在商業秘密侵權案件中，在權利人充分證明其商業秘密權、被控侵權人使用的信息與權利人的商業秘密相似或者高度相似、且被控侵權人有獲取商業秘密的機會，法官能夠對侵權行為進行初步認定的基礎上，舉證責任轉由被控侵權人承擔，被控侵權人應當對其使用的商業秘密有其他正當渠道提供相關證據，否則將被認定為侵權。

根據商業秘密中舉證責任倒置的原則，應當由被告證明其獲取商業秘密信息合法來源，否則即為侵權。聽上去似乎合情合理。但顯然原告對民事訴訟法中的“誰主張誰舉證”的證據原則沒有一個正確的理解，也曲解了商業秘密中的“舉證倒置”責任原則。

在司法實踐中，商業秘密侵權案件適用的是“誰主張、誰舉證”的舉證責任原則。權利人主張侵權責任的，須從以下四個方面證明其主張：

(1)主張的商業秘密確實存在;(2)被控侵權人實施了侵權行為;(3)被告主觀上具有故意或過失;(4)權利人因為被告的侵權行為遭受了一定的損害后果。但在商業秘密侵權案件中，針對“取得”“披露”“使用”三種侵權方式，其中，僅披露行為具有一定的公開性，權利人可能取得相關披露證據;但對于“取得”和“使用”行為，由于行為本身往往具有較強的秘密性，權利人取得證據比較困難。因此，對于行為人的侵犯商業秘密的行為以及其主觀狀態，權利人通常很難獲取相關證據。

因此，早在1998年《關于全國部分法院知識產權審判工作座談會紀要》中，就明確指出，“在舉證過程中，人民法院應當注意舉證責任的轉移問題，即在當事人一方舉證證明自己的主張時，對方對該項主張進行反駁的，應當提出充分的反證，這時，舉證責任就轉移到由對方承擔。此外，人民法院對于當事人的某些主張，應當根據法律并從實際情況出發，實行“舉證責任倒置”的原則，即一方對于自己的主張，由于證據被對方掌握而無法以合法手段收集證據時，人民法院應當要求對方當事人舉證。”由此即確立了在商業秘密案件審理過程中的舉證責任倒置原則”。

在《關于禁止侵犯商業秘密行為的若干規定》中，則進一步對舉證責任的具體適用做出了更加詳細的規定。根據該法第五條的規定，“權利人能證明被申請人所使用的信息與自己的商業秘密具有一致性或者相同性，同時能證明被申請人有獲取其商業秘密的條件，而被申請人不能提供或者拒不提供其所使用的信息是合法獲得或者使用的證據的，工商行政管理機關可以根據有關證據，認定被申請人有侵權行為”。

可見，商業秘密訴訟中，舉證責任倒置原則的適用有一定的條件。是否重新確定證明標準，將由法官根據個案的具體情況來決定。一般情況下，在實際審判過程中，法院會根據案件的有關情況，如雙方競爭情況、商業秘密的保密程度和復雜程度、被控侵權人是否誠實信用等情況，在權利人已經完成了證明責任(即充分證明其商業秘密權、被控侵權人使用的信息與權利人的商業秘密相似或者高度相似且被控侵權人有獲取商業秘密的機會)，并且初步認定侵權行為成立的基礎上，綜合考慮被控侵權人獲取商業秘密的愿望和可能性。如果能夠確信被控侵權人從事了侵犯商業秘密的可能，此時舉證的責任則轉由被控侵權人承擔，即被控侵權人應當對其使用的商業秘密有其他正當渠道提供相關證明，否則將可能被認定為侵權。