一、管轄及實際審理

根據《破產法》第21條的規定，破產債權確認糾紛應該由受理破產申請的人民法院管轄，這屬于一般性的規定，理論上應該屬于專屬管轄。對于這個一般性的規定，還有一些例外。

1、如果債權人和破產債務人對債權債務糾紛約定了仲裁，那么當管理人對該債權不予確認登記時，債權人就應當向仲裁委提出債權確認申請，受理破產的法院沒有管轄權。

2、實踐中，破產案件一般由中級人民法院受理。如果破產債權確認之訴數量龐大，標的較小，爭議簡單的話，全部由中級法院審理，二審均由高級法院受理，不利于司法資源的有效配置。此時，受理破產申請的中級法院，可以利用《民事訴訟法》第38條規定的管轄權轉移制度，將本應由自己審理的案件，報請高級人民法院批準，交由基層人民法院審理。《破產法解釋二》第四十七條第二款也給予了肯定。具體操作時，職工破產債權確認糾紛可以全部交由基層人民法院審理，普通破產債權確認糾紛可以根據標的額，按級別管轄的規定本應由基層人民法院審理的案件，交基層人民法院審理。破產案件由受理破產申請的法院專屬管轄，是為了實現集中審理，因此，在將案件指定基層人民法院審理時，應當指定唯一的基層人民法院，例如可以是破產債務人住所地的基層法院。報請高級人民法院批準，也無需一案一報，可以在受理破產申請時，提出方案，報請高院統一批準。以后出現破產債權確認糾紛時，按方案確定審理法院。但是立案還是應當由受理破產申請的中級法院統一立案，便于統計管理。

3、破產債權確認糾紛擬確認的債權，如果屬于海事糾紛、專利糾紛、證券市場因虛假陳述引發的民事賠償糾紛等須專門管轄的案件，則此類案件由受理破產的法院集中審理，就未必有利。此時較好的做法是由上級人民法院指定一家有權管轄此種專業案件的法院，集中審理類似案件。對此，《破產法解釋二》第四十七條第三款給予了肯定。

二、案件受理費的繳納及承擔

案件受理費在案件啟動時，無疑要由原告預先繳納。在債權人是原告時，由債權人預先繳納。受理費的數額，按所確認的債權的數額，套用財產案件收費標準計算。因為破產債權確認之訴是因為進入破產程序后，由給付之訴轉化而來的確認之訴，理應按給付之訴的標準繳納受理費。

因為破產債權受償率不高，所以許多人認為按標準繳納受理費過高，這有一定的道理。但是，如果債權人作為原告，勝訴后案件受理費是由債務人承擔的，債權人利益并不會受損。債務人敗訴后，需要承擔的受理費，應當列入共益債務，隨時向法院繳納，法院將已收取的債權人預交的受理費返還債權人。

債務人敗訴后應當繳納的受理費，之所以屬于共益債務，是因為該費用的目的是為了保護債務人總的消極財產不增加，對所有債權人都是有利的，符合共益債務的定義。只不過因為敗訴，保護總的消極財產不增加的企圖失敗了，但這并不改變案件受理費的共益債務的性質。

三、對一般債務利息的計算的特別說明

《最高人民法院關于執行程序中計算遲延履行期間的債務利息適用法律若干問題的解釋》第一條第二款規定，遲延履行期間的一般債務利息，根據生效法律文書確定的方法計算;生效法律文書未確定給付該利息的，不予計算。對于此條文的理解一直爭議很大，正確理解這個條文，法院在判決時，應當根據合同，將一般債務利息判至實際清償之日。但部分法院未正確理解這個條文，還是按老辦法，將一般債務利息判至判決書確定的履行屆滿之日。這種結果，導致債權人的一般債務利息，超過履行屆滿之日后就不能主張了，侵犯了債權人的合法權益。管理人在實踐中遇到類似問題，應當根據判決書據以作出的合同，審查一下合同約定的債務利息是否是給付至債務實際清償之日，如果是的話，那么就應該支持債權人申報一般債務利息至受理破產裁定作出之日。不要太局限于上述法律條文的表述，導致侵犯債權人的利益，產生無謂的爭議。