一、職能調整
　　中國民用航空總局根據行政權力和飛行安全管理相對高度集中的行業特點，按照建立社會主義市場經濟體制的要求，進一步實行政企分開，切實轉變職能，以“安全第一，正常飛行，優質服務”為中心，加強飛行安全管理、空中交通管理、航空運輸市場管理和機場安全運行管理以及民航發展規劃、宏觀調控、行業政策、依法監督等行業管理職能，將民用航空保險的管理職責、組織進行民航科技成果推廣應用的職責、民航運輸服務標準及質量的監督檢查職能和受理用戶投訴的職責交給民航企業、科研單位或社會中介機構承擔。

　二、主要職責
　　根據以上職能調整，中國民用航空總局的主要職責是：
　　（一）研究并提出民航事業發展的方針、政策和戰略；擬定民用法律、法規草案，經批準后監督執行；推進和指導民航行業體制改革和企業改革工作。
　　（二）編制民航行業中長期發展規劃；對行業實施宏觀管理；負責全行業綜合統計和信息化工程。
　　（三）制定保障民用航空安全的方針政策和規章制度，依法監督管理民航行業的飛行安全和地面安全；制定航空器飛行事故和事故征候標準，按規定調查處理航空器飛行事故。
　　（四）制定民用航空飛行標準及管理規章制度，對民用航空器運營人實施運行合格審定和持續監督檢查，負責民用航空飛行人員、飛行簽派人員的資格管理；審查機場飛行程序和運行最低標準；管理民用航空衛生工作。
　　（五）制定民用航空器適航管理標準和規章制度，負責民用航空器型號合格審定、生產許可審定、適航審查、國籍登記、維修許可審定和維修人員資格管理并持續監督檢查。
　　（六）制定民用航空空中交通管理標準和規章制度，編制民用航空空域規劃，負責民航航路的建設和管理，對民用航空器實施空中交通管理，負責空中交通管理人員的資格管理；管理民航導航通信、航行情報和航空氣象工作。
　　（七）制定民用機場建設和安全運行標準及規章制度，監督管理機場建設和安全運行；審批機場總體規劃，對民用機場實行使用許可管理；實施對民用機場飛行區適用性、環境保護和土地使用的行業管理。
　　（八）制定民航安全保衛管理標準和規章，管理民航空防安全；監督檢查防范和處置劫機、炸機預案，指導和處理非法干擾民航安全的重大事件；管理和指導機場安檢、治安及消防救援工作。
　　（九）制定航空運輸、通用航空政策和規章制度，管理航空運輸和通用航空市場；對民航企業實行經營許可管理；組織協調重要運輸任務。
　　（十）研究并提出民航行業價格政策及經濟調節辦法，監測民航行業經濟效益，管理有關預算資金；審核、報批企業購買和租賃民用飛機的申請；研究并提出民航行業勞動工資政策，管理和指導直屬單位勞動工資工作。
　　（十一）領導民航地區、省、自治區、直轄市管理局和管理民航直屬院校等事業單位；按規定范圍管理干部；組織和指導培訓教育工作。
　　（十二）代表國家處理涉外民航事務，負責對外航空談判、簽約并監督實施，維護國家航空權益；參加國際民航組織活動及涉民航事務的政府間國際組織和多邊活動；處理涉香港特別行政區及澳門、臺灣地區民航事務。
　　（十三）負責民航黨群工作和思想政治工作。
　　（十四）承辦國務院交辦的其他事項。

