職能司（廳、局、室）：
　　（一）辦公廳
　　協助部領導處理日常工作，協調機關政務工作；承辦重大會議的組織、文電、政務信息、新聞宣傳、保密、信訪、檔案和保衛等工作；組織有關綜合性報告、文件的起草；擬定部機關有關規章制度并組織實施。
　　（二）人事勞動司
　　承辦部機關并管理直屬單位的人事、勞動工資、機構編制工作；擬定農業技術推廣隊伍建設規劃和有關政策；擬定農業行業專業技術資格及行業特有工種職業技能鑒定標準；提出農業行業勞動工資標準建議；承辦駐外機構人員選派和國外智力引進工作；承辦管理直屬單位領導班子的工作。
　　（三）產業政策與法規司
　　研究擬定農業產業政策，引導農業產業結構的合理調整、農業資源的合理配置和產品品質的改善；承辦農業各產業法律、法規的起草和監督檢查工作，對其他部門起草的法規中有關農業和農村經濟的條款提出審核意見；指導農業行政執法體系建設和農業法制宣傳教育；承擔農業行政復議工作。
　　（四）農村經濟體制與經營管理司
　　研究提出深化農村經濟體制改革的意見；研究提出穩定和完善以家庭聯產承包為主的責任制和統分結合的雙層經營體制的意見；研究、指導農業社會化服務體系建設；指導農業產業化經營；指導鄉村集體經濟組織的建設、財務會計、資產管理和審計；指導農村土地承包、耕地使用權流轉和承包合同管理等工作；組織對農村經濟收支、農民收入與農民負擔情況的監督，監督減輕農民負擔的工作；指導農民專業合作經濟組織的建設。
　　（五）市場與經濟信息司
　　擬定全國大宗農產品市場體系建設規劃并組織實施，促進農業產前、產中、產后一體化；提出大宗農產品和重要的農業生產資料的流通及價格政策建議；協調菜籃子工程建設；預測并發布農業各行業產品及農業生產資料供求情況等農村經濟信息；指導農業部門信息系統建設；組織協調農業投入品的質量檢驗及農業各產業產品的技術和質量標準的擬定；組織綠化食品標準的擬定及認證管理，組織農業各產業的質量認證工作。
　　（六）發展計劃司（全國農業資源區劃辦公室）
　　研究提出農業與農村經濟發展戰略和農業中長期發展規劃；擬定農業開發規劃并監督實施；協調農業各產業間的結構調整與綜合平衡工作；承辦重大農業建設項目審批和扶持具有示范效應的產業化項目的工作；研究提出國家年度主要農產品、重要農業生產資料的進出口及關稅政策建議；指導農業資源區劃工作。
　　（七）財務司
　　研究提出有關農業和農村發展的財政、稅收、信貸和保險的政策建議；管理部管各項資金；指導農業行業和直屬單位的財務管理，監督直屬單位的國有資產管理和部屬企業國有資產的保值增值；指導部屬企業改革和事業單位興辦實體工作。
　　（八）國際合作司
　　承辦政府間農業涉外事務；組織農業對外經濟技術交流與合作；研究國外農業發展動態；協調管理我國與有關國際農業組織或機構的合作、交流事務。
　　（九）科技教育司
　　擬定農業科技、教育發展規劃與政策，承辦實施科教興農戰略的工作；承辦重大科研和技術推廣項目的遴選及實施的工作；管理科技成果，組織農業植物新品種保護工作；指導農業教育工作；承辦農用地、草原、漁業水域、宜農灘涂、宜農濕地及農業生物物種資源保護和管理的協調監督工作；指導農村可再生能源綜合開發與利用，促進生態農業建設和農業可持續發展。
　　（十）種植業管理司
