任何事物的存在和發展都是存在風險的，第三方支付也不例外。第三方支支付的風險主要有資金滅失或貶值的問題和法律問題。這兩者在某些時候是交叉的。其中的法律風險是投資者和用戶都需要注意的。

(一)主體資格和經營范圍的風險

我國《商業銀行法》第二條規定：“商業銀行是依法設立的吸收公眾存款、發放貸款、辦理結算等業務的企業法人。”評判一個企業是否是銀行的一個重要標準是其是否能夠經營存貸款和貨幣結算業務。第三方支付從實質來看，所從事的存貸款和貨幣結算業務并不是獨立業務，而是以電子交易為基礎的交易環節，因此第三方支付并不具有銀行的主體資格。

在這些第三方支付平臺中，除支付寶等少數幾個支付平臺并不直接經手和管理來往資金，而是將其存在專用賬戶外，其他公司大多代行銀行職能，可直接支配交易款項，這就可能出現不受有關部門的監管，而越權調用交易資金，一旦缺乏有效的流動性管理，則可能存在資金安全隱患，并可能引發支付風險和道德風險。可以看出，第三方支付本質上屬于金融服務中的清算結算業務，我國《商業銀行法》的規定只有商業銀行才能許可從事該項業務。據估計目前我國提供網上第三方支付服務的機構已不下五十家，絕大多數是非金融機構。

(二)資金吸取與孽息歸屬的風險

電子商務屬于我國的民商事領域，根據我國民法的規定，通常情況下原物所有權人有權取得孽息的所有權，原物所有權移轉，孽息的所有權應同時移轉。在買賣雙方交易過程中，應當以合同法來適用此交易過程，第三方支付起了保管方的作用，我國合同法對保管人的規定“保管期間屆滿或者寄存人提前領取保管物的，保管人應當將原物及其孽息歸還寄存人”，而第三方支付在服務協議明確“本公司無須對您使用支付寶服務期間由本公司保管或代收或代付的款項的貨幣貶值承擔風險，并且本公司無須向您支付此等款項的孽息”，這似乎與我國合同法有所違背。但從意思自治的角度看，如果用戶同意了此條款，可以理解為將孽息默認贈予第三方支付公司，在民商法中的通常情況下約定的效力也大于法定。

第三方支付平臺利用資金的暫時保管，在交易過程中約束和監督了買家和賣家。當買方把資金劃入第三方的賬戶，第三方就將起到了資金保管人的作用，資金的所有權并沒有發生轉移，資金的所有人仍然是買方。當買方和賣方達成某筆交易，買方收到商品，通過第三方向賣方付款時，此時款項的所有權應仍屬于買方所有，直至款項進入賣方賬戶，或者買方確認付款后，所有權才轉為賣家。可以看到，第三方作為款項的占有人，始終不具備對資金的所有權，只是保管的義務。隨著將來用戶數量的增長，這個資金沉淀量將會非常巨大。據粗略估算，每天滯留在第三方平臺上的資金至少有數百萬元，第三方支付公司將可以取得一筆定期存款或短期存款的利息，利息的分配是在第三方支付公司和買方間，還是作為第三方支付公司應得收益的一部分，就成為一大問題。

(三)交易隱蔽性可能造成的犯罪風險

2008年在網上廣為流傳的《看牛人用信用卡成功套現25000元》一文引起了社會各界不小的轟動。文章指出，只要通過一張信用卡、一個支付寶賬號和互相串通的買賣雙方，就可以將信用卡里的錢成功套現。從網民的評論中可以看出，這種信用卡套現的方法也并不缺乏成功的實例。

利用支付寶實行信用卡套現，在法律層面也存在著一定的疏漏。我國法律中雖然把信用卡惡意透支規定為違法行為，但這里的“惡意透支”并非由道德規范所評判，而被法律規定為：持卡人以非法占有為目的，超過規定限額或規定期限，并且經發卡銀行催收無效的透支行為。可見，就此信用卡套現的方法而言，大多數支付寶套現并不具備所規定的“超過規定限額或規定期限”與“經發卡銀行催收無效”，完全規避了法律規定，恰恰相反，由于套現者及時的還錢，還提高了個人“信譽”。因此對于支付寶套現的人士來說，他們只是利用了制度的漏洞，不屬于違反國家法律，而只是違反道德與網上交易習慣而已。

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