我國《土地管理法》第四十七條第二、第三款對耕地征用的補償費，安置補助費進行了規定并有具體的計算標準，但對因土地征用而引起的農民在宅基地上自建房屋的拆遷卻沒有補償標準。現實中，一般是由政府參照《城市房屋拆遷管理條例》及《細則》進行補償，由于城市國有土地上的房屋和農村集體土地上的房屋在土地所有權性質、所有權主體、土地管理方式以及拆遷安置對象等方面均有差異，所以，《城市房屋拆遷管理條例》并不具有直接的參照性，導致在執行過程中，各級政府制定的補償標準隨意性很大，拆遷程序和補償標準十分混亂。這種隨意性不但造成了補償標準不統一，也造成了補償標準的不合理性，因此也就不可避免地產生了許多糾紛，不僅極大地影響了黨和政府的聲譽，也直接影響了拆遷的進程和效率。在一些地區，政府為了引進投資，制定較低的補償標準，以犧牲農民的利益換取所謂的投資環境，使農民的利益得不到應有保護。法定補償標準的缺失導致此類糾紛矛盾尖銳，處理難度加大。

2、對拆遷中農民的私有財產權保護不夠。

農民通過宅基地依法取得集體土地的使用權，農民在宅基地上所建的房屋屬農民私有財產是無可非議的。但在征用農村集體土地的現實中，由于缺乏相應的法律規范對農村集體土地征用補償法律關系進行明確的界定和規范，地方政府與村組簽訂《土地征用協議書》，協議中卻將屬于農民私有財產的房屋一同處分。這種協議將私產與公產混為一談，其違法性顯而易見。從法理而論，房屋作為農民的私有財產，農民是房屋所有權的主體，只能由農民自己進行處分，所以關于集體土地上房屋拆遷的補償應從土地征用補償中分離出來。

同時，房屋拆遷補償協議作為一種民事法律關系，應當由拆遷人和被拆遷人協商一致達成補償協議。但是由于我國《土地管理法》將集體土地上的房屋納入到了土地征用補償之中，房屋所有權主體作為被拆遷人不直接參與協商，對被拆遷人的房屋進行價格評估亦不通知被拆遷人到場，而是由拆遷人單方指定的評估機構進行評估，有關拆遷補償和安置通常是由開發商一方說了算，協議中的一些規定屬于霸王條款，加之一些地方政府為了“優化”當地投資環境，加大了行政權力的介入，被拆遷人無論是否同意都得拆，剝奪了農民作為被拆遷人在整個拆遷過程中表達自己意愿、維護自己權益的機會，嚴重侵害了被拆遷人的權益。實際上，一攬子包括在土地征用費中的房屋拆遷安置補償費就是農民作為被拆遷人時喪失房屋所有權的對價，他們對此豈能沒有發言權?這顯然違反了民法上的意思自治原則，更不能體現拆遷人與被拆遷人作為法律意義上的平等主體關系。

3、房屋所有人和第三人合法權益得不到保障。

集體土地上的房屋拆遷和城市房屋拆遷一樣，涉及很多法律關系。如拆遷居住房屋涉及的搬遷補助費、過渡期內的臨時安置費，拆遷農村集體經濟組織以土地使用權入股聯營等形式與其他單位、個人共同開辦的企業所有的非居住房屋涉及的補償費問題及因拆遷造成的停產、停業損失及預期收益的補償問題，對利用宅基地內自建房屋從事生產經營并持工商營業執照房屋的拆遷安置問題，拆遷農房租賃戶時涉及的租賃法律關系等等，其中既涉及房屋所有權人的權益，同時又涉及房屋所有人以外第三人的權益。由于我國目前尚無明確的法律、法規對上述問題進行規范、相當一部分地區對上述問題比較忽視，在實際拆遷時，只將房屋作為集體土地上的附著物進行補償，并不細化區分農村房屋的用途、性質及相關的權利，嚴重損害了房屋所有人和第三人的合法權益。對任何私人房屋的拆遷都必須給予合理的補償，這是國際通行的一條基本準則。國家發展必然要征用土地，城市化建設必須進行拆遷，拆遷就需要補償。同時，不管是對城市居民還是對農民，拆遷補償均應該是公平合理的。如果能夠給予公平合理的補償，國家經濟建設、城市發展便不會造成更大的社會矛盾和利益沖突，這是迫切需要解決的重要問題。

4、剝奪了農民作為被拆遷人時的訴權。

由于我國《土地管理法》并沒有將農民的房屋從土地征用中分離出來，而是將其包含在“地上附著物”中，所以在具體操作時，征地單位通常是將土地補償費及“地上附著物”補償費按照補償方案一攬子支付給政府或村組，關于補償方案又是政府或村組與征地單位協商。根據《土地管理法》的規定，補償方案要經有關政府批準，對補償方案有異議或不能達成協議的，由政府部門處理。從法理而言，當一個私權利受到另一個私權利侵犯時，當事人一方或雙方可以采取到法院提起民事訴訟等方式去解決，而當私權利受到公權侵犯時，只有一個辦法，就是提請行政復議和提起行政訴訟，告的必須是具體行政行為，因為在我國當事人不能起訴政府的抽象行政行為，同時，依據我國《行政訴訟法》的有關規定，被征用方與征用方就征用補償有關問題達不成協議，對行政裁決又不服，可以向人民法院提起行政訴訟。由于農民個體作為被拆遷人時不是土地征用的一方當事人，所以就不能行使這種訴權，農民只能被迫接受政府裁決的方案。