《行政訴訟法》七十四條雖然規定收取訴訟費用的具體辦法另行規定，但究竟由哪個機關來另行規定收取訴訟費用的具體辦法語焉不詳。從字面理解，似乎應為全國人大及常委會另行規定，很難推導出已將此授權最高人民法院。如果說1990年《行政訴訟法》正式實施時，這個問題還有爭論的話，那2000年之后就不應有爭議了，因為按照《立法法》第八條的規定，訴訟和仲裁制度只能制定法律。訴訟費用制度顯然是訴訟制度的當然內容，而不是“法院審判工作中具體應用法律、法令的問題”，因此，只能由全國人大及其常委會制定法律，而不能再由最高人民法院制定收費規則。而且，法院既是收費主體，也是收費規則制定主體，這就決定了其很難制定科學可行的收費辦法，更難建立公平合理的訴訟費用制度。畢竟人們很難相信在某種法律關系中享有切身利益的一方當事人能夠以公正的立場甚至從保護對方當事人的利益出發制定出合理的規則。所以，由最高人民法院制定行政訴訟費用規則的合法性、公正性、合理性值得懷疑。

其一，現行《行政訴訟法》1989年4月4日通過，但其正式生效是1990年10月1日。由此，即使推定該法七十四條是將收費規則制定權授予給了最高人民法院。此授權也是1990年10月1日生效。而最高法院在1989年6月29日就制定了行政訴訟的收費辦法，在收費辦法中也沒有制定依據，只是含糊其辭地提到“本《辦法》中所規定的收費標準，已經國家各有關方面同意”。對此，有學者指出：“1989年的《訴訟收費辦法》是最高人民法院為《民事訴訟法》和《行政訴訟法》預先準備的規則。”這顯然有悖常理。其二，行政訴訟的性質、目的、宗旨、當事人等都與民事訴訟有重大區別，最高法院無視行政訴訟的特點，制定一部《訴訟收費辦法》一統民事訴訟費用規則和行政訴訟費用規則，實際上是將行政訴訟費用制度與民事訴訟費用制度混同，這也有違行政訴訟的法理。

(二)訴訟費用征收的不合理

如前所述，依據最高人民法院的《人民法院訴訟收費辦法》的規定，行政案件的當事人得向人民法院交納案件受理費等種類繁多的訴訟費用。法院幾乎把所有的行政審判成本都轉嫁給了當事人。在收費范圍中，二審案件受理費、執行費用不合理。當事人對一審法院的判決不服而向二審法院上訴，有可能是因為一審法院的違法裁判。如果是基于一審法院違法裁判而導致的上訴，實際上是讓當事人來承擔了由于法院違法所引起的額外的訴訟成本，此項訴訟費用應由法院承擔而不應當由當事人承擔。法院判決生效后，勝訴方申請法院執行時，不管執行結果如何，得先交納一筆執行申請費。在目前“執行難”的背景下，實質上是法院將執行的風險轉移給了勝訴方。此外，在二審案件中，二審預交的案件受理費通常與一審相等，法院仍然是根據一審的“爭議金額”收取案件受理費。如果雙方當事人都上訴，二審法院分別向雙方當事人收取案件受理費，實際上是同一個案件收取了雙份案件受理費，這完全沒有任何道理。還有，二審法院發回重審的，上訴人已交納的訴訟費用不退還，此規定更是蠻不講理。

總的來說，目前我國行政訴訟費用的標準過高。其中最不合理的是，行政案件有爭議金額的，也參照民事訴訟按財產案件收費標準交納。對于按比例收費問題，在民事訴訟法學界也有很大爭議。如果說在民事訴訟中按比例收費尚有一定合理性，但在行政訴訟中無任何合理性可言。因為行政案件與民事案件不一樣，在行政訴訟中法院只審查被訴行政行為的合法性，因此，法院的審理行為與案件的爭議金額幾乎沒有任何關系。正如有學者所言，“案件受理的難度并不與訴訟標的的大小成正比，涉及數以千萬計的經濟大案，也許其中的是非曲直十分簡單，而一樁不起眼的家庭糾紛卻可能是勞神費時的棘手案件……因此，以標的額收費除了顯示利益驅動的事實之外，沒有多少可以擺到桌面上的依據。”其實在行政訴訟中，不論是相對人的一間茅草屋還是一幢別墅被非法征收，也無論是原告的自行車還是小轎車被違法沒收，法院都只需依法審查被訴行政行為是否合法，案件受理及審理的難度與行政案件的爭議金額沒有必然聯系。如2004年《最高人民法院公報》第10期所刊登的中國光大銀行訴武漢市人民政府不履行法定職責案，一審法院就收取了案件受理費138295元，二審改判案件受理費為100元。在域外，即使實行訴訟有償主義的國家，大多也是按照定額制來收取行政案件受理費。雖然有少數國家如日本也按比例收取，但備受學界批判。

(三)訴訟費用預交的不合理

在民事訴訟中，由原告預交訴訟費用是基本合理可行的。但是，在行政訴訟中，不考慮行政訴訟的特殊性，也規定由原告預交訴訟費用，并且還規定原告在預交期內未預交又不提出緩交申請的，按自動撤回起訴處理，則顯然不合情理。如在非法沒收的案件，行政相對人的財產已被行政機關沒收，對非法沒收行為不服欲到法院尋求公道，但首先得按比例交納一筆不少的訴訟費用。如果不交納訴訟費用，法院甚至根本就不受理或按撤訴處理。這對于合法權益受到侵犯的行政相對人來說無異于“雪上加霜”，而對于侵犯相對人權利的行政機關來說可以說是“為虎作倀”。還有請求行政機關履行法定職責案件也是如此。在強大的行政機關面前，相對人通常都是弱者，無論是可支配的資源還是可動用的權力。在提起行政訴訟時，原告承受著巨大的壓力，還要預先負擔各種訴訟費用，并得承擔勝訴后執行不能的風險。

(四)訴訟費用負擔的不合理

在民事訴訟中，由敗訴方承擔訴訟費用的原則也是基本公平合理的。由于各方當事人均是自掏腰包、自負其責，因此可以起到預防濫訴作用和體現一定的制裁功能。但在行政訴訟中這個貌似公平的原則實際上很不合理。因為行政訴訟與民事訴訟不同，行政訴訟當事人一方也就是被告具有特殊性。在行政訴訟中，如果原告敗訴，需自行承擔訴訟費用;但若被告敗訴，是國庫負擔訴訟費用。不僅如此，在行政訴訟中，無論勝訴與否，原告的其他訴訟支出都要自行承擔，而被告的其他訴訟成本卻都是國庫負擔。