1.移送審查起訴。根據刑事訴訟法規定，公安機關偵查終結的案件，應當做到犯罪事實清楚，證據確實、充分，并且寫出起訴意見書，連同案卷材料、證據一并移送同級人民檢察院審查決定。因此，公安機關在對案件經過一系列的偵查活動后，認為案件事實已經清楚，證據已經確定、充分，依照法律規定能夠認定嫌疑人確有罪行，需要追究刑事責任的，應當決定將案件終止偵查，移送人民檢察院審查起訴。公安機關對需要追究刑事責任、已經偵查終結的案件，必須做到基本事實清楚，證據確實、充分，達到起訴的基本要求，并且寫出起訴意見書，連同案卷材料、證據一并移送同級人民檢察院審查決定。起訴意見書應當寫清犯罪及所依據的法律條款等;“案卷材料、證據”主要包括舉報、揭發、控告材料，訊問筆錄，詢問筆錄，勘驗、檢查筆錄，鑒定結論以及物證、書證、視聽資料等。

2.撤銷案件。根據刑事訴訟法規定，在偵查過程中，發現不應對犯罪嫌疑人追究刑事責任的，應當撤銷案件;犯罪嫌疑人已被逮捕的，應當立即釋放，發給釋放證明，并且通知原批準逮捕的人民檢察院。所謂“不應對犯罪嫌疑人追究刑事責任”，是指經偵查查明的事實不是犯罪的事實;或者雖有犯罪事實而不是犯罪嫌疑人所為;或者屬于刑事訴訟法規定的不追究刑事責任的情形，即情節顯著輕微、危害不大，不認為是犯罪的;犯罪已過追訴時效期限的;經特赦令免除的;依照刑法告訴才處理的犯罪，沒有告訴或者撤回告訴的;犯罪嫌疑人死亡的;其他法律規定免予追究刑事的。公安機關在整個偵查過程中，無論何時發現不應對犯罪嫌疑人追究刑事責任的，都應當按照本條規定辦理，及時撤銷案件并且立即釋放在押的犯罪嫌疑人，不能久押不放;釋放被逮捕的犯罪嫌疑人，應當及時通知原批準逮捕的人民檢察院。

關于人民檢察院直接偵查案件的處理。根據刑事訴訟法規定，貪污賄賂犯罪，國家工作人員的瀆職犯罪，國家機關工作人員利用職權實施的非法拘禁、刑訊逼供、報復陷害、非法搜查的侵犯公民人身權利的犯罪以及侵犯公民民主權利的犯罪，由人民檢察院立案偵查;對于國家機關工作人員利用職權實施的其他重大的犯罪案件，需要由人民檢察院受理的時候，經省級以上人民檢察院決定，可以由人民檢察院立案偵查。對于人民檢察院直接偵查案件在偵查終結后如何處理，刑事訴訟法作了明確規定，人民檢察院偵查終結的案件，應當作出提起公訴、不起訴或者撤銷案件的決定。也就是說，人民檢察院偵查終結的案件，根據案件情況可以作出三種決定：一是對于犯罪事實清楚，證據確實、充分，依法應當判處刑罰的，應當制作起訴書，作出提起公訴的決定;二是人民檢察院偵查部門對在偵查中發現犯罪嫌疑人沒有犯罪事實，或者有刑事訴訟法第十五條規定情形之一的，應當作出撤銷案件的決定;三是人民檢察院審查起訴部門對在審查起訴中發現犯罪嫌疑人沒有犯罪事實，或者有刑事訴訟法第十五條規定情形之一的，應當作出不起訴的決定。