一、職能轉變
　　國家環保局職能轉變的重點是強化環境保護的宏觀調控和執法監督。具體內容是：促進環境保護與國家經濟、社會協調發展的宏觀調控機制的完善，增強國家環境保護的綜合協調能力；加強環境保護法制建設，完善環境保護立法，做好執法監督工作；加強工業污染防治、城市環境保護和生態環境保護；推進環境保護科技進步，推動環境保護產業的發展；加強環境保護宣傳教育工作，提高全民族環境意識；加強環境保護的國際合作與交流。
　　轉移或者下放給有關事業單位的職能是：建設項目環境影響評價報告書審批前的技術評估，環境科技成果項目的推廣工作，環境對外經濟合作項目具體實施中的事務性、技術性工作。

　二、主要職責
　　國家環保局是國務院環境保護行政主管部門，主要職責是依照法律和行政法規，對全國環境保護工作實施統一監督管理，防治污染和其他公害，保護和改善生活；環境與生態環境，促進經濟和社會持續、協調、健康地發展。
　　（一）制訂國家環境保護的方針、政策、法律、法規，制定行政規章，監督法律、法規、規章的實施；協同有關部門制訂與環境保護相關的經濟、技術、資源配置和產業政策，組織對重大經濟政策的環境影響評價。
　　（二）制訂國家環境保護規劃和計劃，參與制訂國家經濟和社會發展中長期規劃、年度計劃、國土開發整治規劃、區域經濟開發規劃、產業發展規劃以及資源節約和綜合利用規劃，審核城市總體規劃中的環境保護內容；參與組織自然資源核算工作，管理全國環境統計和環境信息工作，編報國家環境質量報告書，發布國家環境狀況公報。
　　（三）制定并發布環境保護國家標準（環境質量標準、污染物排放標準、環境基礎標準、環境方法標準、標準樣品標準）及環境保護行業標準并監督實施。
　　（四）負責大氣、水體、土壤、海洋等的環境保護工作，負責監督管理全國廢氣、廢水、廢渣、粉塵、惡臭氣體、放射性物質、有毒化學品以及噪聲、振動、電磁波輻射等污染的防治工作，公布應禁止（或嚴格限制）建設的重污染項目名錄，會同有關部門組織公害病調查并提出防治對策，公布有毒化學品優先控制名錄，組織有毒化學品進出口登記管理工作；受國務院委托處理涉外環境污染糾紛，協調省際環境污染糾紛，對重大環境污染事故和生態破壞事件進行調查處理。
　　（五）負責監督管理全國自然環境保護工作，負責全國自然保護區的區劃、規劃工作，向國務院提出新建國家級自然保護區審批建議，綜合協調并監督檢查生物多樣性與野生動植物、珍稀瀕危物種保護工作，監督珍稀瀕危物種的進出口管理，指導生態農業建設工作；監督對生態環境有影響的資源開發活動。
　　（六）組織排污申報登記與排污許可證、排污收費、環境影響評價、“三同時”等環境管理制度的實施，審批限額以上基本建設項目和技術改造項目以及區域開發建設項目的環境影響報告書，指導城市環境綜合整治工作，負責環境保護重點城市的環境綜合整治定量考核。
　　（七）制訂并組織實施國家環境保護技術政策和科技發展規劃、環境保護產業發展規劃，組織重大環境科技攻關以及環境科技成果的管理工作，歸口管理環境保護技術引進工作，組織全國環境保護設備的質量監督、認證工作，組織管理環境標志工作。
　　（八）管理全國環境監測工作，建立環境監測制度。制定環境監測規范，管理國家級環境監測網和全球環境監測系統中國網，指導各級環境監測站的計量認證和質量保證工作，會同有關部門組織環境監測網絡。
　　（九）指導和協調全國環境保護宣傳教育工作，協同國家教育主管部門編制大、中、小學和成人教育的環境教育大綱并確定環境教育教材及課程設置，指導其他部門在有關各類院校開展環境教育工作。
　　（十）指導全國環境保護隊伍建設，規劃與組織指導全國環境保護系統在職人員崗位培訓和繼續教育，指導全國環境保護系統勞動工資工作。
　　（十一）會同有關部門制訂國家關于全球環境問題的基本原則，參加國際環境條約的談判及組織國內履約活動，協調有關環境保護的國際活動，歸口管理環境保護國際合作和利用外資項目，組織審核各地區、各部門的環境保護對外合作項目，指導我國駐聯合國環境規劃署代表處的工作，負責與國際環境保護組織的聯系。
　　（十二）承擔國務院環境保護委員會的具體工作，承辦國務院交辦的其他事項。