　三、內設機構
　　根據上述職責，中國民用航空總局設１１個職能司（廳、室、局）：
　　（一）辦公廳
　　協助總局領導綜合協調、督促檢查機關政務工作；負責機關的文秘、機要、保密、檔案、信訪和行政管理工作；組織調查研究民航行業發展的方針、政策和重大問題；綜合協調和組織審查民航各類法規、規章制度，處理行政復議和訴訟；承擔總局領導交辦的文件起草和總局新聞發布工作。　
　　（二）航空安全辦公室
　　擬定民用航空安全政策和規章制度，管理和監督檢查飛行安全及航空地面安全；組織協調行業的“系統安全”管理工作，發布安全指令，組織航空事故調查；指導航空安全教育和安全管理研究工作，發布航空安全信息；承擔總局安全委員會的日常工作。
　　（三）規劃發展科技司
　　研究和提出民航行業發展戰略，編制民航行業航線網絡、機隊建設、機場建設、科技開發和信息系統等中長期發展規劃和年度計劃；審核、報批企業購買和租賃民用飛機及進口機電設備的申請；管理民航基建、技改和利用外資項目等工作；負責民航行業綜合統計和信息化工作。
　　（四）財務司
　　研究并提出民航行業價格政策和財會規章制度，組織實施宏觀經濟調節；管理有關預算資金和專項基金；審核匯編直屬企事業單位年度財務預決算；擬定航空運價和各項收費標準并監督實施；協調有關財稅政策；負責民航外債監管、協調；實施財會監督，維護國家投入民航資本的權益。
　　（五）人事教育司
　　指導民航人事勞動制度改革，管理和指導直屬單位人事、勞動工資、機構編制工作；按照干部管理權限管理直屬單位領導干部；管理民航院校，組織和指導人才開發、培訓教育工作；管理和指導行業職業技能鑒定和專業技術職務評聘工作；組織擬訂勞動和勞動安全行業標準。
　　（六）國際合作司
　　擬定發展國際和地區民航關系的方針政策；組織參加國際民航組織和其他有關國際組織的活動，辦理有關國際民航公約、條約及協議的具體事務；辦理民航企業與外國航空企業簽訂有關協議的審批工作并監督實施；指導駐國際民航組織代表處工作；辦理涉香港特別行政區及澳門、臺灣地區民航事務；辦理民航人員因公出國審批工作。
　　（七）運輸司
　　擬定國內、國際航空運輸、通用航空政策和規章制度，規范管理航空運輸和通用航空市場；審核國際、國內航線和國內外航空公司加班、包機的申請，對民航運輸企業及其他企業實行經營許可管理；協調航班計劃，組織協調重大、緊急航空運輸和通用航空作業任務。
　　（八）飛行標準司
　　擬定民用航空飛行標準及管理規章制度，對民用航空器的運營人（含在國內的外國運營人）實施運行合格審定和持續監督檢查；負責飛行人員和飛行簽派人員的資格管理，對飛行訓練機構和設備進行合格審定；管理民用航空衛生工作，對飛行人員身體條件進行合格審定。
　　（九）航空器適航司
　　擬定民用航空器適航管理標準和規章制度，負責民用航空器型號合格審定、生產許可審定、適航審查、國籍登記、維修許可審定和維修人員資格管理并持續監督檢查；審核批準運營人維修系統和民用航空器的適航和可安全運行狀態，頒發適航指令并監督實施。
　　（十）機場司
　　擬定民用機場建設和安全運行標準及管理規章并監督檢查。審核民用機場場址、總體規劃及組織竣工驗收工作，對機場專業工程設計、施工、監理單位及社會中介組織實施資質管理；對民用機場實行使用許可管理，負責機場飛行區適用性、環境保護、土地使用、凈空保護和應急求援的行業管理；對民航特種車輛和地面專用設備實行生產許可管理。
　　（十一）公安局
　　擬定民航安全保衛管理標準和規章；管理民航行業空防安全；監督民航企業制定和實施安全保衛方案，指導防范和處理劫機、炸機等非法干擾民航安全的重大事件；管理民航公安隊伍，組織指導專機警衛和刑事偵察工作；管理和指導機場安檢、治安、交通管理及消防救援工作。
　　該局由中國民用航空總局、公安部雙重領導，業務工作以公安部為主。

　四、人員編制
　　中國民用航空總局機關行政編制為２５２名。其中：局長１名，副局長４名，紀委書記１名（副部級），司局級領導職數４５名（含總飛行師１名、總工程師１名和政治工作機構領導６名）。
　　離退休干部工作機構、后勤服務機構及編制，按有關規定另行核定。

　五、其他事項
　　（一）關于中國民用航空總局政治工作機構的設置。
　　中國民用航空總局政治部與機關黨委一套機構、兩塊牌子，負責民航黨群工作和思想政治工作。
　　中國民用航空總局紀律檢查委員會，負責民航紀律檢查工作。
　　（二）根據《中華人民共和國航空法》，中國民用航空總局的地區民用航空管理機構依照中國民用航空總局的授權，負責監督管理所在地區的民用航空活動。
　　（三）中國民用航空總局空中交通管理局，為中國民用航空總局直屬事業單位，根據授權負責民用航空空域規劃和空中交通管理工作。
　　為加強民用航空安全管理，成立中國民用航空總局航空安全技術中心，為中國民用航空總局直屬事業單位，根據授權負責對民用航空飛行安全進行技術研究并監督管理。