　　研究提出種植業發展的重大技術措施，指導種植業結構和布局的調整；提出耕地保護、補償與改良的政策措施；發布農情信息，指導救災備荒種子、化肥等生產資料的儲備和調撥；組織化肥、農藥、種子等產品的質量監督、檢驗、登記；組織種子及其資源的品種審定和進出口審查；承辦起草植物檢疫法律、法規和擬定有關標準的工作并監督實施；組織農業植物內檢工作；承辦政府間協議、協定簽署的有關事宜。
　　（十一）農業機械化管理司
　　研究提出農業機械化發展方向及重大技術措施建議；引導農機、牧機和植保機械產品結構調整，提高農業機械化普及和應用水平；擬定農機作業規范和技術標準；組織實施拖拉機、聯合收割機、農用運輸車等農業機械的安全監理、產品質量檢驗、鑒定和認證管理。
　　（十二）畜牧獸醫局（全國飼料工作辦公室）
　　指導畜牧業結構和布局調整，提出畜牧業發展的重大技術措施；組織獸醫醫政、獸藥藥政藥檢工作；承辦政府間動物檢疫協議、協定簽署的有關事宜；組織擬定獸醫、獸藥、飼料標準并監督實施；組織實施對動物的防疫、檢疫工作；發布疫情并組織撲滅；組織實施畜產資源、草地資源的保護工作；組織種畜禽、獸藥、獸醫醫療器械、牧草種子和獸用生物制品的登記和進出口審批；審核發放飼料生產許可證。
　　（十三）農墾局
　　組織擬定墾區經濟與社會發展戰略、規劃、政策和經濟體制改革方案并監督實施；組織墾區完成國家交給的政治、經濟任務；協調墾區的對外關系；監管直屬直供墾區國有資產和財務工作；提出墾區基本建設立項計劃；擬定熱帶、亞熱帶地區作物發展規劃，指導其農業資源的開發利用。
　　（十四）鄉鎮企業局
　　研究擬定有關鄉鎮企業技術改造的政策措施；指導鄉鎮企業體制改革；引導鄉鎮企業的產業、產品結構調整，提高產品質量和經營管理水平；指導鄉鎮企業財務會計、內部審計工作；組織鄉鎮企業統計工作。
　　（十五）漁業局（中華人民共和國漁政漁港監督管理局）
　　研究擬定漁業發展的技術進步措施，保護和合理開發利用漁業資源；承辦處理重大涉外漁事糾紛、維護國家海洋和淡水管轄水域的漁業權益的工作；組織遠洋漁業開發、漁業電信、漁業水域生態環境及水生野生動植物保護；指導水產品加工、流通和漁業生物制碘；擬定漁船、漁機、網具的建造規范和技術標準并監督實施；監督執行國際漁業公約和雙邊、多邊漁業協定，代表國家行使漁船檢驗和漁政、漁港監督管理權。
　　（十六）國務院扶貧開發領導小組辦公室
　　承辦國務院扶貧開發領導小組的日常工作；擬定扶貧開發工作的政策、規劃并組織實施；協調社會各界的扶貧工作和有關扶貧的國際交流與合作；擬定農村貧困人口和國家級貧困縣的扶持標準；組織貧困狀況監測與統計；擬定中央扶貧資金分配方案，指導、監督和檢查扶貧資金的使用，管理有關扶貧項目；承辦國務院扶貧開發領導小組交辦的其他事項。
　　機關黨委。負責部機關及在京直屬單位的黨群工作。

　四、人員編制
　　農業部機關（含國務院扶貧開發領導小組辦公室）行政編制為４８３名。其中：部長１名，副部長４名，國務院扶貧開發領導小組專職副組長（副部級）１名，司局級領導職數５９名（含總經濟師、總農藝師、總畜牧師各１名和機關黨委專職副書記）。
　　離退休干部工作機構、后勤服務機構及編制，按有關規定另行核定。

　五、其他事項
　　（一）農業部東海區漁政漁港監督管理局、黃渤海區漁政漁港監督管理局、南海區漁政漁港監督管理局，代表國家行使所在海區的漁政、漁港監督管理職能。
　　（二）農業部漁業船舶檢驗局，代表國家行使漁船檢驗和監督管理職能。