　三、內設機構
　　根據上述職責，國家環保局設９個職能司（室）和機關黨委。
　　（一）辦公室（宣傳教育司）
　　協助局長組織協調機關工作，組織貫徹執行機關各項規章制度，負責會議組織、文電處理、信訪接待、治安保衛、檔案、保密和機關財務工作，負責省際環境污染糾紛和重大環境污染事故的情況通報及有關聯絡工作，組織指導全國環境保護宣傳、新聞、出版、教育工作，負責環保事業先進的評選獎勵和各類國際環境獎的推薦工作。
　　（二）計劃財務司
　　組織制訂國家環境保護中長期規劃和計劃，參與制訂國家經濟和社會發展中長期規劃和計劃、國土開發整治規劃、區域經濟開發規劃，參與審核重點城市總體規劃中的環境保護內容；負責國家補助的環保系統基本建設項目、國家環境保護示范工程及其他重大環保項目的立項、下達投資計劃和竣工驗收工作，負責環境保護對外合作項目的國內立項工作；負責全國環境統計、信息工作，組織編制國家環境狀況公報；組織管理環境污染防治工程設計資格認證工作；監督管理直屬單位的國有資產、財務和審計工作。
　　（三）政策法規司
　　組織制訂國家環境保護的政策、法律、法規和規章，負責國務院環境保護委員會日常具體工作，組織環境行政復議和應訴工作，組織環境保護執法檢查。
　　（四）行政體制與人事司
　　指導全國環境保護隊伍建設，規劃與組織指導全國環境保護系統在職人員崗位培訓和繼續教育，指導環境保護系統專業技術人員管理和技術工作管理工作，組織環境保護系統先進集體和個人的評選和表彰，管理局機關和直屬單位的機構編制與人事工作，負責駐外機構人員的選派考核工作。
　　（五）科技標準司
　　組織制訂環境保護經濟技術政策、環保產業政策和標準，組織編制環保科技發展和產業發展規劃，組織環境科技攻關，管理環境科技成果，負責環境保護技術引進，管理全國環境科技信息系統，負責環境保護設備的質量監督、認證和環境標志管理，組織公害病調查并提出污染防治對策。
　　（六）污染控制司
　　制訂工業污染防治和城市環境綜合整治等方面的政策、法律、法規、規章、標準和技術政策并監督實施，組織城市環境綜合整治定量考核，指導清潔生產和污染防治示范工程的建設，負責有毒化學品環境管理和有害廢物的越境轉移的審批，負責省際環境污染糾紛的協調和重大環境污染事故的調查處理，指導七大江河流域機構的環境保護工作。
　　（七）監督管理司
　　制訂建設項目環境保護管理、排污收費、環境監測、放射環境管理等方面的政策、法律、法規、規章、標準并監督實施，組織重大建設項目環境影響報告書的審批和“三同時”把關，組織環境影響回顧性評價，負責全國環境監測工作，組織編制環境質量報告書，負責國家環境監測網和全球環境監測系統中國網的管理。
　　（八）自然保護司
　　制訂自然保護、海洋環境保護和鄉鎮企業污染防治的政策、法律、法規、規章、標準并監督實施，編制全國自然保護區的區域規劃和建設規范、指南，提出新建國家級自然保護區審批建議，監督對各類自然保護區和野生動植物的管理，組織生物多樣性保護工作。對珍稀瀕危物種的進出口進行監督，監督鄉鎮企業污染防治工作，指導生態農業建設工作，組織重大資源開發活動的環境影響評價，對重大生態破壞事件進行調查處理。
　　（九）國際合作司
　　歸口管理國際環境保護合作與交流，編制國際環境保護合作的中長期規劃和年度計劃，負責各地區、各部門的環境保護對外合作項目的審核，參加國際環境保護條約的談判及協調國內履約活動，對我國駐聯合國環境規劃署代表處進行業務指導，負責與國際環境保護組織的聯系，負責組織國際環境污染糾紛的處理工作，組織環境保護雙邊和多邊國際協議的談判和實施，負責處理涉及港、澳、臺的環境事務。
　　（十）機關黨委
　　負責局機關和在京直屬單位的黨群工作。

　四、人員編制和領導職數
　　國家環保局機關行政編制為２４０名。其中，局長１名，副局長４名；正副司長２９名（含機關黨委專職副書記１名）。
　　紀檢、監察、審計等派駐機構和后勤、老干部服務機構及編制，按有關規定另行核定。