《國務院關于深化科技體制改革若干問題的決定》（國發〔1988〕29號文件）和國務院批轉國家科委、財政部、人事部、國家稅務局《關于深化改革科研單位事業費撥款和收益分配制度的意見》（國發〔1989〕10號文件），是進一步建立科技與經濟緊密結合的機制，調動科技人員的積極性，發揮科技優勢，發展生產力，增強科研單位自我發展能力的重要指導性文件，要認真貫徹執行。為加快和深化鐵路科技體制改革，使科技力量更好地為運輸生產服務，推動鐵路技術進步，特作以下規定：

　　一、積極推行科研單位的各種形式的承包經營責任制。實行承包經營責任制，是實現科研單位所有權與經營權分離的有效方法，是深化科技體制改革的重要內容，各類科研機構要努力創造條件，積極推行，在推行過程中不斷完善，挖掘科技潛力。

　　實行承包經營責任制，要以提高鐵路運輸能力，保證運輸安全，提高鐵路經濟效益和社會效益為目標。

　　二、科研機構要利用中心城市、沿海開放地區、智力密集區的優勢，發展外向型經濟，把鐵路技術和產品打入國際市場。

　　科研機構的出口創匯，從1989年起，按國家規定的留成比例全額留成，用于單位的發展基金，自主使用。

　　三、鼓勵科研機構通過為鐵路和社會科技進步作貢獻，積極創收，來改善自身的工作條件和物質待遇。科研機構獎金稅的起征點，一律為人均四個半月基本工資。技術開發型科研機構的事業費，要在1990年全部減完。為促進科研事業費撥款制度的改革，根據其科研事業費減撥程度給予不同的專項獎勵，對減少事業費達到10％的，專項獎勵為人均0．1個月基本工資，達到20％、30％、40％、50％的，分別為人均0．2、0．4、0．6、0．8個月基本工資，達到60％、70％、80％、90％的，分別為人均1．1、1．4、1．7、2．1個月基本工資，全部減完的為人均2．5個月基本工資。所需專項獎勵資金由減下來的事業費中撥付，不計入科研單位獎金總額，免征獎金稅。

　　實行事業費包干的科研機構，按其事業費減撥程度，享受上述相應待遇。

　　事業費部分自給的技術開發型科研機構，實行獎勵、福利基金提取比例與事業費減撥幅度掛鉤，以獎勵、福利基金占純收入的50％為基數，事業費每減10％，獎勵、福利基金增加2％，由單位自主使用，事業費完全自給的科研機構，在保證事業發展的前提下，其稅后留用的純收入由單位自主使用。

　　事業費包干的科研機構，其包干結余和創收部分，在保證科技事業發展和完成科研任務的前提下，除提留不低于40％的事業發展基金外，其余部分由單位自主使用。結余和創收自主使用部分不足全年發放獎金免稅限額的，經主管部門批準，自主使用部分的比例可適當提高。

　　四、要加強應用研究與專業技術基礎研究，確保鐵路事業的長遠發展和科技發展后勁。要健全和完善科研發展基金，其投入要隨著鐵路財政收入的增長不斷增加，要根據鐵路中長期科技發展綱要的縱深部署和科技發展項目指南，有層次地開展研究工作。要加強應用研究與開發工作的相互聯系和轉化工作。要在運輸過程控制技術、檢測技術和安全技術等方面加強研究開發，取得突破。在分配上要注意鼓勵承擔國家攻關項目、部的重點項目，以及應用研究、專業技術基礎研究任務的科技人員。

　　五、按照“開放、搞活、扶植、引導”的方針和“管理與經營分離”的原則，大力開拓技術市場，推動鐵路技術進步。考慮到鐵路的產業特征，在充分運用計劃機制組織科研與生產結合的同時，還要運用經濟杠桿和市場調節的作用，動員廣大科技工作者在有廣闊發展前景的鐵路技術市場，圍繞運輸生產的需要，開發并提供成龍配套的、先進的、適用的科技成果。要逐步形成技術市場網絡，加強組織管理，加快市場信息的傳播，活躍技貿活動。

　　六、要進一步完善科技人員管理制度，充分發揮科技人員的積極性、創造性，保障他們的合法權益，鼓勵人才的合理流動與平等競爭，逐步推行科技人員的聘用合同制，實現人才與單位之間的雙向選擇。

　　科研院、所在科學設崗、合理定編的基礎上，可根據本單位科技發展規劃與人才需求規劃，本著公開招聘、平等競爭、擇優錄用的原則，在編制定員和工資總額內招聘畢業研究生、大學本科生和社會閑散科技人員。

　　科技人員在良好地完成本職工作和不損害本單位及兼職單位技術、經濟權益的前提下，可以有組織地開展業余兼職，從事講學、編輯、翻譯等活動，或參加技術服務、咨詢開發、技術培訓等科技工作，鼓勵科技人員按照國家有關政策承包、領辦路內外全民和集體企業、事業單位，創辦各種所有制的新興產業和新技術產業，為鐵路建設服務，允許科技人員以多種形式到運輸、工程生產現場和邊遠地區鐵路單位工作，允許未受聘的科技人員以各種方式流動。

　　七、切實把企業的經營機制轉移到依靠技術進步的軌道上來。企業要在改革中健全完善技術開發和技術管理體系，大力發展各種形式的聯合，加強企業的技術開發和吸收能力，促進企業的技術改造，加快產品更新換代，提高產品質量。要把依靠技術進步作為企業考核、上等級和評審企業質量管理獎的重要指標，作為企業主要管理者任期目標責任制的主要考核內容，并與經營者、生產者的利益直接掛鉤。企業技術進步的考核內容主要是：產量、產品檔次和質量、勞動生產率、技術改造和技術裝備水平，以及職工的技術素質、技術進步的自我投入、技術進步的經濟效益等。

　　鐵路企業，特別是大中型企業，要建立并用好技術開發基金。企業用自有資金開發和推廣新技術、新產品，鐵道部可以給予支持性貸款或資助。新產品可以按國家規定申報免稅。

　　企業科研所，實行所長負責制，獨立核算，鼓勵承包。這類科研機構是本企業的技術開發機構，在完成本企業的任務前提下，應挖掘潛力，積極向路內外承接各種任務，通過多作貢獻和創收的途徑來改善自身的工作條件和物質待遇。

　　八、各級領導要認真把發展科學技術擺到重要位置。要加強對科學技術事業的領導，改善對科技工作的管理。要隨著運輸、生產、建設的發展，逐年增加對科技的投入。要管好用好科技經費，科研項目實行公開招標，推行科技貸款制度。

　　各級管理部門要結合本身特點，研究制定貫徹國家有關深化科技體制改革各項政策、規定的支持政策和實施措施。積極實行簡政放權，創造良好環境，用活用足政策。凡是鐵路沒有明確規定的，科研機構可以享受當地政府有關放活科研機構的政策、規定。