農村自建房屋頂拆遷的補償標準不是法律統一規定的，是當地政府部門規定的。

《中華人民共和國土地管理法》

第四十八條 征收土地應當給予公平、合理的補償，保障被征地農民原有生活水平不降低、長遠生計有保障。

征收土地應當依法及時足額支付土地補償費、安置補助費以及農村村民住宅、其他地上附著物和青苗等的補償費用，并安排被征地農民的社會保障費用。

征收農用地的土地補償費、安置補助費標準由省、自治區、直轄市通過制定公布區片綜合地價確定。制定區片綜合地價應當綜合考慮土地原用途、土地資源條件、土地產值、土地區位、土地供求關系、人口以及經濟社會發展水平等因素，并至少每三年調整或者重新公布一次。

征收農用地以外的其他土地、地上附著物和青苗等的補償標準，由省、自治區、直轄市制定。對其中的農村村民住宅，應當按照先補償后搬遷、居住條件有改善的原則，尊重農村村民意愿，采取重新安排宅基地建房、提供安置房或者貨幣補償等方式給予公平、合理的補償，并對因征收造成的搬遷、臨時安置等費用予以補償，保障農村村民居住的權利和合法的住房財產權益。

縣級以上地方人民政府應當將被征地農民納入相應的養老等社會保障體系。被征地農民的社會保障費用主要用于符合條件的被征地農民的養老保險等社會保險繳費補貼。被征地農民社會保障費用的籌集、管理和使用辦法，由省、自治區、直轄市制定。

第四十九條 被征地的農村集體經濟組織應當將征收土地的補償費用的收支狀況向本集體經濟組織的成員公布，接受監督。

禁止侵占、挪用被征收土地單位的征地補償費用和其他有關費用。

第五十條 地方各級人民政府應當支持被征地的農村集體經濟組織和農民從事開發經營，興辦企業。

第五十一條 大中型水利、水電工程建設征收土地的補償費標準和移民安置辦法，由國務院另行規定。

第五十二條 建設項目可行性研究論證時，自然資源主管部門可以根據土地利用總體規劃、土地利用年度計劃和建設用地標準，對建設用地有關事項進行審查，并提出意見。

第五十三條 經批準的建設項目需要使用國有建設用地的，建設單位應當持法律、行政法規規定的有關文件，向有批準權的縣級以上人民政府自然資源主管部門提出建設用地申請，經自然資源主管部門審查，報本級人民政府批準。

第五十四條 建設單位使用國有土地，應當以出讓等有償使用方式取得;但是，下列建設用地，經縣級以上人民政府依法批準，可以以劃撥方式取得：

(一)國家機關用地和軍事用地;

(二)城市基礎設施用地和公益事業用地;

(三)國家重點扶持的能源、交通、水利等基礎設施用地;

(四)法律、行政法規規定的其他用地。

一般情況下，政府部門組織的拆遷工作，不太可能只是單純的拆遷屋頂，對于政府部門來講，在拆遷過程中，最重要的就是保護好被拆遷戶的人身安全，如果要占用自建房的屋頂，也不能只把屋頂給拆了。

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