行政處罰時效制度是規范行政機關行使行政處罰權的制度。超過時效期限，行政機關對違法行為不得再作處罰，人民法院對申請強制執行處罰決定的不予受理。由于藥品監管法律法規對有關時效未作規定，所以應按《行政處罰法》的有關規定執行。

追訴時效

《行政處罰法》第29條規定，違法行為在二年內未被發現的，不再給予行政處罰，法律另有規定的除外。上述二年期限即是對違法行為給予行政處罰的追究時效。藥品監管部門對違反《藥品管理法》和《醫療器械監督管理條例》等法律法規的行為給予行政處罰的追訴時效，適用于《行政處罰法》規定的二年時效。二年時效制度的適用條件是，違法行為發生后在二年內行政機關沒有發現。超過二年才發現的，行政機關喪失處罰的權力。值得探討的是，如何界定“發現”。我國《刑法》第88條規定，在司法機關立案偵查或受理案件之后，犯罪嫌疑人逃避偵查或審判的，不受追訴期限的限制。行政機關對違法行為的“發現”也應當以是否立案作為界定的依據，即在違法行為發生之后二年內，如行政機關已立案調查，就不受二年時效的限制。為防止違法行為人利用二年時效制度逃避法律的追究，行政機關對于違法嫌疑人下落不明的重大違法案件應依法予以立案，使追訴時效中斷，便于今后有效地行使行政處罰權。追訴時效期限起點的計算，《行政處罰法》第29條第二款規定從違法行為發生之日起計算，違法行為有連續或繼續狀態的，從行為終了之日起計算。

裁決時效

行政處罰的裁決時效是指行政機關立案調查后必須作出行政處罰決定的期限。《行政處罰法》未規定嚴格意義上的裁決時效，一些行政法規和部門規章有相關規定，如《藥品監督行政處罰程序》(將于7月1日廢止)第26條規定，藥品監管部門應當在立案之日起三個月內作出行政處罰決定。上述規定實為辦案期限，是對行政機關辦案工作效率的要求，而并非法律意義上的裁決時效，因為并沒有規定未能在法定期限內辦結案件的法律后果。為了提高行政效率，及時處罰違法行為，制定嚴格意義上的行政處罰裁決時效是必要且可行的。

執行時效

執行時效是指行政機關強制執行或申請人民法院強制執行行政處罰決定的期限。《行政處罰法》未對行政處罰決定的執行時效作出規定。由于大多數行政機關本身并無自行強制執行的權力，只能申請人民法院強制執行。因此，這里探討的執行時效是指申請人民法院強制執行的時效。《行政處罰法》第51條、《藥品監督行政處罰程序規定》(將于7月1日起施行)第59條規定，當事人在法定期限內不申請行政復議或不提起行政訴訟又不履行處罰決定的，藥品監管部門可申請人民法院強制執行。最高人民法院《關于執行〈中華人民共和國行政訴訟法〉若干問題的解釋》第88條規定，行政機關申請人民法院強制執行具體行政行為，應當自被執行人的法定起訴期限屆滿之日起180日內提出，逾期申請的，除有正當理由外，人民法院不予受理。超過此時限，行政機關則喪失申請強制執行的權力。